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chenfeng0312銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
多蛋白質(zhì)序列的三級結(jié)構(gòu)兩兩比較
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各位請幫個忙，我的問題如下： 設(shè)我有3個蛋白質(zhì)序列a b c�，F(xiàn)在需要得到它們兩兩之間的三級結(jié)構(gòu)相似度，得：ab ac bc。 當(dāng)然實(shí)際上序列很多，所有如果在網(wǎng)站上這樣一對對的輸入然后等結(jié)果根本不可能。有沒有什么軟件可以在線上或者本地機(jī)上一次性輸入（不管輸入a b c或是ab ac bc都好了）就可以得到最后結(jié)果的？ 我剛找到了一款軟件DSSP，可以比較二級結(jié)構(gòu)，滿足我的要求，通過構(gòu)建特征向量確定相似度（細(xì)節(jié)還沒看，但是好像是可行的）。 原來嘗試過用blastn做核酸序列兩兩比較，在本地機(jī)上實(shí)現(xiàn)了。 現(xiàn)在卡在蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)上了，請各位多多幫忙，謝謝！ |
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