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胡博洋的洋金蟲 (小有名氣)
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[求助]
求助各位前輩關(guān)于在LAMMPS中angle_style的設(shè)置問(wèn)題。
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大家好，我需要進(jìn)行LiFePO4的分子動(dòng)力學(xué)模擬，因?yàn)槭堑谝淮问褂肔AMMPS，很多地方不懂，請(qǐng)大家理解。 我在angle_style命令可以選擇harmonic,對(duì)應(yīng)的angle_coeff通過(guò)查文獻(xiàn)也可以找到。但是我有一個(gè)疑問(wèn)，除了這兩個(gè)命令以外，沒有感覺到有定義說(shuō)這個(gè)角是由哪三個(gè)原子組成，比如我要定義O-P-O的三體彎曲勢(shì)（Here it is defined for each O-P-O bond and takes the form of a harmonic angle-bending potential about the central P ion） 我的命令是 angle_style harmonic angle_coeff 1 0.6613 109.47 結(jié)果錯(cuò)誤提示說(shuō)我定義的原子類型（我定義的是charge）不可以定義角。（@#￥……&*真的是原子類型的問(wèn)題嗎），然后我又看manual，發(fā)現(xiàn)在data文件里有這樣說(shuō)： Angles section: • one line per angle • line syntax: ID type atom1 atom2 atom3 ID = number of angle (1-Nangles) type = angle type (1-Nangletype) atom1,atom2,atom3 = IDs of 1st,2nd,3rd atoms in angle 于是我覺得有希望了，但是有一點(diǎn)還是不明白，就是這三個(gè)原子的ID，它的意思是指原子的ID吧，也就是說(shuō)要一步一步的輸入原子的ID，也就是需要自己判斷是哪三個(gè)原子所成的角。自己判斷的話我起初是打算把與中間的那個(gè)P相距最近的四個(gè)O算出來(lái)，后來(lái)發(fā)現(xiàn)只有三個(gè)距離特別近且?guī)缀跻粯�，第四個(gè)最近的O至少也是剛才那三個(gè)距離的5倍。因?yàn)檎Ｇ闆r應(yīng)該是P位于四個(gè)O組成的四面體的中心，所以不應(yīng)該出現(xiàn)上述情況， 1、想請(qǐng)問(wèn)下大家出現(xiàn)類似情況是什么原因呢？原子坐標(biāo)啥的計(jì)算我可以確定是沒問(wèn)題的。 2、在考慮是不是周期性邊界條件啥的，真正的那個(gè)O在另一個(gè)區(qū)域？ 3、推到重來(lái)，應(yīng)該怎么樣定義三體彎曲勢(shì)？ 4、原子類型為charge真的不可以定義鍵角嗎？ 5、請(qǐng)求各位前輩指點(diǎn)～～ |
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ddll_slsl
木蟲 (正式寫手)
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2樓2013-05-03 13:02:40
胡博洋的洋
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3樓2013-05-03 19:14:31
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