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羅敏1新蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
大家看下小分子藥物與蛋白匹配步驟是不是正確？
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各位蟲(chóng)友: 下面步驟是小分子藥物與蛋白匹配步驟，請(qǐng)問(wèn)是否正確？有無(wú)需要改正的地方？ 首先在PDB中檢索到活性蛋白的一級(jí)序列，然后通過(guò)swiss在線回饋得到對(duì)應(yīng)的蛋白活性三級(jí)結(jié)構(gòu)。再將蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)導(dǎo)入autodock4中進(jìn)行初步處理后存為pdbqt文件待用。 然后用chemdraw畫(huà)出小分子結(jié)構(gòu)，通過(guò)小分子處理軟件chimera進(jìn)行加極性氫和加電荷處理，存為mol2文件。Mol2格式的小分子繼而導(dǎo)入autodock4中，將小分子中的可旋轉(zhuǎn)鍵進(jìn)行重新設(shè)置，存為pdbqt文件待用。 在autodock4中同時(shí)導(dǎo)入蛋白活性域和小分子的pdbqt結(jié)構(gòu)，并且以蛋白受體為中心設(shè)置一個(gè)grid對(duì)接區(qū)域，之后小分子就可以在此區(qū)域內(nèi)進(jìn)行計(jì)算對(duì)接。 計(jì)算完成之后得出dlg格式的結(jié)果文件，用autodock4自帶的打分軟件進(jìn)行對(duì)接結(jié)果評(píng)估。 |
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羅敏1
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2樓2013-05-14 18:38:52
暇逸
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3樓2013-05-14 22:07:52
羅敏1
新蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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4樓2013-05-14 22:40:20
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