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[求助]
模擬聚合物在水溶液中的構(gòu)象
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請(qǐng)問北京這邊哪位老師做分子模擬比較厲害？模擬聚合物在水溶液中的構(gòu)象。想去請(qǐng)教一下。我想模擬聚合物分子在不同的鹽溶液中的骨架形態(tài)，如卷曲或伸展的，嘗試了各種表示方法（如：回轉(zhuǎn)半徑，末端距離，順反異構(gòu)體，二面角分布，timetrace），一直得不到預(yù)期的結(jié)果。希望得到指點(diǎn)！ 求助.jpg |
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pigrass
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2樓2013-05-21 16:51:40
3樓2013-05-21 16:54:45
xiaowu759
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4樓2013-05-21 17:33:37
tianlangxingaa
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5樓2013-05-21 23:54:50
【答案】應(yīng)助回帖
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mengsk: 金幣+10, ★★★很有幫助, 非常感謝！試過不同初始構(gòu)型，初始溫度設(shè)置比跑MD高幾百K�，F(xiàn)在感覺可能是box設(shè)置太小，可能鏡像對(duì)該分子產(chǎn)生影響了。 2013-05-29 10:11:09
jiaoyixiong: 金幣+5, 鼓勵(lì)交流 2013-06-02 20:50:44
mengsk: 金幣+10, ★★★很有幫助, 非常感謝！試過不同初始構(gòu)型，初始溫度設(shè)置比跑MD高幾百K�，F(xiàn)在感覺可能是box設(shè)置太小，可能鏡像對(duì)該分子產(chǎn)生影響了。 2013-05-29 10:11:09
jiaoyixiong: 金幣+5, 鼓勵(lì)交流 2013-06-02 20:50:44
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聚合物模擬如果體系很大的話，做一般的分子動(dòng)力學(xué)可能得不到很好的結(jié)果。除了力場(chǎng)的描述可能不準(zhǔn)確，特別是二面角可能不準(zhǔn)確外，另外一個(gè)可能遇到的問題就是初始構(gòu)型的選擇。 初始構(gòu)型的細(xì)微差別可能導(dǎo)致構(gòu)型被限制在某個(gè)局部最小值區(qū)域內(nèi)而無法在有限的模擬時(shí)間內(nèi)對(duì)整個(gè)系綜空間進(jìn)行取樣。有幾種方法LZ可以試著嘗試下，看看是否會(huì)改善結(jié)果： 1 取不同的初始構(gòu)型 2 延長(zhǎng)模擬時(shí)間 3 升高模擬體系溫度 如果可以，LZ可以試試一些enhanced sampling techniques。 例如REMD，metadynamics，Accelerated MD等等。 |
6樓2013-05-28 13:59:20
7樓2013-05-29 10:13:26
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如果是傳統(tǒng)MD的話，個(gè)人傾向于不同初始條件，多條軌跡。選取構(gòu)型的關(guān)鍵是要能解決局部能壘所導(dǎo)致的取樣空間不夠。 如果能知道對(duì)體系自由能影響最大的幾個(gè)體系結(jié)構(gòu)變量的話，例如某個(gè)二面角，某個(gè)氫鍵等等，就變這幾個(gè)應(yīng)該差不多了。初始構(gòu)型可以在高溫下，或者用模擬退火的方法產(chǎn)生。具體數(shù)目的話不知道具體體系，不好說。如果你的聚合物不怎么長(zhǎng)的話，一般一條軌跡幾十納秒應(yīng)該夠了。 我是做蛋白和多肽的，一般對(duì)這種問題都傾向于用enhanced sampling techniques。這個(gè)對(duì)計(jì)算資源要求很高，經(jīng)常一算就是幾百 K 的計(jì)算機(jī)時(shí)間。 希望有所幫助。 |
8樓2013-06-01 03:12:57
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