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nightwalker金蟲(chóng) (著名寫手)
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[求助]
Gromacs里面的improper_dihedral_angle的原子順序問(wèn)題
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請(qǐng)教一個(gè)關(guān)于gromacs里面的關(guān)于topology file的問(wèn)題 當(dāng)給improper dihedral 作用項(xiàng)設(shè)定參數(shù)的時(shí)候 itp文件里有一些可選的參數(shù) 比如對(duì)于苯環(huán)上的原子，有 ; Z -CA-X -Y improper torsion. CA is any ring carbon (CA,CB,CN,CV,CW,CR,CK,CQ,CS,C*) #define improper_Z_CA_X_Y 180.0 4.60240 2 我的第一個(gè)問(wèn)題是： 這個(gè)180.0應(yīng)該是參考角度或者叫平衡角度。 那么這個(gè)角度值是允許用戶根據(jù)需要修改呢（實(shí)際上就兩個(gè)選擇，180度或者0度） 還是說(shuō)不能修改，只能對(duì)應(yīng)一定的分子結(jié)構(gòu)？ 第二個(gè)問(wèn)題 Z_CA_X_Y是特指什么樣的原子順序？ 比如，一個(gè)苯環(huán)，上面六個(gè)碳原子，C1，C2,,,,,,C6, 對(duì)應(yīng)六個(gè)氫原子，H1，H2,,,,,,,H6 那么caseA C1 C2 C3 H2 組成一個(gè)improper 其中C2 連接其它三個(gè)原子 另外caseB C1 C2 C3 C4 組成一個(gè)improper 是線性的 另外caseC C1 C2 C3 H4 也組成一個(gè)improper 是線性的 我的想法呢 caseB的improper是0度，caseC的improper是180度 貌似這兩種情況都要用 improper_Z_CA_X_Y 那它后面的 180 度到底要不要修改？ 另外對(duì) caseA 四個(gè)原子的順序怎么安排？ 是 C1 C2 C3 H2， 還是 C2 C1 C3 H2？ 兩種情況又分別應(yīng)該對(duì)應(yīng)多大的參考角？ 很基礎(chǔ)的問(wèn)題，見(jiàn)笑了，請(qǐng)高手不吝賜教啊。 |
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