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lf6220至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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如何回復(fù)Genbank序列里含有終止密碼子和讀碼框移位 已有1人參與
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最近在Genbank上傳可以表達(dá)蛋白的基因序列獲取登錄號(hào)時(shí)，Genbank回信說(shuō)，序列里含有終止密碼子和讀碼框移位，讓給出解釋。我的序列是： ATGGATTCAGTCAATATCGAGACCCCCGCAGCCACTCAGGCCGAAGCGCTCGCAGCATTCGATCAGCAGGCAGCAGGGCA GTACTTGCGCGGTCAGTGGATTGCGGAGGAGCACCTGATGCGGGCCATTGGCGGGCCTCGCCCCGCAGGCATCCCTTACC GGTGGGCATGGGACGATGTCGAGAAGGCCCTCGCTGAGGCGACCATTGCACTCGGGCCCGTCGACACGGCGAGGCGGCAC CTCACCTTCGTCAACCCTGGTCTCCTCGATCGCGGAAGCGCCACCACGCACACCATCTCTGCCGGCTTCCAGCTCGTGAA GCCGGGCGAAGTATGCTGGTCGCATCGACACACCATGGGCGCTGTGCGATTCATCACGAAGGGAGATCCGGAGGCTTTCA CGACCGTCGACGGCGAGCGTCTGCCCATGGAAGATTTCGATCTTCTGATCACCCCGCGATTCTCGTGGCACGACCACCAC AACCCGAGCGACTCCGACGTTGTCTGGCTCGACGGCCTCGACATAGGCCTTCTCTTCGCCCTCGGTGCAGTCTACTACGA GCCCTACGGCGACGACAGCCAGAACGTGCGCCCTTCGAGCAGCGAAGGCATCGGAACCCGCAGCCACTGGCTGCGTCCAA CGTGGGAACGCGGTCGCGAGAGCAGACTGCCCGTGCGCTATCCCTGGAGCGAAGTCAAAGCGCGCCTCAATCTCTACGAC CTCGACGCGGGCAACCCTTACGACGGGCTGGCGCTGCGATACGCCAATCCGGTGACTGGTGGCCCGACGATGGCCACCAT GGACTGCTGGGTGCAACGCCTCGCCCCAGGGTTCGATGGCAAGGCCCACCGCCGTTCATCCAGCGCGGTCACTTACGTTA TCTCTGGCTCCGGCTCGTTCGTCACCGATGACGAGACGATCAGCTTCGTGCCCGGCGACGTCATCGCGCTTCCGAACTGG ACTAACTTTCGATGGGTGAATGCCTCCCCGACTGAGTCGGTACAGCTCTTCTCGATGCACGACATTCCTGCACTGCAGGC TTTTGGCCTGCTCTACGAAGAACCGGAATCGATTCTCAACGCGACACCCGCGCCCGTGAACCCTACTCCGCCACTCAAGC CAATCTACCGGGCTGGCGCCTTCTACGATCAGGATGAACTATGA 利用ORFfinder分析后這是其中的一個(gè)最大的開(kāi)放閱讀框，經(jīng)blastX分析，有超過(guò)十幾個(gè)相似度高達(dá)99%的蛋白氨基酸序列存在，說(shuō)明是可以表達(dá)蛋白的，但是其中也有幾個(gè)讀碼框移位（含終止密碼子）。我也對(duì)照了Genbank里的登錄號(hào)為YP_004243241.1的1-羥基-2-萘甲酸雙加氧酶的序列，也發(fā)現(xiàn)它的里面也含有讀碼框移位（含終止密碼子）。 現(xiàn)在不知道如何回答Genbank的疑問(wèn)？genbank的原話為：We have noticed that some or all of the sequences contain internal stop codons and/or reading frame shifts (insertions/deletions based on BLASTsimilarity search results and/or an alignment). This generally indicates problems such as: - errors in the nucleotide sequence - sequences have not been trimmed of low quality - problems with feature annotation which may be due to:translation in the wrong reading frame or on the wrong strandtranslation does not have the correct exon spanstranslation includes noncoding sequence, such as introns or UTR's 請(qǐng)有經(jīng)驗(yàn)的大俠給解答一下，謝謝！ |
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5樓2015-05-14 20:53:19
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