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meatball1982銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
tinker pdbxyz 轉(zhuǎn)xyz時少原子
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大家好。我初學(xué)tinker.遇到下面的問題。 我有一個pdb文件(為了說明問題，我將各個原子(23個)的位置按照序號進(jìn)行了設(shè)置)。 命名為ser_num.pdb 我用tinker中的pdbxyz 將ser_num.pdb轉(zhuǎn)到xyz文件（23個位置），用的是amoebabio09.prm。沒有問題。 現(xiàn)在，我希望將兩個ser_num.pdb中的各個原子放在一個新的pdb(ser_ser_num.pdb)當(dāng)中（新定義了位置和序號，共有46個原子）。并用pdbxyz轉(zhuǎn)換坐標(biāo)，還是amoebabio09.prm。但是這個過程中，新的xyz文件只剩下34個原子了。 我的問題是： 01.是不是我的新的pdb文件定義有問題？如果是，應(yīng)該如何定義。 02.如果不是pdb定義的問題，應(yīng)該如何設(shè)置，使得pdbxyz過程中，xyz文件不會少原子。 03.有沒有可能是參數(shù)文件的問題。 ser_num_pdb.GIF ser_num_xyz.GIF ser_ser_num_pdb.GIF ser_ser_num_xyz.GIF |
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- 附件 2 : ser_ser_num.pdb
- 附件 3 : ser_ser_num.xyz
2013-05-30 18:15:52, 1.48 K
2013-05-30 18:15:54, 2.53 K
2013-05-30 18:15:56, 2.19 K
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