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chengjvn金蟲 (小有名氣)
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[求助]
PBS作業(yè)系統(tǒng)運(yùn)行molcas軟件的腳本
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我們實(shí)驗(yàn)室最近安裝了molcas計(jì)算軟件，以用戶jwen身份安裝在目錄/home/jwen/molcas78下，可執(zhí)行腳本molcas放在目錄/usr/bin下。目前使用的計(jì)算模塊主要是seward，scf，rasscf和rassi這四個(gè)模塊。 我們實(shí)驗(yàn)室使用的是PBS作業(yè)提交系統(tǒng)，現(xiàn)在要編寫一個(gè)腳本提交作業(yè)。 目前有一個(gè)主節(jié)點(diǎn)，4個(gè)計(jì)算節(jié)點(diǎn)，每個(gè)節(jié)點(diǎn)8個(gè)cpu。 要編寫一個(gè)能夠?qū)崿F(xiàn)多節(jié)點(diǎn)并行計(jì)算的腳本（比如，使用2個(gè)計(jì)算節(jié)點(diǎn)，每個(gè)節(jié)點(diǎn)使用4個(gè)cpu）。 比如現(xiàn)在要計(jì)算CaF2:Ce3+體系，輸入文件放在目錄/home/jwen/caf2下。 輸入文件有四個(gè)，1_sew.in, 2_scf.in, 3_rasscf.in, 4_rassi.in, 前面三個(gè)文件依次計(jì)算完之后，再把計(jì)算出來的能量值放入第四個(gè)輸入文件。 或者把這幾個(gè)輸入文件合并成一個(gè)輸入文件caf2.input。 我在書上molcas的用戶手冊(cè)上看到一個(gè)腳本，然后改了一下，寫成如下的run.sh腳本： #!/bin/bash #PBS -l walltime=10:00:00 #PBS -l nodes=2 #PBS -l pmem=3000mb #### Job settings #### export MOLCASMEM=2000 export SUBMIT=/home/jwen/caf2 export Project=caf2 export CPUS=8 #### modules #### . use_modules module load intel/11.1 module load openmpi/1.4.1/intel/11.1 #### molcas settings #### export MOLCAS=/usr/bin export WorkDir=$PWD/tmp #### run #### cd $SUBMIT molcas $Project.input -f 然后在命令行輸入./run.sh [jwen@cluster caf2]$ ./run.sh 結(jié)果顯示： ./run.sh: line 13: use_modules: No such file or directory ./run.sh: line 14: module: command not found ./run.sh: line 15: module: command not found *** *** Error: Could not find molcas installation *** Currently MOLCAS=/usr/bin 請(qǐng)問，這是什么問題，是沒有安裝好嗎，但是感覺安裝沒什么錯(cuò)誤啊，還是其他的原因？ 求助各位大俠，作業(yè)腳本該怎么改寫，或者是安裝有問題？非常感謝！�。�！ |
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