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neaper新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
請(qǐng)問(wèn)一步有500百萬(wàn)個(gè)原子的lammps構(gòu)型文件用什么軟件可以可視化顯示？
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| 本人初做MD模擬，想要顯示原子數(shù)比較大的構(gòu)型，原子數(shù)大概在500萬(wàn)個(gè)左右，對(duì)應(yīng)一步的文件大小是200M左右，我用VMD 1.9進(jìn)行顯示，可是貌似VMD一步最多只支持顯示40M左右（約90萬(wàn)個(gè)原子）的構(gòu)型，不知道VMD的顯示能力是否有錯(cuò)，有其它的軟件可以實(shí)現(xiàn)大模型顯示么 ？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
cenwanglai: 金幣+2, 謝謝回復(fù)~ 2013-06-05 09:47:32
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500萬(wàn)個(gè)原子？ 這也太猛了點(diǎn)兒，這么大的體系，你應(yīng)該先考慮你的計(jì)算機(jī)硬件問(wèn)題了，你可以試試GPU加速的 VMD 并行版本。 還有，你的模擬體系中這500萬(wàn)個(gè)原子不會(huì)都是你需要的吧？ 打個(gè)比方說(shuō)，我的模擬體系是蛋白質(zhì)在溶液中的動(dòng)力學(xué)模擬，很顯然體系中大部分原子會(huì)是溶液，但是在顯示的時(shí)候，關(guān)鍵是要看蛋白質(zhì)的情況，所以在顯示的時(shí)候，我就可以把溶液分子都刪除，只把蛋白質(zhì)的軌跡保留下來(lái)，這樣就可以減少計(jì)算機(jī)的負(fù)擔(dān)。 [ Last edited by jiaoyixiong on 2013-6-4 at 10:12 ] |
2樓2013-06-04 10:08:07
neaper
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你好！我的目的確實(shí)是要全部顯示這些原子，計(jì)算機(jī)硬件顯示能力應(yīng)該是夠的，一步500萬(wàn)個(gè)原子的文件大小也就200M，電腦硬件應(yīng)該是可以滿足的，而電腦內(nèi)存配置小的話只是總的能顯示的步數(shù)會(huì)少些而已吧，這我可以分布輸出來(lái)解決的，但是貌似VMD軟件的顯示能力有限，我試了下，一步的原子數(shù)加到40M（也就是90萬(wàn)個(gè)）就不能顯示了，所以還是想問(wèn)下有知道什么軟件能夠顯示比較大規(guī)模的原子，另外至于你說(shuō)的GPU加速的VMD并行版本哪里可以找到，大俠你有的話方便傳我一個(gè)嗎，我的郵箱是：zhangqun@lnm.imech.ac.cn 謝謝了 |
3樓2013-06-04 22:55:01
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4樓2013-06-05 00:21:18
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neaper5樓2013-06-05 08:44:49
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6樓2013-06-05 08:52:13
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7樓2013-06-05 10:12:45
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8樓2013-06-05 17:36:36
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