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asia19871122銀蟲 (初入文壇)
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[求助]
如何比較準(zhǔn)確地計(jì)算兩個(gè)大分子的均方根位移（RMSD），如何高效地將兩分子盡可能重合？
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| 如何比較準(zhǔn)確地計(jì)算兩個(gè)大分子的均方根位移（RMSD），不要計(jì)算公式，只求如何高效地將兩分子盡可能重合？ |
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pigrass
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
asia19871122: 金幣+5, ★★★很有幫助, 謝謝回復(fù)！vmd是可以計(jì)算分子（特別是MD模擬的結(jié)果）的RMSD，不過我的兩個(gè)分子坐標(biāo)相差很大，不知道能不能搞定！由于我是新手，金幣有限，所以先給這么多，如果確實(shí)有幫助，會(huì)追加獎(jiǎng)賞哈！謝謝��！ 2013-06-04 11:30:31
asia19871122: 金幣+5, ★★★很有幫助, 雖然你給的方法暫時(shí)沒去用，但確實(shí)提供了一個(gè)很好的方向！問題已經(jīng)基本解決！謝謝！！ 2013-06-05 08:43:02
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
asia19871122: 金幣+5, ★★★很有幫助, 謝謝回復(fù)！vmd是可以計(jì)算分子（特別是MD模擬的結(jié)果）的RMSD，不過我的兩個(gè)分子坐標(biāo)相差很大，不知道能不能搞定！由于我是新手，金幣有限，所以先給這么多，如果確實(shí)有幫助，會(huì)追加獎(jiǎng)賞哈！謝謝��！ 2013-06-04 11:30:31
asia19871122: 金幣+5, ★★★很有幫助, 雖然你給的方法暫時(shí)沒去用，但確實(shí)提供了一個(gè)很好的方向！問題已經(jīng)基本解決！謝謝！！ 2013-06-05 08:43:02
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不知道樓主用不用vmd，查下來好像vmd的一個(gè)插件很好用VMDICE 相關(guān)帖子 http://www.mdbbs.org/thread-28323-1-1.html 插件下載鏈接 http://www.meduniwien.ac.at/msi/biosim/bk/a1375/ 附件是帖子提到的論文。。�？梢韵仍囋嚳� |
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2013-06-04 10:59:11, 434.99 K
2樓2013-06-04 10:56:41
pigrass
專家顧問 (著名寫手)
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額 其實(shí)可以試好了再給金幣的 我不做vmd，只是查到有這么一個(gè)插件感覺還好用。。。 3樓2013-06-04 12:00:38
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