 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 617 | 回復(fù): 0 | ||
qianxiong銅蟲 (小有名氣)
|
[求助]
Atutodock 中 電荷 及 原子類型（氫鍵）的指定
|
|
各位看官，向你們請教關(guān)于AutoDock中 氫鍵受體/供體 和 電荷 的定義問題。 傳統(tǒng)上認為,氫原子與電負性很大、半徑很小的原子 B(F,O,N)以共價鍵形成強極性鍵 H—B, 這個氫原子還可以吸引另一個鍵上具有孤對電子、電負性大、半徑小的原子 A,形成具有 B—H...A 形式的物質(zhì),這時氫原子與 A 原子之間的吸引力叫做氫鍵。其中 B—H 被稱為質(zhì)子給體, A 被稱為質(zhì)子受體。當然氫鍵的形成還涉及到氫鍵的飽和性及連接角度限制問題 在 autodock 中受體通常為命名為 元素名+A 如 OA， NA 等。我在用Autodock處理ligang得到pdbqt有幾處比較困惑： 1 根據(jù)受體的定義， 具有孤對電子、電負性大 是否意味著其 partial charge 就應(yīng)該是 負值 且 較大？ 2 如果問題1的回答是肯定的話，又該如何解釋下面貼出的部分pdbqt數(shù)據(jù)？ 在autodock中定義氫鍵受體是否還有其他考慮，如立體效應(yīng)等，有autodock關(guān)于原子類型定義規(guī)則的文獻報道？ ATOM 1 N X 0 -0.637 0.342 -0.652 0.00 0.00 0.127 NA ; 受體 N ATOM 4 N X 0 0.531 -1.642 -0.600 0.00 0.00 -0.115 NA ATOM 5 H X 0 -0.279 -2.117 -0.843 0.00 0.00 0.206 HD ATOM 6 N X 0 1.626 0.316 0.031 0.00 0.00 -0.223 N ATOM 9 N X 0 -1.667 -0.781 1.106 0.00 0.00 -0.233 N ATOM 10 H X 0 -0.847 -1.265 1.292 0.00 0.00 0.174 HD ATOM 11 H X 0 -2.447 -0.914 1.667 0.00 0.00 0.174 HD ATOM 12 N X 0 -2.904 0.695 -0.271 0.00 0.00 -0.233 N [ Last edited by qianxiong on 2013-6-16 at 09:48 ] |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
271求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
312求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
352求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085602化學工程求調(diào)劑。
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
085600材料與化工306
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
機械學碩310分，數(shù)一英一，一志愿211本科雙非找調(diào)劑信息
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿西南交通 專碩 材料355 本科雙非 求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
085602 289分求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
085601求調(diào)劑總分293英一數(shù)二
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
292求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
找到一些相關(guān)的精華帖子，希望有用哦~
如何得到指定原子上的電荷密度差
已經(jīng)有7人回復(fù)
- MS中修改原子的電荷應(yīng)該改charge還是formalcharge？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 怎么使用bader電荷分析出原子軌道上的電子數(shù)，或者其它能夠得出軌道電子的軟件？
已經(jīng)有29人回復(fù)
- Gaussian中原子凈電荷的指定
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 原子布居電荷分布
已經(jīng)有3人回復(fù)
- pwscf可以算每個原子上面的電荷數(shù)么
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求教】電子密度，差分密度，原子電荷這三個之間有什么關(guān)系？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 請教有機分子中O原子和H原子電荷數(shù)怎么計算，O-H鍵鍵級怎么計算！謝謝！
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 計算單個氫原子軌道電荷
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】在結(jié)構(gòu)中想讓N原子帶一個電荷該怎么設(shè)置？
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】請問各位如何計算某分子中心原子價電荷密度
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于苯并咪唑氮原子上負電荷的供電性
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】原子的電荷密度分布怎么求？
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】請問如何由電荷密度圖看出原子之間是否成鍵及成鍵類型？
已經(jīng)有7人回復(fù)
點擊這里搜索更多相關(guān)資源科研從小木蟲開始，人人為我，我為人人
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 qianxiong 的主題更新
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿華理，數(shù)一英一285求A區(qū)調(diào)劑 +4 | AZMK 2026-03-25 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +6 | 田洪有 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學/290求調(diào)劑/本科經(jīng)歷豐富/工科也可 +6 | 丹青奶蓋 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
[考研] 打過很多競賽，085406控制工程300分，求調(diào)劑 +3 | askeladz 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +6 | 87639 2026-03-21 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +5 | plum李子 2026-03-21 | 8/400 |
|
|
|
[考研] B區(qū)考研調(diào)劑 +4 | yqdszhdap－ 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 上海電力大學材料防護與新材料重點實驗室招收調(diào)劑研究生（材料、化學、電化學，環(huán)境） +4 | 我愛學電池 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿北化315 求調(diào)劑 +3 | akrrain 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +3 | HanBeiNingZC 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 344求調(diào)劑 +3 | desto 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[基金申請] 請教下大家 2026年國家基金申請是雙盲審嗎？ +3 | lishucheng1 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 336求調(diào)劑 +4 | 收到VS 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 350求調(diào)劑 +6 | weudhdk 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 306求調(diào)劑 +5 | 來好運來來來 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料學碩301分求調(diào)劑 +7 | Liyouyumairs 2026-03-21 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +3 | 邱gl 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | 要好好無聊 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 13341 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +3 | 哇呼哼呼哼 2026-03-20 | 3/150 |
|