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lucaca

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[交流] 怎樣在Forcite模塊得到較低密度的體系

Forcite模塊的動(dòng)力學(xué)計(jì)算部分有好多系綜，可以通過(guò)NPT等給體系施加一定壓力，達(dá)到自己想要的密度。
但如果體系的目標(biāo)密度很低（如0.01g/cc），即體系孔隙率很大，這個(gè)密度應(yīng)該怎么得到呢？
我的想法是在NPT系綜里對(duì)P取負(fù)值，剛才模擬了一個(gè)小的動(dòng)力學(xué)，可以使體系密度降低，但這樣做到底可不可取呢？

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1樓 2013-07-01 05:04:02

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klaus1987

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chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2013-07-02 18:38:29

在Amorphous Cell 建立盒子的時(shí)候可以設(shè)定密度。結(jié)構(gòu)優(yōu)化的時(shí)侯可以不勾選優(yōu)化盒子，這樣密度就不會(huì)變化。動(dòng)力學(xué)模擬如果是NPT的話，密度肯定是變化的，因?yàn)楹凶拥拇笮≡谧儭VT動(dòng)力學(xué)的話，密度就是不變的了，因?yàn)楹凶拥捏w積不變。

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4樓2013-07-01 15:26:09

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lucaca

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引用回帖:

4樓: Originally posted by klaus1987 at 2013-07-01 15:26:09
在Amorphous Cell 建立盒子的時(shí)候可以設(shè)定密度。結(jié)構(gòu)優(yōu)化的時(shí)侯可以不勾選優(yōu)化盒子，這樣密度就不會(huì)變化。動(dòng)力學(xué)模擬如果是NPT的話，密度肯定是變化的，因?yàn)楹凶拥拇笮≡谧儭VT動(dòng)力學(xué)的話，密度就是不變的了，因?yàn)?...

對(duì)，是這樣的，如果一直使用NVT系綜而不使用別的系綜，那使用Forcite模塊計(jì)算amorphous聚合物的結(jié)果可靠不？或者說(shuō)，什么樣的體系適合始終用NVT進(jìn)行平衡。
其實(shí)還有一點(diǎn)疑問(wèn)，如果在NPT里將P設(shè)成負(fù)壓，跑出來(lái)的結(jié)果可不可靠？昨天簡(jiǎn)單跑了一個(gè)模型，可以將體系密度減小，但不是特別清楚計(jì)算結(jié)果的準(zhǔn)確性

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5樓2013-07-01 22:46:12

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klaus1987

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引用回帖:

5樓: Originally posted by lucaca at 2013-07-01 22:46:12
對(duì)，是這樣的，如果一直使用NVT系綜而不使用別的系綜，那使用Forcite模塊計(jì)算amorphous聚合物的結(jié)果可靠不？或者說(shuō)，什么樣的體系適合始終用NVT進(jìn)行平衡。
其實(shí)還有一點(diǎn)疑問(wèn)，如果在NPT里將P設(shè)成負(fù)壓，跑出來(lái)的結(jié) ...

一般來(lái)說(shuō)NPT更接近實(shí)際物體所處的環(huán)境。
負(fù)壓的問(wèn)題，建議你看一下幫助里恒壓方法的介紹，里面有原始公式，具體的我也沒(méi)研究過(guò)。

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6樓2013-07-02 08:57:39

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董曉陽(yáng)

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你好，我想問(wèn)一下，NPT系綜里P設(shè)為負(fù)值代表什么意思？我用Discover 跑完NPT之后，P變?yōu)樨?fù)值，不知道是怎么回事?能不能幫忙分析一下

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7樓2014-05-08 18:58:47

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huiminchlq2樓

2013-07-01 06:55 回復(fù)

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4343791233樓

2013-07-01 09:59 回復(fù)

lucaca: 金幣+1 2013-07-02 00:12:47

好 [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ]

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