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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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司馬星空

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[求助] Ag體內(nèi)做vc-relax出錯，不知怎樣改參數(shù)？

自己做了Ag原子的贗勢，想測試下VC-relax的晶格常數(shù)變化大不大。可是有些錯誤，不知道怎么樣修改參數(shù)。
&control
calculation='vc-relax'
restart_mode='from_scratch',
pseudo_dir = '/',
outdir='/',
prefix='Ag'
/
&system
ibrav= 2, celldm(1) =7.7290
nat=1, ntyp=1,
ecutwfc =45
occupations='smearing', smearing='methfessel-paxton', degauss=0.04
/
&electrons
  mixing_beta = 0.4
mixing_ndim =12
conv_thr =  1.0d-8
diagonalization ='cg'
/
&ions
upscale=10
/
&CELL
cell_dynamics = 'bfgs' ,
press = 0.00 ,
cell_dofree='xyz',
/
ATOMIC_SPECIES
Ag  107.9 Ag.rel-pbe.newUPF
ATOMIC_POSITIONS
Ag    0.00000000  0.00000000 0.00000000
K_POINTS (automatic)
8 8 8 0 0 0

輸出結(jié)果：
CELL_PARAMETERS (alat=  7.72900000)
  -0.507305951 0.003652975 0.496347025
  -0.003652975 0.507305951 0.496347025
  -0.503652975 0.503652975  -0.007305951

ATOMIC_POSITIONS (alat)
Ag    0.000000000 0.000000000 0.000000000

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
   from checkallsym : error #       2
   not orthogonal operation
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

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1樓 2013-07-01 20:47:28

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chuanghua304

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★
sunyang1988: 金幣+1, 謝謝交流 2013-07-04 10:06:37

本帖內(nèi)容被屏蔽

2樓2013-07-02 14:34:58

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valenhou001

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
sunyang1988: 金幣+2, 謝謝幫助 2013-07-04 10:06:46
sunyang1988: 應(yīng)助指數(shù)+1 2013-07-04 10:07:05

樓主的基矢（CELLDM和IBRAV)和原子坐標(biāo)設(shè)置都是合適的，因為計算的是fcc的Ag原胞。
出現(xiàn)這樣的錯誤，是vc-relax計算時最常見的，由于對稱性檢查的問題。

你可試試改用 ibrav=0,另外手動設(shè)置初始的fcc的晶格基矢在輸入文件中：
CELL_PARAMETERS {alat}
  -0.507305951 0.003652975 0.496347025
  -0.003652975 0.507305951 0.496347025
  -0.503652975 0.503652975  -0.007305951

你要計算晶格常數(shù)的話，還是最好按計算一組“晶格常數(shù)--總能”的數(shù)據(jù)之后進(jìn)行擬合得到最優(yōu)的晶格常數(shù)，這樣的方式來做。

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3樓2013-07-02 16:01:47

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souledge

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【答案】應(yīng)助回帖

★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
sunyang1988: 金幣+1, 專家考核, 謝謝交流 2013-07-04 10:07:36

因為FCC的Primitive Cell的a, b, c三軸的夾角為60度，而不是90度，所以當(dāng)LZ使用&cell下的cell_dofree = 'xyz'時，就是固定了三個角度，就會出現(xiàn)角度不正交的毛病。
換句話說，想要固定角度，除非是三個90度角，否則在QE中就會出現(xiàn)正交錯誤，并在第一個SCF后結(jié)束vc-relax的計算。當(dāng)然，是否有方法克服這個直接設(shè)置cell_dofree的問題，個人暫時不清楚。所以這并不表示QE就一定不能固定至少有一個非90的角。

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4樓2013-07-02 18:34:30

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【答案】應(yīng)助回帖

順便補(bǔ)一句官方對于cell_dofree參數(shù)的解釋：

引用回帖:

BEWARE: if axis are not orthogonal, some of these options do not work ( symmetry is broken). If you are not happy with them, edit subroutine init_dofree in file Module/cell_base.f90

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5樓2013-07-02 18:38:39

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valenhou001

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【答案】應(yīng)助回帖

★
sunyang1988: 金幣+1, 專家考核, 謝謝交流 2013-07-04 10:07:53

引用回帖:

4樓: Originally posted by souledge at 2013-07-02 19:34:30
因為FCC的Primitive Cell的a, b, c三軸的夾角為60度，而不是90度，所以當(dāng)LZ使用&cell下的cell_dofree = 'xyz'時，就是固定了三個角度，就會出現(xiàn)角度不正交的毛病。
換句話說，想要固定角度，除非是三個90度角 ...

你說的cell_dofree='xyz'是一個問題，不適用于FCC。改用cell_dofree='all'試試。

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6樓2013-07-02 20:14:12

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7樓2013-07-02 22:34:19

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引用回帖:

6樓: Originally posted by valenhou001 at 2013-07-02 20:14:12
你說的cell_dofree='xyz'是一個問題，不適用于FCC。改用cell_dofree='all'試試。...

謝謝各位。cell_dofree='all' 測試過是可行的。我后來想了一下，把Ag體內(nèi)的原胞取成了簡單立方ibrav=1 ，
ATOMIC_POSITIONS
Ag  0.00000000  0.00000000 0.00000000
Ag  0.50000000  0.50000000 0.00000000
Ag  0.00000000  0.50000000 0.50000000
Ag  0.50000000  0.00000000 0.50000000
能正常運(yùn)行，輸出結(jié)果：

CELL_PARAMETERS (alat=  7.72900000)
1.024584086 0.000000000 0.000000000
0.000000000 1.024584086 0.000000000
0.000000000 0.000000000 1.024584086
基矢變了，說明晶格常數(shù)也變了，變化后的應(yīng)該是7.729*1.024584086，不知道這樣是否有問題？

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8樓2013-07-05 10:14:13

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是可以的。

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9樓2013-07-05 10:32:54

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