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huyingdamon
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[求助]
模擬出錯(cuò)
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我用gromacs模擬A分子與四個(gè)B分子在水中作用情況，希望能得到他們之間相互作用能，他們是能形成氫鍵的，因此也希望得到他們形成了幾個(gè)氫鍵。模擬到這部出現(xiàn)問(wèn)題了，請(qǐng)大家?guī)臀铱纯词鞘裁磫?wèn)題，該怎么解決，雖然gromacs也給出了錯(cuò)誤，不過(guò)我還是沒(méi)怎么弄清楚。謝謝大家了 Reading file nvt.tpr VERSION 4.0.7 Starting mdrun ‘DRG and DR in water’ 50000 steps, 100ps Warning: 1-4 interraction between 71 and 74 at distance 2.297 while is larger than the 1-4 table size 2.000nm These are ignored for the rest of the simulation This usually means your syetem is exploding If not ,you should increase table-extension in your mdp file or with user tables increacs the table size |
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