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科學(xué)島鐵蟲 (初入文壇)
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[求助]
用NBO如何分析體系，特別是開殼層體系，
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最近瀏覽了很多關(guān)于用guassian計算NBO的帖子，但是對一些問題還是很迷茫， 1.開殼層體系的鍵級：有人說用總密度矩陣得到的wiberg 鍵級，也有人說用alpha和beta得到的鍵級之和的2倍，更有人說是alpha和beta的一半，現(xiàn)在我也不知道怎么處理了? 2.關(guān)于鍵級的離子鍵和共價鍵成分，據(jù)說NBO3.1版本不能計算NRT（自然共振理論），假如是這樣的話，那離子鍵成分能不能表示為i=abs(C(A)^2-C(B)^2)/(C(A)^2+C(B)^2)，i=1為純離子鍵，i=0為純共價鍵？ 3.那怎樣才能算NRT，我最近看了NBO的手冊，不是很明白，另外我也看了NRT的3篇文獻， Natural Resonance Theory: I. Natural Bond Order and Valency Natural Resonance Theory: II. NaturalBond Order and Valency Natural Resonance Theory: III. NaturalBond Order and Valency 是否有單獨的NBO計算軟件，現(xiàn)在我想用高版本的軟件計算NRT，現(xiàn)在求軟件！！！ 有誰可以指點指點��？ 我就只有19個金幣，全部懸賞，還請大家多多指點啊，非常感謝�。。。。。。。�！ |
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12樓2013-07-10 08:37:31
qchem
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2樓2013-07-09 07:28:11
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1 可以將Wiberg鍵級當(dāng)成Mayer鍵級在正交基下的特例（即重疊矩陣為單位矩陣的情況）。閉殼層、開殼層下的Mayer鍵級表達式在Multiwfn手冊3.11.1節(jié)明確地給出了。 靠總密度矩陣來得到開殼層體系的Wiberg/Mayer鍵級在原理上是不正確的，雖然結(jié)果從實際上來看也可以用。正確做法是靠alpha和beta密度矩陣分別計算alpha和beta電子的Wiberg/Mayer鍵級，然后再加和。 2 可以。但這只是一種表述方式，是否可靠得自己根據(jù)實際情況定奪，某些情況可能沒法這么討論。相對而言，靠NRT給出離子和共價成分更可靠。 3 用NBO5及以上版本（收費）。高斯自帶的3.1不支持。 |
5樓2013-07-09 14:57:00
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【答案】應(yīng)助回帖
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1 計算alpha和beta在加和，就是手冊里3.11.1節(jié)里第一個公式，這也是Mayer的原文所定義的。你引用的那句話只不過是另一種處理開殼層體系的方式。 2 計算Mayer/Wiberg鍵級時不要用彌散函數(shù)。你可以計算能量等性質(zhì)時用彌散函數(shù)，但是計算鍵級時使用不加彌散函數(shù)的波函數(shù)。也可以改用模糊鍵級，原理上類似Mayer鍵級，但是是在實空間下計算的，所以受彌散函數(shù)影響很小，用彌散函數(shù)也沒關(guān)系，詳見手冊3.11.6節(jié)，對于極性不強的鍵和Mayer鍵級在結(jié)果上接近。 3 NRT是很耗時的。比較大的體系往往很難算得動。 |
7樓2013-07-09 19:13:39
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4樓2013-07-09 12:35:05
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1.我看了3.11.1章節(jié)，是這么說的： For unrestricted or restricted open-shell system, there is another way to calculate total bond order rather than summing up alpha and beta bond orders, that is summing up alpha and beta density matrices to form total density matrix first and then calculate Mayer bond order by using restricted close-shell formula, this treatment is sometimes called “generalized Wiberg bond order“, these total bond orders are printed following the title “Mayer bond order from mixed alpha&beta density matrix”. 靠alpha和beta密度矩陣分別計算alpha和beta電子的Wiberg/Mayer鍵級，然后再加和 和章節(jié)里說的好像不一致，是我理解錯了嗎？ 2.我算的是AuC的陰離子體系，按說最好用彌散基組吧，但手冊里又說：Similar to Mulliken population, Mayer bond order and the multi-center bond order described below are sensitive to basis-set, so don't use the basis-sets having diffusion functions, otherwise the bond order result will be unreliable.我現(xiàn)在又迷惑了。 3.NRT計算所需的時間長嗎？我只有NBO3.1版本的，所以先問問， |
6樓2013-07-09 16:54:16
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8樓2013-07-09 19:22:28
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9樓2013-07-09 19:28:38
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10樓2013-07-09 22:34:42
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