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[求助]
請問一下大家有沒有分析蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)含量變化的軟件或者方法？
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| 我用amber跑完的軌跡，想看看蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)是怎么變的。。 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵交流 2013-07-27 08:39:28
lingogo: 金幣+15, ★★★很有幫助 2013-07-30 18:48:58
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵交流 2013-07-27 08:39:28
lingogo: 金幣+15, ★★★很有幫助 2013-07-30 18:48:58
| 樓主可以考慮DSSP. 這里是鏈接http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/ |
2樓2013-07-27 02:00:28
3樓2013-07-28 13:53:37
4樓2013-07-29 16:39:22
5樓2013-07-30 18:50:09
pataldington
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【答案】應(yīng)助回帖
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lingogo: 金幣+20, ★★★很有幫助 2013-08-01 16:11:09
lingogo: 金幣+20, ★★★很有幫助 2013-08-01 16:11:09
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DSSP可以輸入pdb文件，輸出每個氨基酸的二級結(jié)構(gòu)。 所以先導(dǎo)出pdb，然后dssp處理，然后直接分析輸出結(jié)果就行了。 最后可以畫以下幾種圖： 1. 橫坐標(biāo)時間，縱坐標(biāo)是殘基號，用不同顏色表示不同二級結(jié)構(gòu) 2. 每個時間點各種二級結(jié)構(gòu)所占的比例，或者占初始此二級結(jié)構(gòu)的比例 |
6樓2013-07-31 12:04:20
xuxm03
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- 專業(yè): 生物化學(xué)
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#vmd默認(rèn)使用stride計算蛋白二級結(jié)構(gòu)，這里給出vmd提出dssp計算的二級結(jié)構(gòu)并輸出到一個文件中用于作圖，文件輸出格式類似Amber的輸出格式，其中X代表不規(guī)則卷曲或者loop，將以下代碼保存為test.tcl可以直接在終端下運(yùn)行以下命令： #vmd test.psf test.dcd -dispdev text -e test.tcl #如果是amber的拓?fù)湮募蛙壽E則為 #vmd -parm7 test.prmtop -crdbox test.mdcrd -dispdev text -e test.tcl #輸出的文件為sec4traj.txt 1 # dealing with data in DSSP file 2 proc myproc1 {a b framei} { 3 # creat a empty list 4 set newsecdata 5 set linenumber 0 6 foreach a $b { 7 incr linenumber 8 if {[string equal [string index $a 2] #]} { 9 puts "The line number is $linenumber" 10 set secdata [lrange $b $linenumber end] 11 # puts $secdata 12 foreach secinfo $secdata { 13 set sectype [string index $secinfo 16] 14 if {[string is space $sectype]} then { 15 lappend newsecdata X 16 } else { 17 lappend newsecdata $sectype 18 } 19 } 20 } 21 } 22 set mynewsecdata [join $newsecdata \t] 23 set secdataframe [linsert $mynewsecdata 0 $framei] 24 puts $secdataframe 25 set sectraj [open sec4traj.txt a] 26 puts $sectraj $secdataframe 27 close $sectraj 28 } 29 30 # generate each frame pdb file and analyze secondary structure with dssp 31 set n [molinfo top get numframes] 32 puts "===Analysis number of frames: $n" 33 set myprotein [atomselect top protein] 34 #write resids 35 set myresids [lsort -integer -unique [$myprotein get resid]] 36 37 set sectraj [open sec4traj.txt w] 38 puts $sectraj $myresids 39 close $sectraj 40 41 #analysis of frames 42 for { set i 0 } { $i < $n } { incr i } { 43 $myprotein frame $i 44 $myprotein update 45 $myprotein writepdb myptrotein_$i.pdb 46 exec mkdssp -i myptrotein_$i.pdb -o myptrotein_$i.dssp 47 48 set dsspfile [open myptrotein_$i.dssp r] 49 set dsspline [read $dsspfile ] 50 set dsspdata [split $dsspline \n] 51 close $dsspfile 52 myproc1 splitdata $dsspdata $i 53 54 55 file delete myptrotein_$i.pdb 56 file delete myptrotein_$i.dssp 57 } |
7樓2013-08-01 18:10:33
8樓2017-02-22 21:00:34
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