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zzhwise金蟲 (小有名氣)
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[求助]
有機(jī)分子與無機(jī)Fe基板模型無法運(yùn)行！
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各位大神： 我的模型是2塊鐵基板之間夾著長(zhǎng)鏈有機(jī)分子. 為了測(cè)試模型，我分別對(duì)基板和有機(jī)分子進(jìn)行了模擬 基板：利用in文件進(jìn)行建模，計(jì)算，順利通過 有機(jī)分子：自己寫的data文件，計(jì)算，順利通過 但是當(dāng)自己講Fe坐標(biāo)寫進(jìn)有機(jī)分子的data再運(yùn)行時(shí)，無法運(yùn)行。具體文件如下： in文件 units metal dimension 3 boundary p p p #newton on atom_style full bond_style harmonic angle_style harmonic read_data data.fec24 pair_style hybrid eam/fs lj/cut 10.0 pair_coeff * * eam/fs Fe.eam.fs NULL NULL NULL Fe #只有鐵原子間用eam勢(shì) pair_coeff 1 1 lj/cut 0.060 3.5 pair_coeff 1 2 lj/cut 0.060 3.5 pair_coeff 1 3 lj/cut 0.044 3.0 #使用LJ/COUL勢(shì) pair_coeff 1 4 lj/cut 0.249 3.0 pair_coeff 2 2 lj/cut 0.060 3.5 #不是使用雜化勢(shì)時(shí)，不需要LJ/COUL pair_coeff 2 3 lj/cut 0.044 3.0 pair_coeff 2 4 lj/cut 0.249 3.0 pair_coeff 3 3 lj/cut 0.290 2.5 pair_coeff 3 4 lj/cut 0.165 2.5 group up molecule 122 group down molecule 121 neighbor 1.0 bin neigh_modify delay 5 min_style sd minimize 1.0e-4 1.0e-4 1000 1000 dump 1 all xyz 10 fec24.xyz # fix 1 all nvt temp 275.0 275.0 100.0 tchain 1 run 300 data文件 LAMMPS Description 20406 atoms 8760 bonds 17280 angles 0 dihedrals 0 impropers 4 atom types 2 bond types 3 angle types 0 dihedral types 0 improper types -5.0000 65.0000 xlo xhi -5.0000 50.0000 ylo yhi -35.0000 60.0000 zlo zhi Masses 1 12.0110 2 12.0110 3 1.00790 4 55.8450 Bond Coeffs 1 309.0 1.526 2 338.7 1.105 Angle Coeffs 1 44.1000 110.00000 2 46.300 110.50000 3 39.260 106.50000 Atoms 1 1 1 -0.18 24.109 30.702 1.682 2 1 2 -0.12 23.701 29.259 1.490 3 1 2 -0.12 24.912 28.438 1.784 4 1 2 -0.12 24.637 26.976 1.550 5 1 2 -0.12 26.005 26.295 1.739 6 1 2 -0.12 25.998 24.769 1.643 7 1 2 -0.12 27.032 23.634 2.129 。。。 20400 122 4 0.00 45.862 48.729 -14.8020 20401 122 4 0.00 48.729 48.729 -14.8020 20402 122 4 0.00 51.595 48.729 -14.8020 20403 122 4 0.00 54.462 48.729 -14.8020 20404 122 4 0.00 57.328 48.729 -14.8020 20405 122 4 0.00 60.194 48.729 -14.8020 20406 122 4 0.00 63.061 48.729 -14.8020 Bonds 1 2 8830 8880 2 2 8830 8879 data里沒有Fe原子的成鍵對(duì) 只有有機(jī)分子的鍵長(zhǎng)和鍵角信息 沒有非鍵pair 請(qǐng)問有遇到這樣問題的么？ [ Last edited by zzhwise on 2013-7-23 at 11:20 ] |
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