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yida

木蟲 (小有名氣)

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蟲號(hào): 1201744
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專業(yè): 微生物藥物

[求助] 陰離子建模

我要建的是多糖在水中的模型，其中多糖鏈上有羧基和磺酸根，這樣的話應(yīng)該是帶兩個(gè)負(fù)電荷，我加鈉離子平衡體系電荷，這樣的話應(yīng)該是一個(gè)多糖分子對應(yīng)兩個(gè)鈉離子，我用AC按比例添加后typing，進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化在out文件中竟然出現(xiàn)體系電荷不是零，這樣的話模型是不是構(gòu)建錯(cuò)誤了�。繎�(yīng)該怎么構(gòu)建這一類的模型�。�
還有就是計(jì)算相互作用能或者分析徑相分布函數(shù)時(shí)要把加入的負(fù)離子計(jì)算在內(nèi)嗎？
就是計(jì)算徑向分布函數(shù)的話要把有機(jī)物陰離子和加入的鈉離子設(shè)置為一個(gè)set進(jìn)行分析嗎？
還有就是會(huì)出現(xiàn)typing后加入納的電荷仍是零，這個(gè)很奇怪。
請高手解惑

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1樓 2013-07-24 10:59:14

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