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lq102021金蟲 (小有名氣)
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[求助]
如何用Arlequin計算群體之間的FST 已有1人參與
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我有群體之間的DNA序列，但是不會導(dǎo)入到Arlequin中去，求大俠指點迷津�。�！小弟在此謝過！ >sr tatatagaccctaaaaacgtccagggactaataatgcaaatatggaaatcttctggggca aacttgagcttctgaaaacttgaaagcgtttagggtttttgctgggccgaaactggtgtc gaccgacaccaagagtgtgtcgctcgacactcatcgctgattcctgaaccaaaatcgttc ttagtttccttttccttagtttttgctccaaaatgtctccttatctccattgttgtccca ttgcatagaa >pr tatatagaccctaaaaacgtccagggactaataatgcaaatatggaaatcttctggggca aacttgagcttctgaaaacttgaaagcgtttagggtttttgctgggccgaaactggtgtc gaccgacaccaagagtgtgtcgctcgacactcatcgctgattcctgaaccaaaatcgttc ttagtttccttttccttagtttttgctccaaaatgtctccttatctccattgttgtccca ttgcatagaa >su tatatagaccctaaaaacgtccagggactaataatgcaaatatggaaatcttctggggca aacttgagcttctgaaaacttgaaagcgtttagggtttttgctgggccgaaactggtgtc gaccgacaccaagagtgtgtcgctcgacactcatcgctgattcctgaaccaaaatcgttc ttagtttccttttccttagtttttgctccaaaatgtctccttatctccattgttgtccca ttgcatagaa >na tatatagaccctaaaaacgtccagggactaataatgcaaatatggaaatcttatggggca aacttgagcttctgaaaacttgaaagcgtttagggtttttgctgggccgaaactggtgtc gaccgacaccaagagtgtgtcgctcgacactcatcgcagattcctgaaccaaaatcgtcc ttagtttccttttccttagtttttgctccaaaatgtctccttatctccattgttgtccca ttgcatagaa >mo tatatagaccctaaaaacgtccagggactaataatgcaaatatggaaatcttctggggca aacttgagcttctgaaaacttgaaagcgtttagggtttttgctgggccgaaactggtgtc gaccgacaccaagagtgtgtcgctcgacactcatcgctgattcctgaaccaaaatcgttc ttagtttccttttccttagtttttgctccaaaatgtctccttatctccattgttgtccca ttgcatagaa >ta tatatagaccctaaaaacgtccagggactaataatgcaaatatggaaatcttctggggca aacttgagcttctgaaaacttgaaagcgtttagggtttttgctgggccgaaactggtgtc gaccgacaccaagagtgtgtcgctcgacactcatcgctgattcctgaaccaaaatcgttc ttagtttccttttccttagtttttgctccaaaatgtctccttatctccattgttgtccca ttgcatagaa >qi tatatagaccctaaaaacgtccagggactaataatgcaaatatggaaatcttctggggca aacttgagcttctgaaaacttgaaagcgtttagggtttttgctgggccgaaactggtgtc gaccgacaccaagagtgtgtcgctcgacactcatcgctgattcctgaaccaaaatcgtcc ttagtttccttttccttagtttttgctccaaaatgtctccttatctccattgttgtccca ttgcatagaa >wu tatatagaccctaaaaacgtccagggactaataatgcaaatatggaaatcttctggggca aacttgagcttctgaaaacttgaaagcgtttagggtttttgctgggccgaaactggtgtc gaccgacaccaagagtgtgtcgctcgacactcatcgctgattcctgaaccaaaatcgttc ttagtttccttttccttagtttttgctccaaaatgtctccttatctccattgttgtccca ttgcatagaa 里面>sr和>pr是GROUP1，>su和>na是Group2，>mo和>ta是Group3，>qi和>wu是Group5，想計算這些Group之間的fst，怎么樣導(dǎo)入數(shù)據(jù)并進(jìn)行計算？ |
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2樓2013-07-27 18:48:53
3樓2013-07-27 18:49:55
【答案】應(yīng)助回帖
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昨晚研究了一下，Arlequin3.1可以這樣操作。 首先，你的DNA數(shù)據(jù)要輸入到記事本中保存為 .txt格式，然后重命名為 .fas格式，用Mega軟件打開，讀取比對好的DNA數(shù)據(jù)，再保存為 .meg 格式。這個步驟應(yīng)該很簡單的，一般測序跑樹都會用到的。 然后，Arlequin軟件里有一個可以轉(zhuǎn)換 .meg 為 .arp格式的操作。當(dāng)然在這個操作里，你第一步要打開Arlequin軟件設(shè)置一些參數(shù)，首界面點擊“Configuration”，選擇Append results，Editor選擇你電腦里的editplus.exe軟件（沒有的話可以百度下載一個）----->點擊"Project Wizard"，"Data Type"選擇DNA，"Locus separator"選擇None------->點擊"Import Data"，選擇Mega格式你的DNA數(shù)據(jù)文檔，選擇轉(zhuǎn)換為Arlequin格式即可。如果你的DNA數(shù)據(jù)是放在桌面的，那么轉(zhuǎn)換好的Arlequin格式也會在桌面。 最后，點擊“Open Project”,選擇轉(zhuǎn)換好的.arp文檔----->點擊“View project”,會彈出editplus.exe界面的DNA數(shù)據(jù)輸入文件，其實電腦已經(jīng)基本自動輸好，你要做的就是自己設(shè)計居群以及給居群命名（要求你有C語言的基礎(chǔ)哦，不過Arlequin軟件包里的datafiles中的DNA例子可以參考一下，或是在“Open Project”時就打開datafiles中的DNA例子中的.arp文檔，此時不用修改因為是編好的），保存為.arp-------> 再重新點擊“Open Project”,選擇編寫好的.arp文檔-------->點擊“Settings”,選擇你想計算的內(nèi)容------->點擊"Start"就OK啦，結(jié)果會自動彈出來，保存一下就可以了。 當(dāng)然了，這也是知識我的初步摸索，不確定操作步驟準(zhǔn)確無誤，但是可以用來計算數(shù)據(jù)的，你不妨試一下。 |
4樓2013-07-28 16:11:09
xjmayuan
銅蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 2.1
- 帖子: 28
- 在線: 34.1小時
- 蟲號: 415367
- 注冊: 2007-06-28
- 性別: MM
- 專業(yè): 生態(tài)學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
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請問三樓，是否處理過已知群體等位基因頻率，計算群體間Fst，我怎么做出來和文獻(xiàn)中不一樣，不知哪里出錯，在Arlequin的settings中我是勾選了Population compaisons的compute pairwise Fst應(yīng)該對的吧，可結(jié)果出來與文獻(xiàn)結(jié)果就是不對。我的arp文件如下： [Profile] Title="Y chromosome microsatellite data scored as allele frequencies" #Reference: # Skorecki et al. (1997) Y chromosome of Jewish priests. Nature 385:32. NbSamples=3 DataType=FREQUENCY GenotypicData=0 LocusSeparator=' ' MissingData="?" Frequency= REL [Data] #Commented microsatellite haplotype definition. Not necessary here # [[HaplotypeDefinition]] # # HaplListName="D2S441 haplotypes on Y chromosome" # HaplList={ # 1 Yap- A # 2 Yap- B # 3 Yap- C # } [[Samples]] SampleName="Turkey" SampleSize=300 SampleData= { 1 0 2 0 3 0.1417 4 0.375 5 0.0467 6 0.08 7 0 8 0.0283 9 0.0017 10 0.2717 11 0.055 12 0 } SampleName="Ghana" SampleSize=201 SampleData= { 1 0.0025 2 0.05 3 0.0597 4 0.3706 5 0.0348 6 0.1641 7 0 8 0.0746 9 0.0124 9 0.2338 11 0.0348 12 0.0075 } SampleName="Morocco" SampleSize=86 SampleData= { 1 0 2 0 3 0.0988 4 0.2616 5 0.1105 6 0.0349 7 0 8 0.0349 9 0.0058 10 0.3547 11 0.0988 12 0 } 請幫我看看，是不是文件編寫有問題？ |
5樓2014-04-26 16:37:03
6樓2015-01-12 12:00:01
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