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怎樣解決AMBER中ptraj檢查出來的atoms are too close
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在優(yōu)化后，跑MD，每次都會(huì)出現(xiàn)如下錯(cuò)誤： Coordinate resetting(SHAKE) cannot be accomplished, deviation is too large NITER,NIT,LL,I and J are :0 1 8856 23579 23580 Note: This is usually a symptom of some deeper problem with the energetics of the system. 然后用ptraj檢查，有原子間距離較近， OVERLAP： atoms 26588 and 95652 are too close! ………… 很多，有些是與Na+,有些是RNA之間原子的距離過近，請問這要怎么解決？AMBER新手，不太懂得�。�！有哪位可以幫助一下嗎？謝謝 |
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