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twx6616銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于用R做基因芯片處理問題！急！
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各位大俠： 近日一直苦于一組數(shù)據(jù)，一組單通道的Affay的，但不是原始基因數(shù)據(jù)文件，是經(jīng)過處理保存在excel文檔里。大概有八九個樣本，每個樣本2-3個重復(fù)，數(shù)據(jù)顯示的是信號強(qiáng)度值，已經(jīng)做了log處理，現(xiàn)在要進(jìn)行基因差異性比較。現(xiàn)在這邊的老板讓我用R的limma做，但是看里面的limma包好像不是處理這種強(qiáng)度值的，是讀取原始文件啥的，想用SAM做吧，又不知道在R里面如何下手。用MEV軟件做吧，這邊老板反對用軟件，那邊大老板等著要結(jié)果呢，唉，急死了。大家有什么好辦法，在R里面到底對于這樣已經(jīng)預(yù)處理過的數(shù)據(jù)應(yīng)該怎么辦��？  QQ截圖20130821101159.jpg |
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twx6616
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3樓2013-08-26 10:35:11
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2樓2013-08-23 09:27:02
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【答案】應(yīng)助回帖
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twx6616: 金幣+2, ★有幫助, 我來摸索下 多謝啊 2013-08-28 14:41:38
twx6616: 金幣+2, ★有幫助, 我來摸索下 多謝啊 2013-08-28 14:41:38
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limma是可以處理成熟數(shù)據(jù)的，這是limma里limFit函數(shù)的說明文檔的一部分： # # Simulate gene expression data for 100 probes and 6 microarrays # Microarray are in two groups # First two probes are differentially expressed in second group # Std deviations vary between genes with prior df=4 sd <- 0.3*sqrt(4/rchisq(100,df=4)) y <- matrix(rnorm(100*6,sd=sd),100,6) rownames(y) <- paste("Gene",1:100) y[1:2,4:6] <- y[1:2,4:6] + 2 design <- cbind(Grp1=1,Grp2vs1=c(0,0,0,1,1,1)) options(digits=3) # Ordinary fit fit <- lmFit(y,design) fit <- eBayes(fit) topTable(fit,coef=2) # 按照你的數(shù)據(jù)，仿照這個寫個code就可以了。 |
4樓2013-08-27 09:45:20
twx6616
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5樓2013-08-28 15:29:07
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