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毛毛蟲(chóng)_銀蟲(chóng) (小有名氣)
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dftb中默認(rèn)溫度是0K，計(jì)算單點(diǎn)能怎么設(shè)置溫度呢？
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dftb中默認(rèn)溫度是0K，要計(jì)算300K下的單點(diǎn)能，怎么設(shè)置溫度呢？輸入文件見(jiàn)附件，輸出結(jié)果顯示，Driver 里的Thermostat有問(wèn)題，這該怎么解決呢？ |
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2013-08-22 21:04:43, 2.83 K
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毛毛蟲(chóng)_: 回帖置頂 2013-08-27 22:32:41
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一般所說(shuō)的單點(diǎn)能，是指0K下的勢(shì)能，包括了“原子核，電子”體系之間左右的相互作用能，以及電子動(dòng)能(電子動(dòng)能通常很小)。所以計(jì)算單點(diǎn)能不需要指定溫度，你的輸出文件中去掉Driver那一項(xiàng)即可得到單點(diǎn)能。 0K下的分子與300K下的分子僅差一個(gè)原子核動(dòng)能，每個(gè)原子在每個(gè)方向具有平均動(dòng)能1/2*kT，所以總動(dòng)能即為所有N個(gè)原子在x,y,z三個(gè)方向動(dòng)能之和為：3*N*(1/2*kT)。這是能均分定理。你就是用MD跑300K下的動(dòng)力學(xué)模擬，其結(jié)果也是如此。 另外，我注意到你的體系里有H原子，那么你應(yīng)該在Hamiltonian里添加如下2項(xiàng)： DampXH = Yes DampXHExponent = 4.53 這兩項(xiàng)是指定進(jìn)行H鍵校正。這對(duì)SCC-DFTB2的能量計(jì)算非常重要。 請(qǐng)參考manual和下面文獻(xiàn)，其中在方法名稱(chēng)中有“h”的，就是加了這一項(xiàng)氫鍵校正： M. Gaus, Q. Cui, and M. Elstner. DFTB3: Extension of the Self-Consistent-Charge Density-Functional Tight-Binding Method (SCC-DFTB). J. of Chem. Theory Comput., 7:931–948,2011. 19, 20 此外，建議你做計(jì)算使用SCC-DFTB3方法，否則發(fā)文章的話(huà)，審稿人會(huì)問(wèn)你，明明DFTB3被證明比DFTB2準(zhǔn)確很多，你為什么不用DFTB3。 指定DFTB3是在Hamiltonian中加如下關(guān)鍵詞： ThirdOrderFull = Yes HubbardDerivs = { C = -0.1492 O = -0.1575 H = -0.1857 } 這些參數(shù)都是上面Cui Qiang那篇文獻(xiàn)中報(bào)道的。 |
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毛毛蟲(chóng)_2樓2013-08-23 01:01:38
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3樓2013-08-27 13:08:38
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