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youngfi木蟲 (小有名氣)
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[求助]
自由能求解
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| 第一次用gromacs計算自由能。在計算水分子蒸發(fā)的自由能時，我使用的是已經(jīng)優(yōu)化的好的結構，為什么系統(tǒng)還是提示：1 particles communicated to PME node 16 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y. This usually means that your system is not well equilibrated. 請問有沒有誰做過自由能求解的，這是什么情況�。磕芊窠o點有用的建議，感激ing。 |
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5樓2016-01-14 22:54:52
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在入門階段，我先計算一條polymer在水溶液中的構象，遇到了這個問題。您說的分別優(yōu)化是指先分別優(yōu)化polymer和溶劑盒子，再把優(yōu)化好的兩者組合起來嗎？怎么組合能說具體點嗎？用什么命令？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
6樓2016-01-14 23:03:56
youngfi
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7樓2016-01-15 08:41:18
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