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霽玉雪鐵蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
求教MVD、Chem3D、Gaussian、GAMESS相關(guān)使用問(wèn)題？
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如題，利用molegro virtual docker 對(duì)某蛋白與某底物進(jìn)行對(duì)接，在返回得到的N個(gè)可能性較高的結(jié)果中，有何標(biāo)準(zhǔn) or 依據(jù) 判斷得到最終的最佳結(jié)果？或者有做過(guò)實(shí)例的，有沒(méi)有任何經(jīng)驗(yàn)可以分享？ 望不吝賜教，在這兒先謝過(guò)啦！  --------------------------------------------分割線--------------------------------------------------- 以上是數(shù)日之前的提問(wèn)，發(fā)現(xiàn)并沒(méi)有得出什么結(jié)論，自己在實(shí)踐的過(guò)程中，也越來(lái)越有點(diǎn)清楚又有點(diǎn)模糊的感覺(jué)。。。 在這里，再次求教下： 1. 假如我要用Chem3D軟件構(gòu)建幾種底物的初始幾何模型，并尋找其較低能量構(gòu)型，我是應(yīng)該用Calculations→GAMESS Interface→Minimize(Energy/Geometry)？還是用Calculations→Gaussian Interface→Minimize(Energy/Geometry)？為什么？ 2. 如何利用Chem3D 創(chuàng)建高斯輸入文件？除了“Gaussian-Create input file”命令外，還有什么注意事項(xiàng)？“Method”是否有必要更改？ 謝謝大家了，望得到蟲(chóng)友們的支持，金幣可以追加的！  [ Last edited by 霽玉雪 on 2013-9-12 at 12:33 ] |
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houxuben
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3樓2013-09-04 11:11:51
霽玉雪
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4樓2013-09-05 09:32:49
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