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grape_vine金蟲 (小有名氣)
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[求助]
itraq結(jié)果中兩次技術(shù)重復(fù)不一致的結(jié)果該如何處理？
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求助： itraq兩個(gè)樣品做了正反標(biāo)，結(jié)果中有兩次技術(shù)重復(fù)不一致的基因，比如說在一套標(biāo)記中顯示這個(gè)基因在處理后顯著上調(diào)，但是在另一套標(biāo)記中卻顯示無顯著差異的上調(diào)，或者是無顯著差異的下調(diào)，碰到這種結(jié)果應(yīng)該怎么處理呢？ 我是應(yīng)該相信軟件給出的顯著性差異的那個(gè)結(jié)果而忽略另一個(gè)套標(biāo)記系統(tǒng)中不顯著的結(jié)果，還是應(yīng)該綜合考慮兩次技術(shù)重復(fù)的結(jié)果，只取其相互吻合的部分阿？ 求高手指點(diǎn)！ [ Last edited by grape_vine on 2013-9-5 at 15:15 ] |
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grape_vine
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2樓2013-09-05 15:16:05
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
grape_vine: 金幣+5, ★有幫助 2013-09-08 20:51:51
grape_vine: 金幣+5, ★有幫助 2013-09-08 20:51:51
| 我現(xiàn)在也是在做這塊的實(shí)驗(yàn)，其中也有很多的疑惑的，不是很清楚！不過我沒有做重復(fù)的，所以沒有涉及到這個(gè)問題！但是想問一個(gè)問題就是，這個(gè)比值要達(dá)到什么程度才能判斷他上調(diào)或者是下調(diào)呢（我初步取的是大于1.3或者小于0.7的，這樣取是不是合理的呢）？如果P值不明顯，但是又是差異表達(dá)的，這樣將其去掉，很有可能將目標(biāo)蛋白去掉，所以這樣的判斷該如何來定呢？還望賜教的哈！謝謝 |
3樓2013-09-07 17:58:43
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【答案】應(yīng)助回帖
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grape_vine: 金幣+15, ★★★很有幫助 2013-09-08 20:50:42
grape_vine: 金幣+15, ★★★很有幫助 2013-09-08 20:50:42
| 看文獻(xiàn)，一般的是以fold>2,p<0.05為依據(jù)。但是因?yàn)闃悠凡灰恢�，fold可以根據(jù)需要調(diào)整，但是至少要說明你這樣取值的一個(gè)基本依據(jù)。其次，要是發(fā)論文，iTRAQ一次結(jié)果不可信，至少要求兩次重復(fù)。對(duì)于兩次有差別的問題，需要用統(tǒng)計(jì)學(xué)方法處理，要求兩次試驗(yàn)可重復(fù)的數(shù)據(jù)才可用。否則，數(shù)據(jù)不可信。 |
4樓2013-09-07 23:48:47
grape_vine
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5樓2013-09-08 20:51:18
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6樓2013-09-09 12:37:08
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