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增加反應(yīng)物的濃度加快反應(yīng)進程，縮短模擬時間
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在做分子模擬的時候，是否可以通過增加反應(yīng)物的濃度加快反應(yīng)進程，從而縮短模擬時間？ 比如我的分子構(gòu)象在鹽離子溶液中發(fā)生變化，是否可以通過增大離子濃度（比試驗濃度大一些），從而達到縮短模擬時間的效果？ 這樣做合理嗎？最好有文獻這么做過。謝謝！ |
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mengsk(金幣+1): 謝謝參與
mengsk: 金幣+1, 非常感謝您肯定以及有建設(shè)性的建議！ 2013-09-06 10:38:12
mengsk(金幣+1): 謝謝參與
mengsk: 金幣+1, 非常感謝您肯定以及有建設(shè)性的建議！ 2013-09-06 10:38:12
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很好的化學(xué)思維，你應(yīng)該大膽你做，你不需要文獻證明別人這樣干過你才能干，只要你的想法是對的。 建議你在不同離子濃度下模擬分子構(gòu)象變化的特征時間，然后研究其濃度的依賴性。 不過有兩點需要提醒，1,你的模擬體系是非常理想化的，與真實體系可能存在明顯差別。所以你說的在“提高濃度”這句話隱含了你要在實驗濃度基礎(chǔ)上提高濃度，但那個所謂的實驗濃度和模擬的濃度，其體系的行為可能并不對應(yīng)，即所謂系統(tǒng)性誤差是可能存在的，因此用模擬研究濃度依賴性就很必要。2.注意模擬的體系也存在一個溶解度的問題。當你搭建的盒子里的濃度超過溶解度，跑npt的話，盒子可能會爆掉，跑nvt的話，體系勢能壓力會出現(xiàn)奇怪的大幅波動。 最后，你還可以嘗試改變溫度來加速分子構(gòu)象的變化。 |
3樓2013-09-06 02:36:28
pigrass
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4樓2013-09-06 11:07:37
簡單回復(fù)
2013-09-04 22:55
回復(fù)
mengsk(金幣+1): 謝謝參與
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