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【答案】應(yīng)助回帖

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小雨莎莎: 金幣+6, ★★★很有幫助, 謝謝！就剩這些金幣啦~全送啦~3Q 2013-09-22 10:26:57

配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的序列的確定
總體思路與研究方法：
用免費(fèi)軟件或者從免費(fèi)數(shù)據(jù)庫(kù)獲得配體多肽-受體蛋白質(zhì)的可能的相互作用的位點(diǎn)的序列信息。
不要使用分子對(duì)接軟件（無論是否是免費(fèi)）預(yù)測(cè)配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的序列，現(xiàn)在分子對(duì)接軟件對(duì)于配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的序列的確定精度不夠，而且也沒有必要。配體多肽在數(shù)據(jù)庫(kù)沒有ID，是否可能從免費(fèi)數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)到近似的配體多肽-受體蛋白質(zhì)的可能的相互作用的位點(diǎn)的序列信息。
直接利用數(shù)據(jù)庫(kù)的已有信息即可做出有效的預(yù)測(cè)。
無論有如何精確的預(yù)測(cè)也必須要用實(shí)驗(yàn)檢測(cè)才會(huì)被承認(rèn)。
配體多肽、受體蛋白質(zhì)的二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的軟件；配體多肽、受體蛋白質(zhì)的二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)對(duì)于后續(xù)工作的價(jià)值。
如果不知道受體蛋白質(zhì)的全序列，可以用哪些方法快速獲得。從頭測(cè)序是最后的不得已的手段。
配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的用共價(jià)交聯(lián)加以固定化。
配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的共價(jià)交聯(lián)加以固定化實(shí)質(zhì)上是受體-配體的一種共價(jià)交聯(lián)。
配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的共價(jià)交聯(lián)的交聯(lián)劑的選擇及其理由。
配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的共價(jià)交聯(lián)的交聯(lián)是否是只限于配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)之間，如果不是，如何加以避免和區(qū)別。
配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的共價(jià)交聯(lián)成功的高通量檢測(cè)方法（質(zhì)譜、光譜、分子篩層析、非變性凝膠電泳等），最好是不損失檢測(cè)樣品。
被共價(jià)交聯(lián)固定化的配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的片段序列分離和純化。
有限水解片段蛋白質(zhì)，
被共價(jià)交聯(lián)固定化的配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的片段序列分離和純化，分子篩層析、非變性凝膠電泳等。
(3)盡量減少被共價(jià)交聯(lián)固定化的雙股多肽片段的游離單肽鏈部分。
共價(jià)交聯(lián)方法加以固定化的配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的片段序列分離和純化的序列測(cè)定。
串聯(lián)質(zhì)譜方法(MS-MS)鑒定和搜索多肽序列的原理。
串聯(lián)質(zhì)譜方法(MS-MS)從頭測(cè)定多肽序列的原理。
串聯(lián)質(zhì)譜方法(MS-MS)檢測(cè)蛋白質(zhì)翻譯后加工的原理與舉例分析。
Edman 降解反應(yīng)在多肽測(cè)序時(shí)遇到修飾氨基酸的具體反映。會(huì)不會(huì)終止反應(yīng)？會(huì)不會(huì)一定不終止反應(yīng)？如果不終止反應(yīng)對(duì)于測(cè)定具體的修飾氨基酸的位點(diǎn)是否有幫助。
非質(zhì)譜方法測(cè)定蛋白質(zhì)翻譯后加工。
被共價(jià)交聯(lián)固定化的配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的片段序列的串聯(lián)質(zhì)譜方法(MS-MS)從頭測(cè)序。
被共價(jià)交聯(lián)固定化的配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的片段序列的非串聯(lián)質(zhì)譜方法(MS-MS)的從頭測(cè)序。
被共價(jià)交聯(lián)固定化的配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的片段序列的扣除法推定測(cè)序。
被共價(jià)交聯(lián)固定化的配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的片段序列確定是否需要重新解開交聯(lián)，如果必須如此是否可行，應(yīng)該如何選擇交聯(lián)劑。
分支狀肽鏈的結(jié)構(gòu)的質(zhì)譜與非質(zhì)譜確定方法。
肽鏈的分支狀共價(jià)修飾結(jié)構(gòu)的質(zhì)譜與非質(zhì)譜確定方法。
配體多肽-受體蛋白質(zhì)的可能的相互作用的位點(diǎn)的序列確定后，用點(diǎn)突變的方法加以驗(yàn)證，并且用實(shí)驗(yàn)方法檢測(cè)和比較突變前后的配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的結(jié)合力的數(shù)值的變化。
以上每一條都具體的對(duì)應(yīng)的內(nèi)容（包括研究實(shí)例），沒有留下空白的標(biāo)題。

因?yàn)閮?nèi)容很多，我先把提綱回答給你，然后會(huì)把提綱填充上具體的內(nèi)容。時(shí)間不會(huì)很長(zhǎng)。

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31樓2013-09-19 11:14:18

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就研究多肽-蛋白質(zhì)相互作用而言，確定彼此的相互作用的具體作為序列還是有價(jià)值的。

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32樓2013-09-19 11:17:25

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配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的序列的確定
總體思路與研究方法：
1用免費(fèi)軟件或者從免費(fèi)數(shù)據(jù)庫(kù)獲得配體多肽-受體蛋白質(zhì)的可能的相互作用的位點(diǎn)的序列信息。
（1）不要使用分子對(duì)接軟件（無論是否是免費(fèi)）預(yù)測(cè)配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的序列，現(xiàn)在分子對(duì)接軟件對(duì)于配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的序列的確定精度不夠，而且也沒有必要。配體多肽在數(shù)據(jù)庫(kù)沒有ID，是否可能從免費(fèi)數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)到近似的配體多肽-受體蛋白質(zhì)的可能的相互作用的位點(diǎn)的序列信息。
（2）直接利用數(shù)據(jù)庫(kù)的已有信息即可做出有效的預(yù)測(cè)。
（3）無論有如何精確的預(yù)測(cè)也必須要用實(shí)驗(yàn)檢測(cè)才會(huì)被承認(rèn)。
（4）配體多肽、受體蛋白質(zhì)的二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的軟件；配體多肽、受體蛋白質(zhì)的二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)對(duì)于后續(xù)工作的價(jià)值。
（5）如果不知道受體蛋白質(zhì)的全序列，可以用哪些方法快速獲得。從頭測(cè)序是最后的不得已的手段。
2.配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的用共價(jià)交聯(lián)加以固定化。
（1）配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的共價(jià)交聯(lián)加以固定化實(shí)質(zhì)上是受體-配體的一種共價(jià)交聯(lián)。
（2）配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的共價(jià)交聯(lián)的交聯(lián)劑的選擇及其理由。
（3）配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的共價(jià)交聯(lián)的交聯(lián)是否是只限于配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)之間，如果不是，如何加以避免和區(qū)別。
（4）配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的共價(jià)交聯(lián)成功的高通量檢測(cè)方法（質(zhì)譜、光譜、分子篩層析、非變性凝膠電泳等），最好是不損失檢測(cè)樣品。
3.被共價(jià)交聯(lián)固定化的配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的片段序列分離和純化。
（1）有限水解片段蛋白質(zhì)，
（2）被共價(jià)交聯(lián)固定化的配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的片段序列分離和純化，分子篩層析、非變性凝膠電泳等。
（3）盡量減少被共價(jià)交聯(lián)固定化的雙股多肽片段的游離單肽鏈部分。
4.共價(jià)交聯(lián)方法加以固定化的配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的片段序列分離和純化后的序列測(cè)定。
（1）串聯(lián)質(zhì)譜方法(MS-MS)鑒定和搜索多肽序列的原理。
（2）串聯(lián)質(zhì)譜方法(MS-MS)從頭測(cè)定多肽序列的原理。
（3）串聯(lián)質(zhì)譜方法(MS-MS)檢測(cè)蛋白質(zhì)翻譯后加工的原理與舉例分析。
（4）Edman 降解反應(yīng)在多肽測(cè)序時(shí)遇到修飾氨基酸的具體反映。會(huì)不會(huì)終止反應(yīng)？會(huì)不會(huì)一定不終止反應(yīng)？如果不終止反應(yīng)對(duì)于測(cè)定具體的修飾氨基酸的位點(diǎn)是否有幫助。
（5）非質(zhì)譜方法測(cè)定蛋白質(zhì)翻譯后加工。
（6）被共價(jià)交聯(lián)固定化的配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的片段序列的串聯(lián)質(zhì)譜方法(MS-MS)從頭測(cè)序。
（7）被共價(jià)交聯(lián)固定化的配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的片段序列的非串聯(lián)質(zhì)譜方法(MS-MS)的從頭測(cè)序。
（8）被共價(jià)交聯(lián)固定化的配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的片段序列的扣除法推定測(cè)序。
（9）被共價(jià)交聯(lián)固定化的配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的位點(diǎn)的片段序列確定是否需要重新解開交聯(lián)，如果必須如此是否可行，應(yīng)該如何選擇交聯(lián)劑。
（10）分支狀肽鏈的結(jié)構(gòu)的質(zhì)譜與非質(zhì)譜確定方法。
（11）肽鏈的分支狀共價(jià)修飾結(jié)構(gòu)的質(zhì)譜與非質(zhì)譜確定方法。
5.配體多肽-受體蛋白質(zhì)的可能的相互作用的位點(diǎn)的序列確定后，用點(diǎn)突變的方法加以驗(yàn)證，并且用實(shí)驗(yàn)方法檢測(cè)和比較突變前后的配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的結(jié)合力的數(shù)值的變化。
以上每一條都具體的對(duì)應(yīng)的內(nèi)容（包括研究實(shí)例），沒有留下空白的標(biāo)題。因?yàn)閮?nèi)容很多，我先把提綱回答給你，然后會(huì)把提綱填充上具體的內(nèi)容。時(shí)間不會(huì)很長(zhǎng)。31樓的帖子序號(hào)沒有了，所以重貼。

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33樓2013-09-19 11:22:59

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5.配體多肽-受體蛋白質(zhì)的可能的相互作用的位點(diǎn)的序列確定后，用點(diǎn)突變的方法加以驗(yàn)證，并且用實(shí)驗(yàn)方法檢測(cè)和比較突變前后的配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的結(jié)合力的數(shù)值的變化。
這部分用SRP技術(shù)，即Surface plasmon resonance。
Surface plasmon resonance (SPR) is the collective oscillation of electrons in a solid or liquid stimulated by incident light. The resonance condition is established when the frequency of light photons matches the natural frequency of surface electrons oscillating against the restoring force of positive nuclei. SPR in nanometer-sized structures is called localized surface plasmon resonance.

SPR is the basis of many standard tools for measuring adsorption of material onto planar metal (typically gold and silver) surfaces or onto the surface of metal nanoparticles. It is the fundamental principle behind many color-based biosensor applications and different lab-on-a-chip sensors.
摘自：
http://en.wikipedia.org/wiki/Surface_plasmon_resonance

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34樓2013-09-19 14:24:44

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jxmomomo

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引用回帖:

19樓: Originally posted by 小雨莎莎 at 2013-09-09 16:50:10
呃，在蛋白質(zhì)研究上我不是特別的了解，簡(jiǎn)直就是門外漢哈，能否請(qǐng)教一下如何把多肽與非共價(jià)相互作用的蛋白共價(jià)相連？因?yàn)槲覀兌际亲龊?jiǎn)單的偶聯(lián)就用EDC縮合的方法，但是要把相互結(jié)合位點(diǎn)的氨基酸偶連起來我還真是不太 ...

樓主，剛剛看到你說你們做EDC介導(dǎo)的縮合反應(yīng)，不知道能否交流一下經(jīng)驗(yàn)?zāi)兀?img src="https://muchongimg.xmcimg.com/data/emuch_bbs_images/smilies/tongue.gif" align="absmiddle" border="0">

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求不只好好畢業(yè)~

35樓2015-06-03 11:57:21

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ErinSong

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引用回帖:

2樓: Originally posted by 小雨莎莎 at 2013-09-04 19:39:59
有沒有人給點(diǎn)建議啊~~

其實(shí)你這個(gè)肽比較短，可以做丙氨酸掃描，將每個(gè)氨基酸用丙氨酸替代，合成后進(jìn)行活性測(cè)定，如果某一條被替換后的氨基酸活性仍然能夠得到保持，那么這個(gè)氨基酸就不是很重要的

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36樓2015-10-23 16:43:32

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dianxiyifeng

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已知了配體活性片段，如何對(duì)此片段進(jìn)行改造以提高穩(wěn)定性呢？

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忍為上，憂要忍，喜也要忍

37樓2016-09-20 13:36:18

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國(guó)旗下的娃

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老師您好，我現(xiàn)在也要做這方面的課題，請(qǐng)問您后來做出來了么，使用的什么方法做出來的？

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38樓2017-06-07 21:52:00

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