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小雨莎莎木蟲 (正式寫手)
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請教如何進(jìn)行多肽與蛋白結(jié)合的過程中，多肽上關(guān)鍵氨基酸的預(yù)測？
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| 請教一下各位蟲友，不知道有沒有做過蛋白或者多肽結(jié)構(gòu)運(yùn)算或者是預(yù)測的，我現(xiàn)在篩選到一條多肽，只有十來個(gè)氨基酸，完全是隨機(jī)序列，沒有ｃｙｓ來固定一個(gè)閉合環(huán)。這個(gè)多肽能夠與一個(gè)特定的靶蛋白結(jié)合，然后我想做改造，希望能優(yōu)化它與靶點(diǎn)的結(jié)合情況比如說想增強(qiáng)親和力，想提高其生理功能，考慮想要預(yù)測一下或者計(jì)算模擬一下在這十五個(gè)氨基酸中，哪些氨基酸是對結(jié)合有很重要的作用的，請問該怎么做呢？有沒有什么軟件，還是說需要通過做生物信息學(xué)研究的老師幫忙才能做出來？謝謝！ |
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 蛋白質(zhì)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn) | 結(jié)構(gòu)生物學(xué) |
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5.配體多肽-受體蛋白質(zhì)的可能的相互作用的位點(diǎn)的序列確定后，用點(diǎn)突變的方法加以驗(yàn)證，并且用實(shí)驗(yàn)方法檢測和比較突變前后的配體多肽與受體蛋白質(zhì)相互作用的結(jié)合力的數(shù)值的變化。 這部分用SRP技術(shù)，即Surface plasmon resonance。 Surface plasmon resonance (SPR) is the collective oscillation of electrons in a solid or liquid stimulated by incident light. The resonance condition is established when the frequency of light photons matches the natural frequency of surface electrons oscillating against the restoring force of positive nuclei. SPR in nanometer-sized structures is called localized surface plasmon resonance. SPR is the basis of many standard tools for measuring adsorption of material onto planar metal (typically gold and silver) surfaces or onto the surface of metal nanoparticles. It is the fundamental principle behind many color-based biosensor applications and different lab-on-a-chip sensors. 摘自： http://en.wikipedia.org/wiki/Surface_plasmon_resonance |
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