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愛上文慧銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
當(dāng)酶的活性中心是Asp和Glu時(shí)，哪些離子可以影響到它的活性
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我通過網(wǎng)站預(yù)測我的酶的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，結(jié)果顯示酶活性中心可能是Asp和Glu，我想有針對性的做一些實(shí)驗(yàn)，不到從哪里下手。 謝謝各位蟲友幫忙！ |
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2樓2013-09-05 15:56:31
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3樓2013-09-05 22:56:32
愛上文慧
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4樓2013-09-08 08:35:23
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5樓2013-09-08 08:38:29
【答案】應(yīng)助回帖
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研究活性中心的辦法，一般可以通過化學(xué)修飾來確定對活性影響大的氨基酸種類，可以通過多序列比對、pfam或prosite確定在序列上那個(gè)地方的氨基酸發(fā)揮的功能，已經(jīng)測定結(jié)構(gòu)的可以通過凹穴的分析結(jié)合酶活性中心常出現(xiàn)的氨基酸種類，以及對接，pKa虛擬滴定來判斷。對初步確定的活性中心位點(diǎn)，可以通過突變來判斷是否活性中心，簡單實(shí)驗(yàn)是突變成最相似的氨基酸種類，如果都沒有活性，結(jié)合其他也可以判斷。如果做了飽和突變，只有野生型有活性，其他都沒有活性，也可以基本判斷為活性中心。 |
6樓2013-09-08 10:36:12
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愛上文慧: 金幣+5, ★有幫助, 謝謝你的幫助��！ 2013-09-09 08:09:56
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用定點(diǎn)突變當(dāng)然是可以做到，不過還有更簡單的方法，直接對于蛋白質(zhì)進(jìn)行Asp和Glu進(jìn)行專一性化學(xué)修飾，然后測定酶的活性是否下降。如果Asp和Glu處于活性中心，很可能有超反應(yīng)性，可以對于Asp和Glu進(jìn)行專一性化學(xué)修飾的試劑加以梯度加入。 可以參考： Greg T. Hermanson，Bioconjugate Techniques，Elsevier Inc，2008，2nd edition http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=6282809 |
7樓2013-09-08 16:05:13
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