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mumun新蟲 (小有名氣)
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[交流]
請(qǐng)問怎么對(duì)PDB文件里的原子名稱進(jìn)行修改？ 已有3人參與
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因?yàn)楦?chǎng)文件里的原子名稱不一致，所以需要PDB里的原子名稱，怎么改？請(qǐng)高手指點(diǎn)一下！ |
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2樓2013-09-05 15:10:44
mumun
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3樓2013-09-05 15:14:16
mumun
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比如我PDB文件中C HETATM 4258 C4' ACP A1900 -16.697 53.787 -36.121 1.00 87.44 力場(chǎng)文件中 GROUP ATOM C4' CN7 0.16 ! H61 H62 ATOM H4' HN7 0.09 ! \ / ATOM O4' ON6B -0.50 ! N6 ATOM C1' CN7B 0.16 ! | ATOM H1' HN7 0.09 ! C6 GROUP ! // \ ATOM C5 CN5 0.28 ! N1 C5--N7\\ ATOM N7 NN4 -0.71 ! | || C8-H8 ATOM C8 CN4 0.34 ! C2 C4--N9/ ATOM H8 HN3 0.12 ! / \\ / \ ATOM N9 NN2 -0.05 ! H2 N3 \ ! \ ATOM N1 NN3A -0.74 ! \ ATOM C2 CN4 0.50 ! \ ATOM H2 HN3 0.13 ! (-)O3G O2B O1A H5' H4' O4' \ ATOM N3 NN3A -0.75 ! | | | | \ / \ \ ATOM C4 CN5 0.43 !O1G=PG-O3B-PB-O3A-PA-O5'-C5'---C4' C1' ATOM C6 CN2 0.46 ! | | | | \ / \ 我看不懂到底哪個(gè)是我需要修改的原子。 |
4樓2013-09-05 15:19:51
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chaizhm: 金幣+1, 謝謝~ 2013-09-06 15:17:43
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到VMD的官網(wǎng)去搜索一個(gè)文件名叫《TOPOLOGY FILE TUTORIAL》的教程，仔細(xì)學(xué)習(xí)一下全都知曉 www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ |
5樓2013-09-05 16:45:33
6樓2013-09-06 14:43:27
★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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7樓2013-09-06 14:47:49
8樓2013-09-06 14:48:43
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3Q |
9樓2013-09-06 14:57:00
mumun
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10樓2013-09-18 09:33:56
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