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測序需要生物學重復！（轉載）
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新一代測序技術被譽為測序技術中的“工業(yè)革命”，作為基因組學研究的主要技術手段之一，它有著令人振奮的優(yōu)點： 更加靈活，可檢測任何物種，不受探針設計限制，能發(fā)現新的核酸序列； 更加靈敏，能夠檢測到細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本； 更加精確，數字化信號，單核苷酸分辨率的精度。 Question：新一代測序技術是否需要生物學重復？ Answer：需要。測序技術離不開生物學重復！ 在過去的幾年中，由于新一代測序技術的優(yōu)越性以及高成本，導致了部分雜志編輯忽略了 “生物學重復”的重要性。但是，隨著測序技術應用的推廣和成本降低，雜志編輯對文章的要求也不斷提高，嚴謹的實驗設計會越來越受到優(yōu)秀雜志的青睞。2011年7月發(fā)表在《Nature Biotechnology》上的一篇文章為研究者以及雜志審稿人敲響了警鐘——測序技術并不能消除生物學差異。和芯片技術一樣，測序技術也需要生物學重復！ 文章中，研究者將兩組轉錄組測序數據（生物學重復樣本數分別為n=60和n=69）和對應的表達譜芯片數據（n=43, n=51）進行比對。結果發(fā)現，用測序和芯片技術研究相同的細胞，同一基因在不同生物學重復樣本間表達水平的差異（SD值）是相似的（圖a和圖b）。結果說明，生物學差異是基因表達自身的特性，與檢測技術的選擇以及數據處理的方式無關。 同時，研究者用測序技術和芯片分別檢測COX4NB和RASGRP1基因。結果發(fā)現， 同一實驗組內，COX4NB在生物學重復樣本中表達差異非常��；但在同樣情況下RASGRP1的生物學差異很大（圖c）。 結果意味著：不同實驗組間COX4NB的表達水平的變化存在研究意義；而同樣情況下RASGRP1的檢測數據可能不能說明問題。所以，設計的實驗如果沒有生物學重復，或者生物學重復的數量不夠，就不能得到有統(tǒng)計意義的實驗結果；獲得的差異表達的基因很可能僅僅是少數個體差異的表現，并不能反映疾病或者某種特定生理狀態(tài)的群體本質特征。由此可見，生物學重復對于測序實驗的設計以及實驗數據的解讀和分析非常重要。  上圖：應用測序和芯片技術研究相同細胞系，比較兩種技術的得到的數據的生物學差異。 (a) 基因表達的生物學差異（SD值）散點圖。 X 軸：芯片數據的標準偏差值（樣本量n=43） Y 軸：測序數據的標準偏差值（樣本量n=60） (b) 另一組數據的生物學差異（SD值）散點圖。 X 軸：芯片數據的標準偏差值（樣本量n=51） Y 軸：測序數據的標準偏差值（樣本量n=69） (c) COX4NB和RASGRP1基因在生物學重復樣本中表達值的散點圖。 左邊紅色：COX4NB基因表達值的散點圖生物通 右邊藍色：RASGRP1基因達值的散點圖 上面一行：測序數據的散點圖生物通 下面一行：芯片數據的散點圖 參考文獻：Sequencing technology does not eliminate biological variability. Kasper D Hansen, Zhijin Wu, Rafael A Irizarry & Jeffrey T Leek. Nat Biotechnol., 2011. 29(7): 572–573. |
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 基因芯片VS基因測序 |
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7樓2013-09-13 13:14:57
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wybiology: 金幣+1 2013-09-13 13:19:20
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wybiology: 金幣+1 2013-09-13 13:19:20
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6樓2013-09-11 09:24:24
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