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[求助] Autodock 無(wú)法識(shí)別氯？

在將小分子與蛋白對(duì)接的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)原先小分子在苯環(huán)上的cl 原子直接變成H原子了，請(qǐng)問(wèn)是Autodock 無(wú)法識(shí)別的原因嗎？小分子的pdbqt 文件上顯示的是有cl 的，如何解決這個(gè)問(wèn)題呢？

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1樓 2013-09-10 18:33:04

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引用回帖:

2樓: Originally posted by longytu at 2013-09-10 19:13:08
如果有雜原子的話，最好增加雜原子的相關(guān)參數(shù)！

cl 原子在對(duì)接后的pdb 文件里用文本文檔是可以打開看到的，但是用Gauss打開對(duì)接后的文件就看不見(jiàn)

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3樓2013-09-10 19:17:38

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longytu

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如果有雜原子的話，最好增加雜原子的相關(guān)參數(shù)！

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2樓2013-09-10 19:13:08

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有點(diǎn)類似于這個(gè)帖子的http://www.gaoyang168.com/html/200804/779628.html，但是她說(shuō)的我沒(méi)有聽懂

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4樓2013-09-10 19:22:18

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shadow004

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工大新生: 金幣+15, ★★★很有幫助 2013-09-11 18:13:04

本帖內(nèi)容被屏蔽

5樓2013-09-11 11:22:28

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