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1樓 2013-09-14 15:17:31

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Voland

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huachao90: 金幣+3, ★★★★★最佳答案 2013-09-23 12:39:11

……我倒回去才看到你這個(gè)帖子……
我個(gè)人認(rèn)為，這和你到底要干啥有關(guān)系。
1. 如果你是想知道水溶劑環(huán)境下石墨烯表面的電荷分布，然后再?gòu)膸?kù)侖力方面去考慮對(duì)離子的作用，可以不用MS而用Gaussian幾何優(yōu)化，然后再進(jìn)行溶劑化能量計(jì)算，最后計(jì)算電荷，可以得到水溶劑環(huán)境下的表面電荷分布。
2. 如果你是想考慮離子在石墨烯表面的熱力學(xué)結(jié)合活性位點(diǎn)，用Adsorption Locator，用模擬退火的辦法可以確定位點(diǎn)在何處。不過(guò)該方法不能調(diào)整溶劑環(huán)境而視為真空，你可以在模型中先追加水分子。
……具體看你想干啥咯……

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2樓2013-09-22 21:48:43

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huachao90

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3樓2013-09-23 12:41:16

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Voland

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huachao90: 金幣+2, 只剩下2金幣了，以后再給你不加 2013-09-23 14:17:12

這個(gè)我想了下，應(yīng)該有不少辦法。
首先是電荷添加，我覺(jué)得，如果你的模型很大，而且你不是知道每個(gè)C原子的電荷，可以考慮整體賦電荷值，讓某一層石墨烯帶上正電荷或者負(fù)電荷。如果模型不大，你又能知道每個(gè)C原子的電荷，可以考慮每個(gè)原子賦電荷值。（考慮到你這個(gè)是周期性單元，其實(shí)兩者差不太多啦，不過(guò)模型大一些最好，具體多大得你自己斟酌了）
然后是環(huán)境調(diào)整和計(jì)算。
1. 我之前發(fā)給你了DMol3追加溶劑的辦法，如果你覺(jué)得水比較重要，可以考慮追加溶劑，但是只限于DMol3模塊使用該方法。還有一種追加溶劑的辦法就是用Blend把你的三層石墨烯分子和較多的H2O construct起來(lái)，這樣的話也可以代表溶劑環(huán)境。第三種追加溶劑的辦法就是用Adsorption Locator把H2O通過(guò)模擬退火引到你的三層石墨烯分子中。
2. Na+和Cl-和追加溶劑的后兩種辦法一樣，目的都是為了讓系統(tǒng)通過(guò)各種算法自動(dòng)地把你所想引入的一些環(huán)境因素引入到你的模擬體系中。當(dāng)然也可以手動(dòng)，不過(guò)我個(gè)人更喜歡自動(dòng)一點(diǎn)。
3. 計(jì)算離子分布情況，也就是非鍵作用的一種選擇，你可以在模型建立完之后先幾何優(yōu)化（你的模型元素不是很麻煩，應(yīng)該很多模塊中的很多方法都可以使用），然后可以獲得熱力學(xué)上一個(gè)比較合適的構(gòu)象，于是你可以進(jìn)行分析了。
4. 如果你還有閑暇，可以再算算分子動(dòng)力學(xué)，看看時(shí)間尺度上的情況。
必須提醒你的一點(diǎn)是，我并沒(méi)有做過(guò)你所說(shuō)的類似工作，你最好最好還是去找找文獻(xiàn)，看看別人怎么做的，有一個(gè)類似的工作然后你再開(kāi)展起來(lái)也會(huì)更容易讓審稿人信服一點(diǎn)。當(dāng)然……如果你是首創(chuàng)，建議你再多找些會(huì)計(jì)算的人問(wèn)問(wèn)，聽(tīng)聽(tīng)他們的意見(jiàn)，以上。

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4樓2013-09-23 13:28:31

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5樓2013-09-23 14:18:21

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6樓2013-09-23 14:31:39

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你是說(shuō)Blend是吧？不是Mix，是construct……

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7樓2013-09-23 16:45:21

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