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yjhua2110

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[資源] 長(zhǎng)非編碼RNA(lncRNA, lincRNA)數(shù)據(jù)庫(kù)資源列表

以下是整理的長(zhǎng)非編碼RNA(lncRNA, lincRNA)數(shù)據(jù)庫(kù)資源列表（按字母排序）。
國(guó)內(nèi)外長(zhǎng)非編碼RNA的研究剛剛興起，希望這資源對(duì)國(guó)內(nèi)的非編碼RNA的研究者有所幫助。

（1） ChIPBase: 提供長(zhǎng)鏈非編碼RNA的表達(dá)圖譜和轉(zhuǎn)錄調(diào)控的全面鑒定和注釋。整合了高通量的RNA-seq鑒定的lncRNA及其表達(dá)圖譜和ChIP-Seq實(shí)驗(yàn)技術(shù)鑒定的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。網(wǎng)站：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/ 更新：2012年11月

（2）LNCipedia: 對(duì)人類的長(zhǎng)鏈非編碼RNA的序列和結(jié)構(gòu)全面的注釋。網(wǎng)站：http://www.lncipedia.org 更新：2012年7月

（3）lncRNAdb: 提供有生物學(xué)功能的長(zhǎng)鏈非編碼RNA的全面注釋。這是長(zhǎng)鏈非編碼RNA研究領(lǐng)域的大牛John mattick實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建的網(wǎng)站。網(wǎng)站：http://www.lncrnadb.org/ 更新：2011年7月

（4）LncRNADisease: 提供了文獻(xiàn)報(bào)道的疾病相關(guān)的長(zhǎng)鏈非編碼RNA的注釋。網(wǎng)站： http://cmbi.bjmu.edu.cn/lncrnadisease 更新：2012年7月

（5）NONCODE：提供對(duì)長(zhǎng)鏈非編碼RNA的全面注釋，包括表達(dá)和該團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)的ncFANs計(jì)算機(jī)軟件預(yù)測(cè)的lncRNA功能。這是非編碼RNA研究的知名數(shù)據(jù)庫(kù)，已經(jīng)更新到第三版。網(wǎng)站： http://www.noncode.org 更新：2012年1月

（6）NRED：提供人和小鼠的長(zhǎng)鏈非編碼RNA在芯片數(shù)據(jù)的表達(dá)信息。這也是John mattick實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建的網(wǎng)站。網(wǎng)站：http://jsm-research.imb.uq.edu.au/nred/ 更新： 2009年

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1樓 2013-09-14 16:27:04

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jinhx87

至尊木蟲(chóng) (知名作家)

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ding

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2樓2013-09-14 18:40:38

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helen_q11

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數(shù)據(jù)下載路徑所下載的數(shù)據(jù)文件名數(shù)據(jù)下載時(shí)間
1. imsRNA 來(lái)自chenlab.ibp.ac(中科院生物物理所陳潤(rùn)生院士實(shí)驗(yàn)室) 2011.02.03
2. ENSEMBL ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-71/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.71.gtf.gz Homo_sapiens.GRCh37.71.gtf.gz 2013.04.24
3. GENCODE ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/release_16/gencode.v16.long_noncoding_RNAs.gtf.gz；ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/release_16/gencode.v16.annotation.gtf.gz gencode.v16.long_noncoding_RNAs.gtf.gz;gencode.v16.annotation.gtf.gz 2013.04.24
4.  RefSeq ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/GFF/ref_GRCh37.p10_top_level.gff3.gz ref_GRCh37.p10_top_level.gff3.gz 2013.04.24
5.  UCSC http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?command=start 無(wú) 2013.04.24
6. Human LincRNA Catalog http://www.broadinstitute.org/genome_bio/human_lincrnas/sites/default/files/lincRNA_catalog/lincRNAs_transcripts.gtf lincRNAs_transcripts.gtf 2013.04.24
7. H-InvDB http://h-invitational.jp/hinv/download/map/gff3/h-inv_pub.gff3.gz h-inv_pub.gff3.gz 2013.04.24
8.  NRED（ncRNA Expression Database） http://nred.matticklab.com/cgi-bin/ncrnadb.pl 無(wú) 2013.04.24
9.  Hox lncRNAs (lncRNA transcribed from HOX loci LncRNAs) http://download.cell.com/mmcs/journals/0092-8674/PIIS0092867407006599.mmc3.xls PIIS0092867407006599.mmc3.xls 2011.04.06
10.  lncRNAdb http://lncrnadb.org/Default.aspx 無(wú) 2013.04.24
11. RNAdb http://research.imb.uq.edu.au/rnadb/rnadb2_archive.htm 2013.04.24
12. lincRNA from Khalil et al. http://www.pnas.org/content/suppl/2009/07/01/0904715106.DCSupplemental/SD1.xls SD1.xls 2013.04.24
13. T-UCRs (lncRNA transcribed from ultraconserved regions) http://www.sciencedirect.com/science/MiamiMultiMediaURL/B6WWK-4PMJNPT-5/B6WWK-4PMJNPT-5-4/7133/html/S1535610807002346/d63283c3902e9be68c4755c4805bf4b9/mmc4.xls mmc4.xls 2013.04.24
14. LncRNA-a http://www.sciencedirect.com/science/MiamiMultiMediaURL/B6WSN-514HKDK-C/B6WSN-514HKDK-C-1/7051/html/S0092867410010111/44b851acfe8f7a3e310cb040ca4d9064/mmc1.xls mmc1.xls 2011.04.06
15.  CombinedLit http://research.imb.uq.edu.au/rnadb/FastaDownloads/Downloads_GetFile.aspx?id=380 combinedlitV2.zip 2011.01.09
16. 其他已知類型的ncRNA（tRNA，rRNA，ribozyme，RNase MRP RNA，snRNA，SRP RNA， vault RNA，Y RNA） ftp://ftp.ensembl.org/pub/current/fasta/homo_sapiens/ncrna/Homo_sapiens.GRCh37.61.ncrna.fa.gz
http://www.ncrna.org/frnadb/files/Homo_sapiens.zip Homo_sapiens.GRCh37.61.ncrna.fa.gz  Homo_sapiens.zip 2011.02.03

摘自博奧生物網(wǎng)站，我不是托

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6樓2013-09-24 19:54:40

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cbchinese

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7樓2014-02-21 21:38:45

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lzghouhou

鐵蟲(chóng) (初入文壇)

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6樓: Originally posted by helen_q11 at 2013-09-24 19:54:40
數(shù)據(jù)下載路徑所下載的數(shù)據(jù)文件名數(shù)據(jù)下載時(shí)間
1. imsRNA 來(lái)自chenlab.ibp.ac(中科院生物物理所陳潤(rùn)生院士實(shí)驗(yàn)室) 2011.02.03
2. ENSEMBL ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-71/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens. ...

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8樓2014-02-25 21:58:18

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林爻

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9樓2014-10-27 00:13:53

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johnkye3樓

2013-09-14 22:49 回復(fù)

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凌波麗4樓

2013-09-16 08:23 回復(fù)

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2013-09-16 11:19 回復(fù)

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