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用autodock對接，用什么軟件定點(diǎn)突變蛋白質(zhì) 已有2人參與
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| 我用sybyl定點(diǎn)突變?nèi)缓笞隽朔肿觿?dòng)力學(xué)，但是轉(zhuǎn)到autodock上做對接準(zhǔn)備時(shí)設(shè)置柔性殘基就出現(xiàn)錯(cuò)誤，由于sybyl用的不是太熟練，如果有新的定點(diǎn)突變的方法或者解決sybyl的問題都可以～謝謝各位。 |
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金蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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月只藍(lán): 金幣+1, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-05 20:59:24
月只藍(lán): 金幣+1, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-05 20:59:24
| 其實(shí)pymol和VMD都可以做，定點(diǎn)突變以后只需要優(yōu)化周圍的氨基酸殘基即可，不需要都優(yōu)化，或者如果只突變一個(gè)殘基，可以不用結(jié)構(gòu)優(yōu)化。使用pymol突變步驟：打開pdb文件---選中要突變的氨基酸----wizard---mutugenesis---在pymol viewer出現(xiàn)mutugenesis，點(diǎn)擊NO mutution ，選擇想要突變成的氨基酸，保存，動(dòng)力學(xué)優(yōu)化 |
8樓2013-10-21 15:37:59
2樓2013-10-11 19:21:36
rantingjing
銅蟲 (小有名氣)
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3樓2013-10-13 08:59:57
rantingjing
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4樓2013-10-13 09:02:43
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5樓2013-10-13 12:42:08
紫漠殘星
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9樓2013-10-23 19:30:15
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10樓2013-10-31 11:50:38
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