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GROMACS做二維多孔石墨烯的MD，求一合適的nvt.mdp參數(shù)文件
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| 如題，剛接觸GROMACS，做多孔石墨烯的MD。nvt.mdp是照水中溶菌酶例子在網(wǎng)上下載的，好像并不適用于二維的石墨烯�？粗鴐dp注解做了一些改動(dòng)，感覺還是不對，想求一個(gè)適用于石墨烯或者碳納米管的mdp。 |
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木蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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mdp一般都是根據(jù)具體需要自己設(shè)定的參數(shù)，沒有非常大的出入，你需要的話我可以給你一個(gè)模板 integrator = md dt = 0.001 nsteps = 20000000 comm_mode = none ;constraints = h-angles nstxout = 0 nstvout = 0 nstfout = 0 nstlog = 1000 nstenergy = 0 nstxtcout = 1000 nstlist = 1 rlist = 1.0 coulombtype = PME rcoulomb = 1.0 vdwtype = Cut-off rvdw = 1.0 tcoupl = v-rescale nsttcouple = 1 tc_grps = NOFRZ FRZ tau_t = 0.1 -1 ref_t = 300 0 freezegrps = FRZ freezedim = Y Y Y gen_vel = yes gen_seed = -1 ;energygrps = MOLLE MOLLB SOL ;energygrp_excl = MOLLE MOLLE |
2樓2013-10-17 21:38:31
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