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用pbs提交gamess作業(yè)時(shí)出錯(cuò)
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如題，出錯(cuò)信息如下： ----- GAMESS execution script 'rungms' ----- This job is running on host node5 under operating system Linux at Mon Oct 21 11:55:18 CST 2013 PBS has assigned the following compute nodes to this run: node5 Available scratch disk space (Kbyte units) at beginning of the job is df: `/scratch/7828.node11': No such file or directory df: no file systems processed 計(jì)算帳號(hào)在11節(jié)點(diǎn)，pbs提交任務(wù)后隨機(jī)分配節(jié)點(diǎn)為node5，這個(gè)暫存目錄是rungms腳本程序設(shè)定的，可做修改，但不知如何設(shè)定。更改為存在的/scr/~目錄后，出現(xiàn)同樣問(wèn)題，猜測(cè)為rungms腳本缺少相應(yīng)目錄與對(duì)應(yīng)節(jié)點(diǎn)硬盤的掛載操作指令。linux相關(guān)原理也只是自己找了點(diǎn)資料了解了下而已，求專家指點(diǎn)，不甚感激！ |
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- gamess的pbs腳本！
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virtualzx
木蟲 (著名寫手)
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gmy1990: 金幣+3 2013-11-01 16:11:25
伽羅佤: 金幣+20, ★★★很有幫助 2013-11-08 23:02:13
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這和rungms關(guān)系不大，你要到你的集群查一下計(jì)算節(jié)點(diǎn)local scratch的路徑規(guī)則。一般集群的網(wǎng)頁(yè)上會(huì)告訴你怎么在任務(wù)里找到臨時(shí)文件系統(tǒng)的。這基本都是管理員依據(jù)個(gè)人喜好設(shè)置的，所以每個(gè)地方都不同，我用過(guò)的一般是定義一個(gè)$SCRATCH環(huán)境變量自動(dòng)指向local scratch目錄。 如果你的集群有所有節(jié)點(diǎn)共享的scratch文件系統(tǒng)的話你可以在公用scratch提交任務(wù)，然后用$PBS_O_WORKDIR變量找到提交文件的文件夾。你也可以用$PBS_NODEFILE找到當(dāng)前節(jié)點(diǎn)/節(jié)點(diǎn)組的定義文件 |
2樓2013-11-01 12:10:30
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謝謝你的回復(fù)，雖然問(wèn)題之前已經(jīng)自行解決了。還是想分享下解決辦法，供做比較。 首先是臨時(shí)目錄$SCR出了問(wèn)題，我的PBS腳本里面有在臨時(shí)系統(tǒng)文件建立文件夾JOBID.NODE11的指令，之前SCR并不在我賬號(hào)home路徑之下，所以沒(méi)權(quán)限建立這樣的目錄；第二個(gè)問(wèn)題是rungms腳本里面，環(huán)境變量輸出部分的一系列JOB.*文件，這里的JOB全部用PBS_JOBID.*替代掉了才解決文件的路徑問(wèn)題。問(wèn)題就次解決了，你定義的$SCRATCH指向本地 scratch所以不會(huì)出問(wèn)題，但我的一開始就沒(méi)設(shè)置在本地路徑中，至于你說(shuō)和rungms腳本無(wú)關(guān)，我的不進(jìn)行以上替換，提交作業(yè)后就顯示路徑出問(wèn)題了。這個(gè)差別我暫時(shí)想不到原因，但是能不改腳本直接提交作業(yè)應(yīng)該是更合理的吧。 再次謝謝分析支招，非常有用！  |
3樓2013-11-01 20:07:32
virtualzx
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