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亍寞金蟲 (小有名氣)
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[求助]
求助VMD里面水的表示。�；蛘叽鎯st7的格式。。。
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想要取出來某原子半徑15A內(nèi)的所有水分子和蛋白，然后存儲成標準格式的rst7，也就是6F12.7，一行六個坐標兩個原子的那個，但是直接存儲出來是一行十個坐標，后續(xù)處理不方便啊。。。這個有啥辦法可以存儲成6F12.7的么？ 然后想著，如果不行從頭開始，于是想要用VMD的save coordinates來存pdb然后leap再處理， 但是water and within 15.0 of name C， 但是在邊緣區(qū)域的水分子不完整，只有個H或者只有個O，用leap試圖添加缺少的原子但是好像leap或者是咱。。還是不夠智能總是失敗。。。 編程實在乏力  求助 |
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VMD 可以的，多一條命令： set sel [atomselect top "water and name OW and within 15.0 of name C"] #這一步選出C 15埃米以內(nèi)的水分子中的氧原子 set waterID [$sel get resname] #這一步記下上一步選出的水分子的 resid set theWantedWater [atomselect top "water and resid $waterID"] # theWantedWater 就是你所需要的了，這樣就沒有殘缺的情況了 $theWantedWater writepdb theWantedWater.pdb #theWantedWater.pdb 就保存好了，繼續(xù)你剩下的工作吧 |
2樓2013-10-25 14:16:27
亍寞
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感謝回復(fù)，我之前沒用過VMD的命令行方式，不知道為什么最后存出來的pdb是空文件？我輸入文件里面水里面的氧，名字是O，于是我把第一條命令中的OW換成O，其他的沒有變化，然后執(zhí)行完了第二條命令之后，終端里面顯示了出來了WAT WAT WAT WAT。。。。感覺應(yīng)該是成功選中了，但是最后出來是空文件，不知怎解？ 順便想問一下。。。您對VMD源碼熟悉么？我想直接去改http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... ugin_8c-source.html 這里面的8.3部分改成需要的12.7，但是以前沒改過vmd，找了半天也不知道在哪里改。。。 |
3樓2013-10-25 14:51:05
4樓2013-10-25 14:56:07
亍寞
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5樓2013-10-25 15:00:16
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