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ELK!這是臥薪嘗膽,十月磨礪的節(jié)奏。。ㄒ焉蟼鱓indows版)
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ELK,作為免費(fèi)的FP-LAPW代碼,作為TD-DFT鼻祖級(jí)大牛實(shí)驗(yàn)室的作品,一直以來更新非?,并且代碼結(jié)構(gòu)非常清晰,功能龐大,是難得的DFT佳品。 但是不知道是否是FP-LAPW的理論上比較難以實(shí)現(xiàn)突破,DFPT和Cell Relax一直都不存在(其實(shí)很久以前有人做過DFPT在FP-LAPW中的應(yīng)用,但是并沒有推廣開來;至于Cell Relax,就從來沒見過有代碼說可以了,甚至于連個(gè)計(jì)算stress的LAPW代碼都沒聽說),這點(diǎn)可以參考FP-LAPW最著名的商業(yè)代碼Wien2k。 而ELK則在2012年5月21日發(fā)布了1.4.22后,持續(xù)一年多沒有任何更新,險(xiǎn)些以為ELK就要退出歷史舞臺(tái)了。 沒想到,2013年6月底,ELK給我們帶來了一個(gè)大的驚喜:density functional perturbation theory (DFPT) phonons now available; only for spin-unpolarised calculations at the moment; spin-polarisation will be added for the next release; use with task=205; still experimental and generates incorrect results for certain symmetries - we're still working on this; see the example 'Al-phonon-DFPT',同時(shí),其實(shí)還有一個(gè):hybrid functionals should now work with libxc (experimental)。要知道,以前的ELK雖然也可以掛LibXC,但是卻只能用簡(jiǎn)單的LDA和GGA,無法使用Hybrid xc。這時(shí)的ELK還是個(gè)beta版。 沒過幾天,在2013年7月中旬,ELK更新到了2.1系列的最終版本2.1.25,去掉了beta字樣。 對(duì)于一個(gè)文章中從來離不開聲子的人,看到這里感覺已經(jīng)非常開心了,因?yàn)橛辛薉FPT,內(nèi)存總算不是制約計(jì)算的障礙了。本以為ELK的驚喜會(huì)持續(xù)一段時(shí)間,沒想到,ELK又很快升級(jí)了,這次的升級(jí)更是高大上了。 2013年9月20日,ELK發(fā)布了2.2.1版,該版除了除去之前2.1版本的很多bug之外,最大的成就,就是引入了Cell Relax:added full structural optimisation; setting 'latvopt=1' performs unconstrained optimisation of the lattice vectors; 'latvopt=2' performs iso-volumetric optimisation; see the example 'MgB2-lattice-opt'。從此,做晶格的弛豫(也就是所謂的優(yōu)化),不再只是CASTEP、VASP、Abinit、PWscf這些Plane-Wave Pseudo-Potential代碼的專利,也不用再為那么多贗勢(shì)究竟選擇哪個(gè)頭疼,直接在ELK中進(jìn)行優(yōu)化即可了;蛘哒f,如果對(duì)一些優(yōu)化的結(jié)果有疑問,完全可以以ELK的結(jié)果作為一個(gè)參考。要知道,F(xiàn)P-LAPW的準(zhǔn)確性可是非常有名的,不管是VASP還是Abinit和PWscf,出點(diǎn)PAW的贗勢(shì)都是要跟FP-LAPW對(duì)比的。只是收費(fèi)的VASP可以與Wien2k比,而免費(fèi)的Abinit和PWscf只能跟ELK比。 PWPP方法的代碼現(xiàn)在大行其道,占據(jù)了DFT文章的絕大部分,這一方面是由于號(hào)稱Accurate DFT的LAPW速度相對(duì)較慢,也是由于LAPW代碼的功能太少。現(xiàn)在計(jì)算機(jī)硬件的性能不斷提升,ELK又很爭(zhēng)氣的加了很多PWPP中才有的功能,相信以后只用ELK就做全套文章的想法也很快可以實(shí)現(xiàn)。 弟兄們,還等什么,來學(xué)習(xí)ELK吧!下載地址:http://sourceforge.net/projects/elk/files/?source=navbar 上傳了最新的ELK 2.2.5,已經(jīng)使用MinGW自帶的gfortran和gcc編譯成支持32-bit Windows的可執(zhí)行文件(需要把dll文件放在同文件夾或者C:\Windows下)。支持OpenMP。由于MinGW本身的一些問題,運(yùn)行效率貌似沒有直接用Intel Fortran for Windows編譯出來的高。而且使用的BLAS和LAPACK庫也都是自帶的,不如MKL的給力。先湊合著測(cè)試一下吧,將來會(huì)把更好的編譯版發(fā)上來的。[ Last edited by souledge on 2013-10-30 at 11:06 ] |
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DFT calculation |
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Windows哪兒有什么更好的人機(jī)對(duì)話。 對(duì)我自己而言,在Windows下編譯是種游戲,尤其用不支持POSIX的MinGW,編譯PWscf時(shí)會(huì)有一些代碼無法通過編譯,這時(shí)自己去修改代碼達(dá)到編譯的目的,這不是很好玩么? 順便,也給那些想試試除Materials Studio和MedeA外Linux下DFT軟件,卻始終膽小或者發(fā)懶(不管是腦子還是手腳了)的人一個(gè)嘗試的機(jī)會(huì)。 話說,雙系統(tǒng)的一臺(tái)機(jī)器,用ifort編譯的ELK在OpenMP環(huán)境下跑,于Server 2012 DC和CentOS 6.4下速度基本沒什么區(qū)別(稍微有點(diǎn),可能是因?yàn)閃indows版的FFT用的是ELK自帶的,但是Linux版的是用的MKL的FFTW3)。不過還是說回來,MinGW編譯的ELK的效率真心低了那么一點(diǎn)點(diǎn),不過好處是,很容易把LibXC加上去~ |
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其實(shí)比較VASP和Abinit的計(jì)算性質(zhì)差異是比較不科學(xué)的,因?yàn)閮烧叩内I勢(shì)從來沒有互通過。說白了,除了VASP開發(fā)組的人,這個(gè)世界上沒人知道VASP贗勢(shì)的生成參數(shù)及贗勢(shì)結(jié)構(gòu)。所以拿著VASP跟Abinit比就不免有點(diǎn)apple比orange的意思了。 至于能比的話,用Abinit和PWscf到是可以比一比,用完全相同參數(shù)生成的NCPP,然后完全相同的計(jì)算參數(shù)。 而ELK和Wien2k,有贗勢(shì)問題么?MT半徑和valance state都可以自己修改的,修改成一樣再比就可以了。 [ Last edited by souledge on 2013-11-3 at 18:11 ] |
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金蟲 (著名寫手)
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最近一直在用,現(xiàn)在scf收斂速度快了很多,也穩(wěn)定了很多,我試著用晶格優(yōu)化功能,優(yōu)化zno晶胞一直沒有成功過,估計(jì)對(duì)六方的優(yōu)化還需要改進(jìn),立方的似乎不錯(cuò)。另外,我用TB09算zno能帶也一直沒有辦法收斂,不知道樓主有沒有好的建議? [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
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木蟲 (正式寫手)
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“只是收費(fèi)的VASP可以與Wien2k比,而免費(fèi)的Abinit和PWscf只能跟ELK比” ELK和wien2k精度差多少? Cell-relax在wien2k是可以做的 |
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看了樓主的帖子后,很是激動(dòng),就決心加入Elk隊(duì)伍和大家一起探討了(盡管用過vasp,但對(duì)于Elk目前還是小弱啊),欣喜地告訴樓主,此樓下載的時(shí)候,版本號(hào)已經(jīng)更新到2.2.5了。但是在make.inc這一步遇到了一個(gè)初級(jí)問題,該問題半個(gè)小時(shí)前已解決,并把解決方案回復(fù)到“求助elk并行編譯!”帖子中,但是希望路過者看到的時(shí)候,順便說說如下make.inc每項(xiàng)的含義,如何? MAKE = make F90 = gfortran F90_OPTS = -O3 -ffast-math -funroll-loops -fopenmp F77 = gfortran F77_OPTS = -O3 -ffast-math -funroll-loops -fopenmp AR = ar LIB_SYS = LIB_LPK = lapack.a blas.a LIB_FFT = fftlib.a [ Last edited by panzky on 2013-10-30 at 10:18 ] |
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