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rainyxiao

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[求助] g09 No pseudopotential on this center? 已查過相關(guān)文獻

輸入文件如下：
%mem=6GB
%nproc=8
%chk=CuCL4.chk
# opt b3lyp/gen pseudo=read geom=connectivity

CuCl4

0 2
Cu             -3.43971614 0.65602836 0.00000000
Cl             -2.71974085 -1.38044791 0.00000000
Cl             -2.71970368 1.67425274 -1.76363294
Cl             -5.59971614 0.65605497 0.00000000
Cl             -2.71970368 1.67425274 1.76363294

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4
5

Cl 0
6-31g
****
Cu 0
lanl2dz
****

Cu 0
lanl2dz

輸出文件：
Number    Number    Electrons    Momentum    of R    Exponent       Coefficient SO-Coeffient
======================================================================================================
1       29          19
                                    D and up
                                                   1    511.9951763    -10.00000000 0.00000000
                                                   2    93.2801074    -72.55482820 0.00000000
                                                   2    23.2206669    -12.74502310 0.00000000
                                    S - D
                                                   0    173.1180854       3.00000000 0.00000000
                                                   1    185.2419886    23.83518250 0.00000000
                                                   2    73.1517847    473.89304880 0.00000000
                                                   2    14.6884157    157.63458230 0.00000000
                                    P - D
                                                   0    100.7191369       5.00000000 0.00000000
                                                   1    130.8345665       6.49909360 0.00000000
                                                   2    53.8683720    351.46053950 0.00000000
                                                   2    14.0989469    85.50160360 0.00000000
2       17
                                 No pseudopotential on this center.
3       17
                                 No pseudopotential on this center.
4       17
                                 No pseudopotential on this center.
======================================================================================================

命令時顯示：
Error: illegal instruction, illegal opcode
rax ffffffffffffffff, rbx 0000000000000008, rcx 0000000000000001
rdx 0000002a9558b188, rsp 0000007fbfe13e10, rbp 0000007fbfe13e10
rsi 0000002a9558b188, rdi ffffffffffffffff, r8  0000002a9558b190
r9  0000002a9558b190, r10 0000002a9558b190, r11 0000000000000008
r12 0000000000000009, r13 0000000000000009, r14 0000002a9558b500
r15 0000002a9558b0f8
  --- traceback not available

網(wǎng)上有人說空行問題，我試過空了一行，兩行，三行，都不行...
然后我也把隱藏空格的去掉了，但還是不行
請問誰知道怎么解決這個問題？謝謝啦

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【求助】請各位大俠看看這個gaussian為啥不能運行已經(jīng)有17人回復

然后怎樣

1樓 2013-10-26 20:31:34

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No pseudopotential on this center
這句話不是出錯信息，你的體系只有Cu需要贗勢，另外幾個原子都是Cl，使用6-31G是沒有贗勢的。

當前出錯信息貌似Gaussian軟件之外的問題導致的，比如硬盤滿了或者你系統(tǒng)中有什么進程把Gaussian軟件給誤殺了。

還有，你的電荷和自旋多重度好像設(shè)置的不對。
如果是2價銅，上了四個Cl離子后應(yīng)該是-2價，那么應(yīng)該是-2 2
如果是1價銅，上了四個Cl離子后應(yīng)該是-3價，那么應(yīng)該是-3 1

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據(jù)權(quán)威報紙調(diào)查，84%的青少年犯罪者有玩電子游戲的經(jīng)歷，故應(yīng)該禁止經(jīng)營電子游戲。據(jù)我們所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的經(jīng)歷，故制鞋廠應(yīng)該停業(yè)。

2樓2013-10-26 23:44:36

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引用回帖:

2樓: Originally posted by hairan at 2013-10-26 23:44:36
No pseudopotential on this center
這句話不是出錯信息，你的體系只有Cu需要贗勢，另外幾個原子都是Cl，使用6-31G是沒有贗勢的。

當前出錯信息貌似Gaussian軟件之外的問題導致的，比如硬盤滿了或者你系統(tǒng)中有什 ...

謝謝hairan回答，可是我如果運行非混合基組的就沒問題。

輸入文件：
#p  B3LYP/6-31G(d,p) opt

100923: water

0 1
O    0.000000    0.000000    0.000000
H    0.000000    0.000000    0.950000
H    0.895669    0.000000 -0.316667

這樣一切正常。但一旦混合基組就有問題了，是不是在混合基組上有什么出錯了？還是運行時調(diào)用的時候出錯了？

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然后怎樣

3樓2013-10-27 09:24:23

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【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

3樓: Originally posted by rainyxiao at 2013-10-27 09:24:23
謝謝hairan回答，可是我如果運行非混合基組的就沒問題。

輸入文件：
#p  B3LYP/6-31G(d,p) opt

100923: water

0 1
O    0.000000    0.000000    0.000000
H    0.000000    0.000000    ...

我看你這個體系也沒什么保密的，請上傳完整的輸入輸出文件。
另外，你直接用B3LYP/6-31G計算CuCl4，不用混合基組試試看

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4樓2013-10-27 12:38:40

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gkf高: 金幣+2 2013-10-28 09:34:25

用LZ的輸入文件跑，如果LZ給出的輸入文件是全的話，最后問題似乎是出在解SCF方程不收斂問題上，我的高斯是這么終止的

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5樓2013-10-28 08:13:47

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★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gkf高: 金幣+2 2013-10-28 09:34:29

你的輸入文件最后有幾行空行，最好多于或等于三行。

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6樓2013-10-28 09:21:40

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4樓: Originally posted by hairan at 2013-10-27 12:38:40
我看你這個體系也沒什么保密的，請上傳完整的輸入輸出文件。
另外，你直接用B3LYP/6-31G計算CuCl4，不用混合基組試試看...

我就是想打算試試運行，所以隨便寫了個分子。
直接用B3LYP/6-31G計算CuCl4，也不行，太奇怪了。
輸入文件：
# opt  B3LYP/6-31G

CuCl4

-2 2
Cu             -3.43971614 0.65602836 0.00000000
Cl             -2.71974085 -1.38044791 0.00000000
Cl             -2.71970368 1.67425274 -1.76363294
Cl             -5.59971614 0.65605497 0.00000000
Cl             -2.71970368 1.67425274 1.76363294

輸出文件：

~Entering Gaussian System, Link 0=g09
Input=CuCl4-2.com
Output=CuCl4-2.log
Initial command:
/home/msi/g09//g09/l1.exe /home/msi/g09//g09/scratch/Gau-19298.inp -scrdir=/home/msi/g09//g09
/scratch/
Entering Link 1 = /home/msi/g09//g09/l1.exe PID=    19299.

Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009,2011,
         Gaussian, Inc.  All Rights Reserved.

This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.

This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.

This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.
The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:

                  RESTRICTED RIGHTS LEGEND

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subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.

Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492

---------------------------------------------------------------
Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------
Cite this work as:
Gaussian 09, Revision C.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
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P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2010.

******************************************
Gaussian 09:  EM64L-G09RevC.01 23-Sep-2011
            28-Oct-2013
******************************************
-----------------
# opt B3LYP/6-31G
-----------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=3,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(2);
2/9=110/2;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=1,6=6,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,38=5/2;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
-----
CuCl4
-----
Charge = -2 Multiplicity = 2
Symbolic Z-Matrix:
Cu                -3.43972 0.65603 0.
Cl                -2.71974  -1.38045 0.
Cl                -2.7197 1.67425  -1.76363
Cl                -5.59972 0.65605 0.
Cl                -2.7197 1.67425 1.76363

GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Initialization pass.
                        ----------------------------
                        ! Initial Parameters !
                        ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                         --------------------------
! Name  Definition             Value       Derivative Info.             !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1 R(1,2)                2.16          estimate D2E/DX2             !
! R2 R(1,3)                2.16          estimate D2E/DX2             !
! R3 R(1,4)                2.16          estimate D2E/DX2             !
! R4 R(1,5)                2.16          estimate D2E/DX2             !
! A1 A(2,1,3)             109.4712       estimate D2E/DX2             !
! A2 A(2,1,4)             109.4712       estimate D2E/DX2             !
! A3 A(2,1,5)             109.4712       estimate D2E/DX2             !
! A4 A(3,1,4)             109.4712       estimate D2E/DX2             !
! A5 A(3,1,5)             109.4713       estimate D2E/DX2             !
! A6 A(4,1,5)             109.4712       estimate D2E/DX2             !
! D1 D(2,1,4,3)          -120.0          estimate D2E/DX2             !
! D2 D(2,1,5,3)          120.0          estimate D2E/DX2             !
! D3 D(2,1,5,4)          -120.0          estimate D2E/DX2             !
! D4 D(3,1,5,4)          120.0          estimate D2E/DX2             !
--------------------------------------------------------------------------------
Trust Radius=3.00D-01 FncErr=1.00D-07 GrdErr=1.00D-06
Number of steps in this run=    24 maximum allowed number of steps= 100.
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad

                        Input orientation:
---------------------------------------------------------------------
Center    Atomic    Atomic          Coordinates (Angstroms)
Number    Number    Type          X          Y          Z
---------------------------------------------------------------------
   1       29          0    -3.439716 0.656028 0.000000
   2       17          0    -2.719741 -1.380448 0.000000
   3       17          0    -2.719704 1.674253 -1.763633
   4       17          0    -5.599716 0.656055 0.000000
   5       17          0    -2.719704 1.674253 1.763633
---------------------------------------------------------------------
                  Distance matrix (angstroms):
                  1       2       3       4       5
   1  Cu 0.000000
   2  Cl 2.160000 0.000000
   3  Cl 2.160000 3.527265 0.000000
   4  Cl 2.160000 3.527265 3.527265 0.000000
   5  Cl 2.160000 3.527265 3.527266 3.527265 0.000000
Fill:  no match for NOp=  2 IAt= 2 RMin= 3.55D+00
Fill:  no match for NOp=  2 IAt= 3 RMin= 3.35D+00
Fill:  no match for NOp=  2 IAt= 4 RMin= 3.36D+00
Fill:  no match for NOp=  2 IAt= 5 RMin= 3.12D+00
Error permuting atoms in Fill, NOp=  2 RMinMx= 3.55D+00 LPerm:
1 0 0 0 0
Symmetry turned off:
Internal error in symmetry package.
Rotational constants (GHZ):    1.1616082    1.1616081    1.1616076
Standard basis: 6-31G (6D, 7F)

難不成真的是被其他給殺了？還是因為權(quán)限問題？我不是用root用戶裝的。
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然后怎樣

7樓2013-10-28 10:21:50

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槍下游魂

木蟲 (著名寫手)

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【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

7樓: Originally posted by rainyxiao at 2013-10-28 10:21:50
我就是想打算試試運行，所以隨便寫了個分子。
直接用B3LYP/6-31G計算CuCl4，也不行，太奇怪了。
輸入文件：
# opt B3LYP/6-31G

CuCl4

-2 2
Cu -3.43971614 0.65602836 0.00000000 ...

我的機子上能正常跑完，應(yīng)是LZ你的權(quán)限問題，和高斯無關(guān)

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8樓2013-10-28 11:32:47

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hairan

木蟲 (著名寫手)

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
gkf高: 金幣+2 2013-10-29 20:45:57

你的例子我的也能順利算完，估計問題還是出在你的機器上。不是Gaussian軟件本身或者輸入文件格式的問題。

1|1|UNPC-WUYANBO_PC|FOpt|UB3LYP|6-31G|Cl4Cu1(2-,2)|WYB|28-Oct-2013|0||
# opt b3lyp/6-31g geom=connectivity||CuCl4||-2,2|Cu,-3.4393094555,0.65
91544284,0.0000824252|Cl,-2.3378775909,-1.4675494487,-0.0008349526|Cl,
-2.8042390058,1.5518488038,-2.1269349934|Cl,-5.8113171029,0.9870537659
,-0.0008228936|Cl,-2.8058373349,1.5496333507,2.1285104143||Version=IA3
2W-G09RevA.02|HF=-3481.2465924|S2=0.750821|S2-1=0.|S2A=0.75|RMSD=3.360
e-009|RMSF=1.268e-005|Dipole=0.0029398,0.0107439,0.0001846|Quadrupole=
-55.3604592,29.484861,25.8755982,20.7546609,0.0022807,0.0044627|PG=C01
[X(Cl4Cu1)]||@

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9樓2013-10-28 17:20:38

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chuchu6816

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gkf高: 金幣+2 2013-10-29 20:45:53

我感覺你的問題根本不是問題。你只對Cu用贗勢，而其他原子沒有贗勢，本就是很正常的事情。而下面樓主都不用贗勢，當然也不會出現(xiàn)問題。不知樓主在糾結(jié)什么東西。

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10樓2013-10-29 17:28:01

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