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[求助]
NEB的計算出現(xiàn)負值，測試的其他能量都比初始的00和終止的10低
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問題如下： 1.計算NEB的方法：首先利用nebmake.pl產生初始終態(tài)結構，用xcrysden查看了路徑沒問題，然后對初始終態(tài)結構進行幾何結構優(yōu)化，接著采用優(yōu)化后的能量構型進行NEB的計算，按照VASP manual上說明，在INCAR中設置如下： ISTART = 0; ICHARG = 2 ENCUT = 400 ISMEAR = 2 LREAL=Auto NELM=200 NSW=1000 EDIFFG=-0.02 LWAVE = F LCHARG = F ICHAIN=0 IMAGES=9 SPRING=-5 LCLIMB=.TRUE. IBRION=3 POTIM=0 IOPT=7 算完之后用nebbarrier.pl產生的neb.dat如下： 0 0.000000 0.000000 0.000000 0 1 0.151183 -2.145471 -0.242258 1 2 0.302705 -2.106921 -0.362263 2 3 0.452469 -2.051050 -0.403422 3 4 0.603020 -2.012050 -0.282203 4 5 0.753502 -1.992645 0.000084 5 6 0.904120 -2.012146 0.253874 6 7 1.054939 -2.051164 0.407455 7 8 1.204729 -2.107090 0.352265 8 9 1.356227 -2.145477 0.236853 9 10 1.507559 0.000000 0.000000 10 初末位置的能量我多次驗算都是最低的，不知道是什么原因，求大神們不吝指教我這個新手！謝謝啦 |
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【答案】應助回帖
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我實在不是什么高手  ，才跑NEB沒多久。。。nebbarrier.pl 里面能量有關部分是 $energy = `grep 'energy w' $directories[$i]/OUTCAR|tail -1`; # $dist = `grep 'NEB: distance' $directories[$i]/OUTCAR|tail -1`; $force = `grep 'NEB: projections' $directories[$i]/OUTCAR|tail -1`; if ($ssneb_flag =~ /T/){ $force = `grep 'NEBCELL: projections' $directories[$i]/OUTCAR|tail -1`; }; $energy =~ s/\s+$//g; @energy = split(/\s+/,$energy); $energy = $energy[@energy-1]; if ($i==0) { $energy0 = $energy; } $energy -= $energy0; 取的是OUTCAR里面energy(sigma->0) = 之后的數(shù)值，然后跟00文件夾下的OUTCAR里面的能量相減得到的值。兩個腳本都沒什么問題。你可以進各個文件夾用 grep energy OUTCAR 搜一搜，看看數(shù)據(jù)，然后用它的方法 grep 'energy w' OUTCAR，應該就大概知道是什么問題了 |
15樓2013-11-06 10:04:28
liu-biao
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2樓2013-11-04 12:16:40
emilyoyang
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3樓2013-11-04 12:43:21
4樓2013-11-04 13:10:11
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