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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 微生物 » 實驗/技術 » GC skew結果分析
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li41728501銀蟲 (初入文壇)
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[求助]
GC skew結果分析
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剛剛將測序的contig連接得到一個完整的藍細菌基因組，準備對其進行分析，網上說GC偏移是其中一個很重要的指標，特別對于環(huán)狀基因組來說，能夠確定其復制起點（累計偏移最小值）和終點（累計偏移最大值）。如圖所示，我計算出來在2,963,761 bp 處累計偏移值最小且小于0，是不是就意味著細菌基因組是在這個點開始復制的，如果后面進行orf預測和基因注釋的話這個點是不是就作為第一個堿基。另外在2,381,821 bp 處是最大值且大于0，按照定義這個就是終點，那他們之間還有幾十萬bp怎么解釋，還是說不用管這個最大值，只要找到起始位點就可以，反正是一個環(huán)狀，起始位點往前一位就是其終點，這樣理解不知道對不對。 GCSkew.jpg |
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