 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1565 | 回復: 7 | ||
| 當前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
[求助]
NAMD跨膜環(huán)肽管求助，Periodic cell has become too small for original patch grid!
|
||
|
各位前輩，小妹新手一枚，學習過程中問題多多。。。最近遇到一個棘手的問題，還請大家多多幫忙。我研究的體系是跨膜環(huán)肽納米管，由于要探索納米管在脂質(zhì)膜中的傾斜，所以在模擬的過程中對脂質(zhì)膜和環(huán)肽管沒有施加任何限制，然后進行超長時間的MD模擬。 由于計算條件限制，我是以20納秒為間隔，跑完一次再接著續(xù)跑20納秒。但是實際操作后發(fā)現(xiàn)，首次二十納秒進行順利，在進行續(xù)跑，也就是21到40納秒的模擬時總是出現(xiàn)錯誤，錯誤提示是Periodic cell has become too small for original patch grid!。 我之前對照其他帖子給的方法進行修改，增加"margin 3",改大”langevinPistonPeriod 1000. langevinPistonDecay 500“但是最后還是不行。我在這里先貼出前二十納秒的CONF和續(xù)跑的CONF文件，希望各位前輩幫忙看看問題出在哪里，多謝。 |
回復此樓» 猜你喜歡
284求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復
-
一志愿山東大學藥學學碩求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
07化學280分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
298-一志愿中國農(nóng)業(yè)大學-求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復
-
求材料，環(huán)境專業(yè)調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復
-
335求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復
-
一志愿吉大化學322求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
環(huán)境學碩288求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復
-
341求調(diào)劑(一志愿湖南大學070300)
已經(jīng)有6人回復
» 本主題相關商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
ruthxu
金蟲 (正式寫手)
- 應助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 1109.2
- 散金: 62
- 紅花: 2
- 帖子: 319
- 在線: 138小時
- 蟲號: 1159022
- 注冊: 2010-11-30
- 性別: MM
- 專業(yè): 高分子科學
8樓2014-08-05 10:54:18
|
structure 8pnt_mem_water.psf coordinates eq.pdb paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_lipid.inp parameters par_extraterms.inp set temperature 310 temperature $temperature if {0} { set inputname eq_r binCoordinates $inputname.restrart.coor binVelocities $inputname.vel ;# remove the "temperature" entry if you use this! #extendedSystem $inputname.xsc } firsttimestep 0 if {1} { cellBasisVector1 58. 0. 0. cellBasisVector2 0. 58. 0. cellBasisVector3 0. 0. 94. cellOrigin 0. 0. 0. } wrapAll on PME yes PMEGridSizeX 64 PMEGridSizeY 64 PMEGridSizeZ 100 exclude scaled1-4 cutoff 10. switching on switchdist 8. pairlistdist 12. timestep 1. nonbondedFreq 2 fullElectFrequency 4 stepspercycle 20 langevin on langevinDamping 5 langevinTemp $temperature langevinPiston on langevinPistonTarget 1. langevinPistonPeriod 1000. langevinPistonDecay 500. langevinPistonTemp $temperature useFlexibleCell yes useConstantRatio yes if {0} { constraints on consref constr.pdb conskfile constr.pdb conskcol B constraintscaling 10.0 } binaryoutput no outputName eq_1 dcdfreq 1000 xstFreq 1000 restartname eq_r_1 restartfreq 1000 binaryrestart yes outputEnergies 1000 outputtiming 1000 if {1} { minimize 10000 reinitvels $temperature } run 10000000 |
2樓2013-11-09 16:34:50
|
接下來是續(xù)跑的CONF structure 8pnt_mem.psf coordinates eq.pdb paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_lipid.inp parameters par_extraterms.inp set temperature 310 if {1} { set inputname eq_r_1 binCoordinates $inputname.coor binVelocities $inputname.vel ;# remove the "temperature" entry if you use this! #extendedSystem $inputname.xsc } firsttimestep 25723000 if {0} { cellBasisVector1 58. 0. 0. cellBasisVector2 0. 58. 0. cellBasisVector3 0. 0. 94. cellOrigin 0. 0. 0. PME yes PMEGridSizeX 64 PMEGridSizeY 64 PMEGridSizeZ 100 } wrapAll on margin 5 exclude scaled1-4 cutoff 10. switching on switchdist 8. pairlistdist 12. timestep 1. nonbondedFreq 2 fullElectFrequency 4 stepspercycle 20 langevin on langevinDamping 5 langevinTemp $temperature langevinPiston on langevinPistonTarget 1. langevinPistonPeriod 1000. langevinPistonDecay 500. langevinPistonTemp $temperature useFlexibleCell yes useConstantRatio yes if {0} { constraints on consref constr.pdb conskfile constr.pdb conskcol B constraintscaling 10.0 } binaryrestart yes binaryoutput no outputName eq_1_xu dcdfreq 1000 xstFreq 1000 restartname eq_r_1_xu restartfreq 1000 outputEnergies 1000 outputtiming 1000 if {0} { minimize 2000 reinitvels $temperature } run 4307000 |
3樓2013-11-09 16:35:49
4樓2013-11-09 18:24:02
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研]
 0854 考研調(diào)劑 招生了！AI 方向
+4
|
pk3725069 2026-03-19 | 16/800 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 327求調(diào)劑 +5 | prayer13 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 361求調(diào)劑 +3 | Glack 2026-03-22 | 3/150 |
|
|
|
[基金申請] 請教下大家 2026年國家基金申請是雙盲審嗎？ +3 | lishucheng1 2026-03-22 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 考研化學308分求調(diào)劑 +7 | 你好明天你好 2026-03-23 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 上海電力大學材料防護與新材料重點實驗室招收調(diào)劑研究生（材料、化學、電化學，環(huán)境） +3 | 我愛學電池 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿南京理工大學085701資源與環(huán)境302分求調(diào)劑 +5 | 葵梓衛(wèi)隊 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 350求調(diào)劑 +6 | weudhdk 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 生物學071000 329分求調(diào)劑 +5 | 我愛生物生物愛?/a> 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 319求調(diào)劑 +4 | 小力氣珂珂 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 13341 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料 271求調(diào)劑 +5 | 展信悅_ 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0805材料320求調(diào)劑 +3 | 深海物語 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +3 | Jack?k?y 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學085700資源與環(huán)境專碩，總分308求調(diào)劑 +3 | 墨墨漠 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿西南交大，求調(diào)劑 +5 | 材化逐夢人 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +6 | www_q 2026-03-18 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 330求調(diào)劑 +4 | 小材化本科 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工求調(diào)劑 +6 | 緒幸與子 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 9/450 |
|