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ljzhou86

金蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 3 (幼兒園)
金幣: 1000.9
散金: 491
紅花: 9
帖子: 597
在線: 640.7小時(shí)
蟲號(hào): 996220
注冊: 2010-04-14
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

[交流] 如設(shè)置了LELF=T, 內(nèi)存報(bào)錯(cuò) 已有4人參與

vasp 5.3或是5.2編譯后進(jìn)行計(jì)算，發(fā)現(xiàn)一個(gè)很奇怪的現(xiàn)象：如INCAR里面沒有設(shè)置LELF=T，剛計(jì)算正常，沒有錯(cuò)誤；但如設(shè)置了LELF=T, 剛在計(jì)算最后顯示內(nèi)存的問題？這是怎么一回事？相應(yīng)的編譯工具如下: parallel_studio_xe_2011_sp1_update2_intel64(1).tgz, Openmpi-1.6, fftw-3.2.1.tar.gz。錯(cuò)誤提示如下：

entering main loop
   N    E                   dE          d eps    ncg    rms       rms(c)
DAV: 1 -0.204296542996E+02 -0.20430E+02 -0.50735E-04 832 0.503E-01
DAV: 2 -0.204296623496E+02 -0.80501E-05 -0.80494E-05 896 0.394E-02
DAV: 3 -0.204296623945E+02 -0.44867E-07 -0.44925E-07 688 0.334E-03
DAV: 4 -0.204296624047E+02 -0.10181E-07 -0.10085E-07 512 0.166E-03
DAV: 5 -0.204296624079E+02 -0.32069E-08 -0.32719E-08 448 0.933E-04
1 F= -.20429662E+02 E0= -.20429662E+02  d E =0.000000E+00
*** glibc detected *** vasp5.3-mpich2: malloc(): memory corruption: 0x00000000200cc420 ***
======= Backtrace: =========
/lib64/libc.so.6[0x3b01672fae]
/lib64/libc.so.6(__libc_malloc+0x6e)[0x3b01674cde]
vasp5.3-mpich2[0xf598fd]
vasp5.3-mpich2[0xf5b6b1]
vasp5.3-mpich2[0xf515bc]
vasp5.3-mpich2[0xf52365]
vasp5.3-mpich2[0xf52733]
vasp5.3-mpich2[0xf50855]
vasp5.3-mpich2[0x459100]
vasp5.3-mpich2[0x4aa19f]
vasp5.3-mpich2[0x9a0d7a]
vasp5.3-mpich2[0x44a246]
vasp5.3-mpich2[0x4072ec]
/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf4)[0x3b0161d994]
vasp5.3-mpich2[0x4071f9]
======= Memory map: ========
00400000-011ec000 r-xp 00000000 08:07 163317329                         /home/ljzhou86/bin/vasp/vasp5.3-mpich2
013ec000-0144e000 rwxp 00dec000 08:07 163317329                         /home/ljzhou86/bin/vasp/vasp5.3-mpich2
0144e000-06f86000 rwxp 0144e000 00:00 0
1f21f000-2070c000 rwxp 1f21f000 00:00 0                               [heap]
3b01200000-3b0121c000 r-xp 00000000 08:03 1912860                      /lib64/ld-2.5.so
3b0141b000-3b0141c000 r-xp 0001b000 08:03 1912860                      /lib64/ld-2.5.so
3b0141c000-3b0141d000 rwxp 0001c000 08:03 1912860                      /lib64/ld-2.5.so
3b01600000-3b0174e000 r-xp 00000000 08:03 1912861                      /lib64/libc-2.5.so
3b0174e000-3b0194d000 ---p 0014e000 08:03 1912861                      /lib64/libc-2.5.so
3b0194d000-3b01951000 r-xp 0014d000 08:03 1912861                      /lib64/libc-2.5.so
3b01951000-3b01952000 rwxp 00151000 08:03 1912861                      /lib64/libc-2.5.so
3b01952000-3b01957000 rwxp 3b01952000 00:00 0
3b01a00000-3b01a82000 r-xp 00000000 08:03 1912868                      /lib64/libm-2.5.so
3b01a82000-3b01c81000 ---p 00082000 08:03 1912868                      /lib64/libm-2.5.so
3b01c81000-3b01c82000 r-xp 00081000 08:03 1912868                      /lib64/libm-2.5.so
3b01c82000-3b01c83000 rwxp 00082000 08:03 1912868                      /lib64/libm-2.5.so
3b01e00000-3b01e02000 r-xp 00000000 08:03 1912863                      /lib64/libdl-2.5.so
3b01e02000-3b02002000 ---p 00002000 08:03 1912863                      /lib64/libdl-2.5.so
3b02002000-3b02003000 r-xp 00002000 08:03 1912863                      /lib64/libdl-2.5.so
3b02003000-3b02004000 rwxp 00003000 08:03 1912863                      /lib64/libdl-2.5.so
3b02200000-3b02216000 r-xp 00000000 08:03 1912864                      /lib64/libpthread-2.5.so
3b02216000-3b02415000 ---p 00016000 08:03 1912864                      /lib64/libpthread-2.5.so
3b02415000-3b02416000 r-xp 00015000 08:03 1912864                      /lib64/libpthread-2.5.so
3b02416000-3b02417000 rwxp 00016000 08:03 1912864                      /lib64/libpthread-2.5.so
3b02417000-3b0241b000 rwxp 3b02417000 00:00 0
3b02a00000-3b02a07000 r-xp 00000000 08:03 1912865                      /lib64/librt-2.5.so
3b02a07000-3b02c07000 ---p 00007000 08:03 1912865                      /lib64/librt-2.5.so
3b02c07000-3b02c08000 r-xp 00007000 08:03 1912865                      /lib64/librt-2.5.so
3b02c08000-3b02c09000 rwxp 00008000 08:03 1912865                      /lib64/librt-2.5.so
3b0fc00000-3b0fc0d000 r-xp 00000000 08:03 1912757                      /lib64/libgcc_s-4.1.2-20080825.so.1
3b0fc0d000-3b0fe0d000 ---p 0000d000 08:03 1912757                      /lib64/libgcc_s-4.1.2-20080825.so.1
3b0fe0d000-3b0fe0e000 rwxp 0000d000 08:03 1912757                      /lib64/libgcc_s-4.1.2-20080825.so.1
2b92209f7000-2b92209f8000 rwxp 2b92209f7000 00:00 0
2b9220a14000-2b9220a15000 rwxp 2b9220a14000 00:00 0
2b9220a15000-2b9220c9c000 r-xp 00000000 08:07 150962235                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/compiler/lib/intel64/libimf.so
2b9220c9c000-2b9220d9c000 ---p 00287000 08:07 150962235                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/compiler/lib/intel64/libimf.so
2b9220d9c000-2b9220de0000 rwxp 00287000 08:07 150962235                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/compiler/lib/intel64/libimf.so
2b9220de0000-2b922137e000 r-xp 00000000 08:07 151519855                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.so
2b922137e000-2b922157e000 ---p 0059e000 08:07 151519855                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.so
2b922157e000-2b922158d000 rwxp 0059e000 08:07 151519855                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.so
2b922158d000-2b9221593000 rwxp 2b922158d000 00:00 0
2b9221593000-2b9222296000 r-xp 00000000 08:07 151519857                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/lib/intel64/libmkl_intel_thread.so
2b9222296000-2b9222496000 ---p 00d03000 08:07 151519857                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/lib/intel64/libmkl_intel_thread.so
2b9222496000-2b92225ed000 rwxp 00d03000 08:07 151519857                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/lib/intel64/libmkl_intel_thread.so
2b92225ed000-2b92225f0000 rwxp 2b92225ed000 00:00 0
2b92225f0000-2b9223408000 r-xp 00000000 08:07 151519639                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so
2b9223408000-2b9223607000 ---p 00e18000 08:07 151519639                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so
2b9223607000-2b922361b000 rwxp 00e17000 08:07 151519639                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so
2b922361b000-2b922362b000 rwxp 2b922361b000 00:00 0
2b922362b000-2b92236b1000 r-xp 00000000 08:07 231899138                /home/ljzhou86/software/g03/g03/private/libiomp5.so
2b92236b1000-2b92237b1000 ---p 00086000 08:07 231899138                /home/ljzhou86/software/g03/g03/private/libiomp5.so
2b92237b1000-2b92237b7000 rwxp 00086000 08:07 231899138                /home/ljzhou86/software/g03/g03/private/libiomp5.so
2b92237b7000-2b92237bf000 rwxp 2b92237b7000 00:00 0
2b92237bf000-2b9223c92000 r-xp 00000000 08:07 151519865                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/lib/intel64/libmkl_sequential.so
2b9223c92000-2b9223e91000 ---p 004d3000 08:07 151519865                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/lib/intel64/libmkl_sequential.so
2b9223e91000-2b9223e9d000 rwxp 004d2000 08:07 151519865                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/lib/intel64/libmkl_sequential.so
2b9223e9d000-2b9223e9f000 rwxp 2b9223e9d000 00:00 0
2b9223e9f000-2b9223ee8000 r-xp 00000000 08:07 150962237                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/compiler/lib/intel64/libintlc.so.5
2b9223ee8000-2b9223fe7000 ---p 00049000 08:07 150962237                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/compiler/lib/intel64/libintlc.so.5
2b9223fe7000-2b9223fea000 rwxp 00048000 08:07 150962237                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/compiler/lib/intel64/libintlc.so.5
2b9223fea000-2b9223fee000 rwxp 2b9223fea000 00:00 0
2b9223fee000-2b9228ef4000 rwxs 00000000 00:13 701930                   /dev/shm/mpich_shar_tmpmwyxs7 (deleted)
2b9228f10000-2b9228f1a000 r-xp 00000000 08:03 1912571                   /lib64/libnss_files-2.5.so
2b9228f1a000-2b9229119000 ---p 0000a000 08:03 1912571                   /lib64/libnss_files-2.5.so
2b9229119000-2b922911a000 r-xp 00009000 08:03 1912571                   /lib64/libnss_files-2.5.so
2b922911a000-2b922911b000 rwxp 0000a000 08:03 1912571                   /lib64/libnss_files-2.5.so
2b9229141000-2b922acd5000 r-xp 00000000 08:07 151519859                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/lib/intel64/libmkl_mc3.so
2b922acd5000-2b922aed5000 ---p 01b94000 08:07 151519859                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/lib/intel64/libmkl_mc3.so
2b922aed5000-2b922af2a000 rwxp 01b94000 08:07 151519859                /home/ljzhou86/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/lib/intel64/libmkl_mc3.so
2b922af2a000-2b922bb9b000 rwxp 2b922af2a000 00:00 0
2b922bb9b000-2b922bbdc000 rwxs 00000000 00:13 702015                   /dev/shm/mpich_shar_tmpRzHslL (deleted)
2b922bbdc000-2b922bc1d000 rwxs 00000000 00:13 702016                   /dev/shm/mpich_shar_tmptxldsL (deleted)
2b922bc1d000-2b922bc5e000 rwxs 00000000 00:13 702018                   /dev/shm/mpich_shar_tmp1Co4sL (deleted)
2b922bc5e000-2b922bc9f000 rwxs 00000000 00:13 702022                   /dev/shm/mpich_shar_tmpAIzTsL (deleted)
2b922c000000-2b922c021000 rwxp 2b922c000000 00:00 0
2b922c021000-2b9230000000 ---p 2b922c021000 00:00 0
7fff1db64000-7fff1f0fc000 rwxp 7ffffea67000 00:00 0                   [stack]
ffffffffff600000-ffffffffffe00000 ---p 00000000 00:00 0                [vdso]
forrtl: error (76): Abort trap signal
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1樓 2013-11-11 15:55:55

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zuocuiping

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identation: 金幣+1, 謝謝交流 2013-11-12 13:54:16

那就預(yù)先把內(nèi)存設(shè)大點(diǎn)

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2樓2013-11-12 10:06:47

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ljzhou86

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2樓: Originally posted by zuocuiping at 2013-11-12 10:06:47
那就預(yù)先把內(nèi)存設(shè)大點(diǎn)

我的實(shí)際內(nèi)存很大，單個(gè)節(jié)點(diǎn)都達(dá)到128G。預(yù)先設(shè)置大點(diǎn)，要怎么設(shè)置？謝謝

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3樓2013-11-12 16:09:48

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hakuna

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identation: 金幣+1, 謝謝交流 2013-11-15 09:44:02

1. LELF = .TRUE.
2.編譯時(shí)時(shí)不要做那么高的優(yōu)化，把O3 改成O2試試看，O3會(huì)存在許多莫名其妙的問題
供參考

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4樓2013-11-12 17:57:10

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zuocuiping

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identation: 金幣+1, 謝謝交流 2013-11-15 09:44:11

引用回帖:

3樓: Originally posted by ljzhou86 at 2013-11-12 16:09:48
我的實(shí)際內(nèi)存很大，單個(gè)節(jié)點(diǎn)都達(dá)到128G。預(yù)先設(shè)置大點(diǎn)，要怎么設(shè)置？謝謝...

我不知道你用的是單機(jī)還是機(jī)群
如果機(jī)群就好辦
就在腳本里設(shè)大點(diǎn)
如果是單機(jī)
我沒用過
不知道怎么設(shè)置

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5樓2013-11-12 18:04:14

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引用回帖:

5樓: Originally posted by zuocuiping at 2013-11-12 18:04:14
我不知道你用的是單機(jī)還是機(jī)群
如果機(jī)群就好辦
就在腳本里設(shè)大點(diǎn)
如果是單機(jī)
我沒用過
不知道怎么設(shè)置...

就單機(jī)，機(jī)群沒有遇到這個(gè)問題，就單機(jī)遇到這樣的情況，很奇怪，其他計(jì)算都沒有問題，單單ELCAR這樣，很奇怪

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6樓2013-11-12 19:58:37

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引用回帖:

4樓: Originally posted by hakuna at 2013-11-12 17:57:10
1. LELF = .TRUE.
2.編譯時(shí)時(shí)不要做那么高的優(yōu)化，把O3 改成O2試試看，O3會(huì)存在許多莫名其妙的問題
供參考

這個(gè)O3和O2是什么
在哪里呢？謝謝

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7樓2013-11-14 20:38:35

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引用回帖:

7樓: Originally posted by zuocuiping at 2013-11-14 20:38:35
這個(gè)O3和O2是什么
在哪里呢？謝謝...

makefile里

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8樓2013-11-15 08:46:33

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樓主怎么解決的？我也出現(xiàn)了同樣的問題

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9樓2015-05-04 09:02:38

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引用回帖:

9樓: Originally posted by sungjen at 2015-05-04 09:02:38
樓主怎么解決的？我也出現(xiàn)了同樣的問題

編譯用的是openmpi，為什么運(yùn)行時(shí)候調(diào)用的是mpich2？這個(gè)錯(cuò)誤是一致的嗎？

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10樓2015-05-08 08:34:51

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