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[資源]
microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫和識別軟件資源大全
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以下是整理的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫和軟件資源列表，希望對microRNA的研究者有所幫助。 （1）starBase：一個高通量實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解組測序數(shù)據(jù)支持的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的調(diào)控關(guān)系。整合和構(gòu)建多個流行的靶標(biāo)預(yù)測軟件的交集和調(diào)控關(guān)系。最新版本發(fā)布時間：2013年11月。 網(wǎng)址：http://starbase.sysu.edu.cn/ （2）miRbase：眾所周知的microRNA基因注釋數(shù)據(jù)庫。目前miRBase只提供了microRNA的靶標(biāo)的預(yù)測軟件的鏈接（如：PicTar）。最新版本發(fā)布時間：2010年9月。網(wǎng)址：http://mirbase.org/index.shtml （3）ChIPBase: 整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的數(shù)據(jù)探討microRNA的轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，構(gòu)建轉(zhuǎn)錄因子->microRNA->靶標(biāo)的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。最新版本發(fā)布時間：2012年11月。網(wǎng)址：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/ （4）Tarbase：一個收集已被實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫。最新版本發(fā)布時間：2009年1月（v5）。網(wǎng)址：http://microrna.gr/tarbase/ （5）miRecords：一個整合的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫。整合多個靶標(biāo)預(yù)測軟件的調(diào)控關(guān)系。最新版本發(fā)布時間：2010年11月。網(wǎng)址：http://mirecords.biolead.org/ （6）targetScan: 基于靶mRNA序列的進(jìn)化保守等特征搜尋動物的microRNA靶基因。是預(yù)測microRNA靶標(biāo)假陽性率較低的軟件。而且是microRNA領(lǐng)域大牛Bartel實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的。最新版本發(fā)布時間：2009年4月（v5.1）. 網(wǎng)址：http://www.targetscan.org/ （7）PicTar：基于microRNA或microRNA靶標(biāo)聯(lián)合作用等特征開發(fā)的搜尋動物的microRNA靶基因。假陽性率也較低。是microRNA領(lǐng)域大牛Rajewsky實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的。最新版本發(fā)布時間：2007年3月。網(wǎng)址：http://pictar.mdc-berlin.de/ （8）PITA：基于靶位點(diǎn)的可接性（target-site accessibility）和自由能預(yù)測microRNA的靶標(biāo)。是著名的生物信息學(xué)家Segal實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的。最新版本發(fā)布時間：2008年8月。網(wǎng)址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html （9）RNA22：基于序列特征預(yù)測microRNA的結(jié)合位點(diǎn)。是幾個流行的microRNA靶標(biāo)預(yù)測軟件的其中一個。IBM公司的研究團(tuán)隊(duì)開發(fā)的。最新版本發(fā)布時間：2007年。網(wǎng)址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html （10）miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌癥研究中心的研究人員開發(fā)的軟件和數(shù)據(jù)庫。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本發(fā)布時間：2010年8月。網(wǎng)址：http://www.microrna.org/microrna/home.do （11）MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫。最新版本發(fā)布時間：2010年8月。網(wǎng)址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/ （12）miRTarBase：整合實(shí)驗(yàn)證實(shí)的microRNA靶標(biāo)的數(shù)據(jù)庫。最新版本發(fā)布時間：2010年10月。網(wǎng)址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html （13）miRGator v2.0：整合microRNA表達(dá)、靶標(biāo)和疾病相關(guān)信息的數(shù)據(jù)庫。最新版本發(fā)布時間：2010年11月。網(wǎng)址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/ （14）MiRNAMap:動物的microRNA基因及其靶標(biāo)的數(shù)據(jù)庫。最新版本發(fā)布時間：2008年1月。網(wǎng)址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/ （15）miRDB: 動物microRNA靶標(biāo)預(yù)測和功能注釋數(shù)據(jù)庫。最新版本發(fā)布時間：2010年8月。網(wǎng)址：http://mirdb.org/miRDB/ （16）RNAhybrid：一個基于miRNA-target配對自由能預(yù)測microRNA的靶標(biāo)。最新版本發(fā)布時間：v2.1。網(wǎng)址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/ （17）miRGen：microRNA基因和microRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫。最新版本發(fā)布時間：2007年1月。網(wǎng)址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html [ Last edited by yjhua2110 on 2013-11-14 at 10:48 ] |
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