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我愛開組會(huì)金蟲 (小有名氣)
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[求助]
【求助】有關(guān)Decovolution在質(zhì)譜譜圖分析中的解釋
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本人新手，剛剛在看文獻(xiàn)做ppt，求助內(nèi)容如題如下： Sheath liquids consisting of aqueous ammonium acetate solution with methanol as organic modifier were found to exhibit the best results for stable electrospray. The results of CE–TOF-MS analysis of Mb are illustrated in Fig. 2. 【圖見附件】   Fig. 2. Results from CE–TOF-MS experiments of myoglobin (Mb) under non-denaturating conditions (running buffer 50 mM ammonium acetate pH 8.3, sheath liquid 10 mM ammonium acetate pH 6.8–methanol, 50:50, v/v); details are given in the Experimental section. (A) Extracted ion electropherogram (XIE) of Mb (1.7 pmol injected); (B) extracted mass spectrum of peak at 8.9 min. Charge-state distributions of Mb (○ and ●) and apoMb (▴  . (C) Deconvoluted mass spectrum of (B) indicates intact Mb (Mr～17 567) and to a lower abundance apoMb (Mr～16 952).The electropherogram (Fig. 2A) shows that the migration of Mb from the capillary was completed within 10 min. The peak at 8.9 min led to the extracted mass spectrum shown in Fig. 2B. It exhibits two charge-state distributions of Mb containing the prosthetic heme group. These two groups of charge-states are attributed to a more “native-like” (○) and a more unfolded (●) conformation of Mb, respectively. The signal labelled with ▴ and the signal at m/z 616.1 (heme group) indicates the partial dissociation of the Mb complex. This was clearly revealed by the corresponding mass deconvolution (Fig. 2C) showing a dominant signal for Mb and at a lower signal intensity for apoMb. Probably, one reason for partial dissociation of Mb was the amount of methanol added to the sheath liquid, since methanol is known to affect protein conformation. 【求助問題】： 上述文獻(xiàn)中的 (C) Deconvoluted mass spectrum of (B) indicates intact Mb (Mr～17 567) and to a lower abundance apoMb (Mr～16 952). 中的 Deconvoluted 是什么意思，我在網(wǎng)上查的是 Deconvoluted 說是“去卷積or解卷積” ，然后在 儀器信息網(wǎng)上 找到有2種解答：【1】可以將嚴(yán)重重疊的譜帶分開的一種方法，提高分辨率；對(duì)于需要辨別重疊峰的相對(duì)積分值時(shí), 時(shí)常需要利用軟件去卷積的功能來完成； 【2】去卷積是一種新的信號(hào)處理方法,在大信噪比條件下,它可以獲得很高的測(cè)向精度和遠(yuǎn)小于天線波束寬度的方位分辨率�！�3】在小木蟲中某處的解釋：在質(zhì)譜中，charge deconvolution指的是多電荷離子變?yōu)閱坞姾呻x子的計(jì)算方法。比如你得到一個(gè)myoglobin的ESI譜，里面有很多的峰，這些都是不同電荷數(shù)目的myoglobin。經(jīng)過charge deconvolution只后，這張譜圖上只剩下寥寥幾個(gè)峰，都是單電荷的離子。這種去卷積質(zhì)譜圖一般用于蛋白的分析，將多電荷峰去卷積，得到單電荷峰，從而可以得到蛋白的分子量。 請(qǐng)問：“Deconvoluted” or “Decovolution” 在質(zhì)譜譜圖中的意思到底是什么？ 另外如果是【3】的意思，那么【3】中意思是 1).將多電荷峰去卷積，得到單電荷峰; 還是 2).把多電荷蛋白峰變成0電荷的峰，因此只有一個(gè)peak,橫坐標(biāo)對(duì)應(yīng)于蛋白的分子量。 【即 是將多電荷峰變?yōu)閱坞姾煞�，還是變?yōu)?電荷峰？】 Fig2ab.gif Fig2c.gif |
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銀蟲 (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
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我愛開組會(huì): 金幣+9, ★★★★★最佳答案, 大神！ 謝謝 2013-11-19 13:38:42
xinmor: 博學(xué)EPI+1, 歡迎應(yīng)助 2013-11-30 08:22:46
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xinmor: 博學(xué)EPI+1, 歡迎應(yīng)助 2013-11-30 08:22:46
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樓主，你好，可以翻譯成去卷積（儀器公司的工程師一般也這么說），意思就是你說的【3】。我來詳細(xì)解釋一下。 1，分子量為M的蛋白質(zhì)在電噴霧條件下一般是帶多電荷的，比[M+7H]7+，[M+8H]8+...[M+12H]12+，等； 2，那么這個(gè)時(shí)候就有一個(gè)問題，蛋白質(zhì)的分子量M到底是多少?這個(gè)時(shí)候就需要去卷積了，根據(jù)具體的多電荷的質(zhì)譜峰對(duì)應(yīng)的m/z的值，就可以反推回M的值（數(shù)學(xué)過程是解二元一次方程組的過程，具體推導(dǎo)過程可以找本書看一下，很簡(jiǎn)單）； 3，針對(duì)你實(shí)際貼出來的這個(gè)圖，fig （a）與你的問題沒有任何關(guān)系。fig （b）是電噴霧實(shí)際得到的結(jié)果，請(qǐng)注意：legends里專門說了同一個(gè)蛋白質(zhì)有兩組峰，即 more “native-like” (○) ，表示更接近蛋白變性程度相對(duì)較輕，也就是說帶的電荷更少；and a more unfolded (●) conformation，表示蛋白變性程度更多，這種情況下蛋白帶的電荷會(huì)更多。使用上述任何一組數(shù)據(jù)都可以通過去卷積過程得到蛋白質(zhì)的分子量，也就是fig （c）的情況。 4，換一種說法，fig （c）不是電噴霧直接得到的數(shù)據(jù)，而是通過程序的數(shù)學(xué)計(jì)算之后得到的結(jié)果。 5，實(shí)際上在電噴霧發(fā)展的早期（90年代），去卷積功能都是人工算的；無非是后來技術(shù)成熟了，就內(nèi)嵌到程序里了。 6，建議樓主仔細(xì)看下這兩個(gè)方向：（1）MS based proteomics；（2）application of ESI，（3）儀器的說明書（不要小看他）；書和綜述都很多。Mann在2003年前后的nature或者science上有個(gè)很基礎(chǔ)的綜述，引用次數(shù)應(yīng)該接近3000次了，推薦你看一下，按照（1）的關(guān)鍵詞就可以找到。 |
3樓2013-11-18 23:51:13
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我愛開組會(huì): 金幣+1, 博學(xué)EPI+1, ★有幫助, 我只是在qq上問了我們導(dǎo)師，導(dǎo)師給我的是第三種解釋。我還想看看有沒有其他的回答。我沒問之前也是認(rèn)為是第二個(gè)解釋。但是你看圖c和圖b，c中的17567峰在圖b上看不到明顯的峰啊只有一個(gè)1760.1。 后來我又想了一個(gè)進(jìn)一步的解釋：是不是把譜圖中所有多電荷蛋白峰擬合成不帶電荷的被ESI離子源打碎前的原有蛋白峰？ 2013-11-17 08:24:05
xinmor: 博學(xué)EPI-1, epi收回發(fā)給最佳答案 2013-11-30 08:22:34
我愛開組會(huì): 金幣+1, 博學(xué)EPI+1, ★有幫助, 我只是在qq上問了我們導(dǎo)師，導(dǎo)師給我的是第三種解釋。我還想看看有沒有其他的回答。我沒問之前也是認(rèn)為是第二個(gè)解釋。但是你看圖c和圖b，c中的17567峰在圖b上看不到明顯的峰啊只有一個(gè)1760.1。 后來我又想了一個(gè)進(jìn)一步的解釋：是不是把譜圖中所有多電荷蛋白峰擬合成不帶電荷的被ESI離子源打碎前的原有蛋白峰？ 2013-11-17 08:24:05
xinmor: 博學(xué)EPI-1, epi收回發(fā)給最佳答案 2013-11-30 08:22:34
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2樓2013-11-16 22:50:19
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