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[求助]
【求助求助】有關(guān)md.mdp文件的設(shè)置問題~~~
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我想模擬淀粉老化的過程，分為三個過程： 1.先從293k--373k 1ps 2.再373k 1ps 3.最后373k--277k 15ps 這三個溫度設(shè)置是放在一個md.mdp文件里？還是放在三個md.mdp文件里？然后連續(xù)分子模擬三次？ 該如何設(shè)置呢？ 這樣： tau_t = 1 1 ；熱浴時間常數(shù)（ps） ref_t = 293 373 ；熱浴的參考溫度 tau_t = 1 1 ；熱浴時間常數(shù)（ps） ref_t = 373 373 ；熱浴的參考溫度 tau_t = 15 15 ；熱浴時間常數(shù)（ps） ref_t = 373 277 ；熱浴的參考溫度 我這樣設(shè)置對么？求高人指教�。。。�！ 再加一個問題： 我想模擬含量5%的直鏈淀粉溶液，已知盒子大小為472nm3，我模擬的是10個葡萄糖單元的直鏈淀粉，已知分子量是1638g/mol，不知道密度，這該怎么計算啊？ |
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3樓2013-11-22 17:21:53
yaozhq
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lz設(shè)置的完全不對 說明你沒有理解清楚這些參數(shù)的意思 你最好看看手冊的Simulated annealing 和Temperature coupling 兩部分內(nèi)容 先看概念 再看設(shè)置 http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=30487 http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=16694 給你兩個參考 |
2樓2013-11-22 10:03:35
4樓2013-11-23 11:15:18
yaozhq
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5樓2013-11-25 17:35:11
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