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些小銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
請(qǐng)教freq=readisotopes計(jì)算同位素效應(yīng)的輸入文件設(shè)置?
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用高斯03計(jì)算同位素效應(yīng)。 計(jì)算CH2=CH-CH2-CD3 輸入關(guān)鍵詞freq=readisotopes. 下面分子坐標(biāo)后加溫度壓強(qiáng),再加原子量。 總是出錯(cuò),顯示failed to get reasonable mass for atom 1 atomic number 6。 我再三核對(duì)了輸入文件的元素順序應(yīng)該沒(méi)有錯(cuò)。 輸入文件的順序?yàn)?br /> c c 1 c 2 c 3 H 1 H 1 H 2 H 3 H 3 H 4 H 4 H 4 我后面定義原子數(shù)的時(shí)候?qū)懙娜缦?br /> 12 12 12 12 1 1 1 1 1 2 2 2 計(jì)算就總是出錯(cuò)。翻看舊帖。有人說(shuō)readisotopes的關(guān)鍵詞如果只是定義壓強(qiáng)和溫度已經(jīng)廢棄不用。但是我要算同位素效應(yīng)。請(qǐng)各位指教。 另外如果我把readisotopes的關(guān)鍵詞去掉,只是在后面寫上 12 12 12 12 1 1 1 1 1 2 2 2 計(jì)算可以通過(guò)。但是freq結(jié)果和沒(méi)有定義D用H時(shí)是一樣的。翻開(kāi)舊帖應(yīng)該是freq結(jié)果有區(qū)別。 所以請(qǐng)教如何定義同位素。 |
Materials Modeling |
銅蟲 (初入文壇)
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-------------------------------------------------------------------------------------- # freq=(noraman,readisotopes) ub3lyp/6-31++G(d,p) opt Title Card Required 1 2 O 4.53438900 -2.22112600 0.11517600 H 0.00000000 0.00000000 0.00000000 298.15,1.0 16 2 ---------------------------------- 溫度和壓強(qiáng)應(yīng)該按照上面的那種格式來(lái)輸入,如果還是不正確的話你換做笛卡爾坐標(biāo)試試~ |

至尊木蟲 (著名寫手)
我叫MT
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1、readisotopes不是不可以用,但是屬于已被廢棄,不建議使用。如果你依然喜歡用,還是可以用的,包括你算同位素效應(yīng),用法不變。 2、新的使用方法(其實(shí)已經(jīng)不新了),除了溫度、壓強(qiáng)新增了關(guān)鍵字,對(duì)于同位素則更簡(jiǎn)單,就是在你寫坐標(biāo)的時(shí)候,在相應(yīng)的元素名稱后面寫上(iso=n)即可,舉例而言: #p hf/3-21g freq title 0 1 O(iso=17) 0.0 0.0 0.0 H 1.0 0.0 0.0 H(iso=2) 0.0 0.0 1.0 ========== iso后面可以接兩種格式的數(shù)據(jù),如果是實(shí)數(shù),則嚴(yán)格按照你輸入的數(shù)據(jù)執(zhí)行,比如,你寫(iso=17.000),那么計(jì)算的時(shí)候O同位素就采用17.000,如果你寫的是整數(shù),比如上面的例子,那么O同位素采用的是實(shí)際相應(yīng)的精確同位素質(zhì)量17O(16.99913),2H(2.01410), 同時(shí)你沒(méi)有特別說(shuō)明的那個(gè)H,則自動(dòng)采用1H的精確質(zhì)量(1.00783),我這么解釋,你清楚了沒(méi)? |

銅蟲 (初入文壇)
至尊木蟲 (著名寫手)
我叫MT

銅蟲 (初入文壇)
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你好。我回去詳細(xì)看了一下輸入文件和out文件以及chk文件。在out文件中熱力學(xué)數(shù)據(jù)是不一樣。但是freq的數(shù)據(jù)基本沒(méi)差別,用高斯view看chk文件,IR的圖譜是一樣的。 輸入文件為: H的 %chk=1-butene-skew-C1-b3lyp 5 freq-1.chk %mem=6MW %nproc=1 #p freq=(raman,vcd) b3lyp geom=connectivity aug-cc-pvtz Title Card Required 0 1 C C 1 B1 C 2 B2 1 A1 C 3 B3 2 A2 1 D1 H 1 B4 2 A3 3 D2 H 1 B5 2 A4 3 D3 H 2 B6 1 A5 3 D4 H 3 B7 2 A6 1 D5 H 3 B8 2 A7 1 D6 H 4 B9 3 A8 2 D7 H 4 B10 3 A9 2 D8 H 4 B11 3 A10 2 D9 B1 1.32732166 B2 1.49908828 B3 1.53392413 B4 1.08175755 B5 1.08382230 B6 1.08737229 B7 1.09221111 B8 1.09510683 B9 1.09158404 B10 1.09069104 B11 1.09060736 A1 125.50458339 A2 112.86482817 A3 121.69352147 A4 121.53949364 A5 118.78096588 A6 109.51696512 A7 108.99690200 A8 111.14854496 A9 110.97847634 A10 110.96806107 D1 120.15102802 D2 -179.67117422 D3 0.45166366 D4 179.35667563 D5 -2.72455443 D6 -119.02505515 D7 57.96819542 D8 177.86632852 D9 -61.86141506 1 2 2.0 5 1.0 6 1.0 2 3 1.0 7 1.0 3 4 1.0 8 1.0 9 1.0 4 10 1.0 11 1.0 12 1.0 5 6 7 8 9 10 11 12 D的: %chk=1-butene-skew-C1-b3lyp 5D freq-4.chk %mem=6MW %nproc=1 #p freq=(raman,vcd) b3lyp geom=connectivity aug-cc-pvtz Title Card Required 0 1 C C 1 B1 C 2 B2 1 A1 C 3 B3 2 A2 1 D1 H 1 B4 2 A3 3 D2 H 1 B5 2 A4 3 D3 H 2 B6 1 A5 3 D4 H 3 B7 2 A6 1 D5 H 3 B8 2 A7 1 D6 H(iso=2) 4 B9 3 A8 2 D7 H(iso=2) 4 B10 3 A9 2 D8 H(iso=2) 4 B11 3 A10 2 D9 B1 1.32732166 B2 1.49908828 B3 1.53392413 B4 1.08175755 B5 1.08382230 B6 1.08737229 B7 1.09221111 B8 1.09510683 B9 1.09158404 B10 1.09069104 B11 1.09060736 A1 125.50458339 A2 112.86482817 A3 121.69352147 A4 121.53949364 A5 118.78096588 A6 109.51696512 A7 108.99690200 A8 111.14854496 A9 110.97847634 A10 110.96806107 D1 120.15102802 D2 -179.67117422 D3 0.45166366 D4 179.35667563 D5 -2.72455443 D6 -119.02505515 D7 57.96819542 D8 177.86632852 D9 -61.86141506 1 2 2.0 5 1.0 6 1.0 2 3 1.0 7 1.0 3 4 1.0 8 1.0 9 1.0 4 10 1.0 11 1.0 12 1.0 5 6 7 8 9 10 11 12 |
銅蟲 (初入文壇)
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out文件,H的 1 2 3 A A A Frequencies -- 107.9189 229.0536 316.3839 Red. masses -- 2.2443 1.0865 1.7965 Frc consts -- 0.0154 0.0336 0.1059 IR Inten -- 0.0755 0.0338 0.5647 Raman Activ -- 2.4488 0.2031 1.0917 Depolar (P) -- 0.7469 0.5933 0.6741 Depolar (U) -- 0.8551 0.7448 0.8053 Dip. str. -- 2.7925 0.5878 7.1207 Rot. str. -- 2.1783 0.8933 7.3278 Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 6 0.11 0.07 0.14 0.02 -0.04 0.03 -0.03 -0.06 0.00 2 6 -0.02 -0.07 -0.16 -0.01 0.03 0.00 -0.10 0.05 -0.08 3 6 0.02 -0.01 -0.13 -0.01 0.03 -0.04 -0.03 0.14 0.06 4 6 -0.11 0.00 0.12 -0.01 -0.02 0.01 0.14 -0.07 0.02 5 1 0.09 0.04 0.16 0.00 -0.07 0.10 -0.21 -0.32 -0.17 6 1 0.24 0.22 0.40 0.08 -0.08 -0.03 0.23 0.08 0.27 7 1 -0.14 -0.21 -0.40 -0.05 0.06 0.04 -0.30 -0.12 -0.37 8 1 0.01 -0.08 -0.24 -0.03 0.02 -0.07 -0.09 0.17 0.09 9 1 0.16 0.11 -0.13 0.01 0.05 -0.04 -0.04 0.05 0.08 10 1 -0.12 0.10 0.28 0.39 -0.28 -0.29 0.27 -0.05 0.11 11 1 -0.05 0.08 0.14 -0.15 -0.25 0.52 0.01 -0.26 -0.16 12 1 -0.26 -0.17 0.13 -0.25 0.43 -0.15 0.32 -0.17 0.08 4 5 6 A A A Frequencies -- 433.8649 655.0954 797.7666 Red. masses -- 1.9889 1.4739 1.1804 Frc consts -- 0.2206 0.3727 0.4426 IR Inten -- 0.8169 10.5978 3.0404 Raman Activ -- 3.5337 2.0634 0.3315 Depolar (P) -- 0.2276 0.1444 0.6850 Depolar (U) -- 0.3708 0.2524 0.8131 Dip. str. -- 7.5114 64.5383 15.2041 Rot. str. -- -5.1765 3.4859 -11.4390 Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 6 0.16 -0.07 -0.01 0.04 -0.01 -0.03 0.02 0.01 -0.01 2 6 0.05 0.15 -0.08 0.09 0.07 0.14 -0.01 -0.02 -0.05 3 6 -0.10 -0.03 0.06 -0.01 -0.01 0.01 -0.04 -0.01 0.09 4 6 -0.11 -0.02 -0.01 -0.08 -0.03 -0.03 -0.02 -0.01 0.04 5 1 0.02 -0.24 0.26 -0.16 -0.33 -0.58 0.03 0.03 0.16 6 1 0.46 -0.21 -0.18 0.17 0.20 0.32 0.10 -0.04 -0.07 7 1 0.09 0.21 0.03 0.01 -0.16 -0.24 0.11 0.00 0.00 8 1 -0.31 0.16 0.30 0.00 -0.14 -0.20 -0.06 -0.27 -0.36 9 1 -0.08 -0.34 0.16 -0.17 0.23 -0.11 0.20 0.48 0.00 10 1 -0.23 0.02 0.01 -0.17 -0.04 -0.09 -0.19 -0.17 -0.31 11 1 -0.05 0.06 -0.11 -0.01 0.07 0.03 -0.03 -0.01 -0.22 12 1 -0.05 -0.08 0.01 -0.14 0.04 -0.06 0.39 0.28 0.03 7 8 9 A A A Frequencies -- 857.4895 949.9951 991.1691 Red. masses -- 1.9582 1.3317 1.2131 Frc consts -- 0.8483 0.7081 0.7021 IR Inten -- 2.2449 45.7621 1.7501 Raman Activ -- 5.7014 2.9820 0.3115 Depolar (P) -- 0.1011 0.7480 0.7436 Depolar (U) -- 0.1836 0.8558 0.8529 Dip. str. -- 10.4442 192.1729 7.0442 Rot. str. -- 1.9074 0.5579 -7.7826 Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 6 -0.10 0.04 0.01 0.05 0.08 0.14 -0.05 0.07 -0.02 2 6 -0.09 0.12 -0.02 -0.01 -0.02 -0.04 0.00 -0.02 0.01 3 6 0.05 -0.16 -0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 -0.02 0.04 4 6 0.14 -0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 -0.05 0.03 -0.05 5 1 -0.35 -0.28 0.19 -0.20 -0.31 -0.53 -0.29 -0.23 0.29 6 1 0.28 -0.03 -0.03 -0.23 -0.36 -0.60 0.40 -0.07 -0.15 7 1 -0.03 0.09 -0.07 -0.02 -0.03 -0.05 0.34 -0.10 -0.11 8 1 -0.09 -0.18 -0.13 0.00 0.00 0.00 0.44 -0.09 0.04 9 1 0.02 -0.11 -0.06 0.04 0.00 0.01 -0.02 0.11 -0.01 10 1 -0.25 0.01 -0.07 0.00 -0.01 -0.01 0.24 0.06 0.13 11 1 0.43 0.42 0.23 -0.01 -0.01 -0.02 -0.22 -0.23 -0.03 12 1 -0.09 0.15 -0.04 0.03 0.01 0.01 -0.06 -0.18 0.01 10 11 12 A A A Frequencies -- 1019.0447 1034.8243 1095.7551 Red. masses -- 2.1105 1.2017 1.6888 Frc consts -- 1.2913 0.7582 1.1947 IR Inten -- 2.6376 10.2833 4.2834 Raman Activ -- 6.2342 0.9423 5.1019 Depolar (P) -- 0.4923 0.4254 0.2144 Depolar (U) -- 0.6598 0.5969 0.3532 Dip. str. -- 10.3256 39.6437 15.5950 Rot. str. -- -6.5624 15.9803 -8.6996 Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 6 -0.05 0.00 0.03 -0.01 -0.01 -0.01 0.03 0.01 0.01 2 6 -0.04 0.05 -0.04 0.02 0.06 0.06 -0.03 -0.07 -0.08 3 6 0.23 0.06 0.02 0.06 0.03 0.03 0.00 0.11 0.14 4 6 -0.13 -0.12 -0.04 -0.03 -0.06 -0.02 0.05 -0.10 -0.08 5 1 -0.13 -0.11 -0.13 0.13 0.21 0.32 0.05 0.04 0.03 6 1 -0.03 0.11 0.21 -0.17 -0.20 -0.33 0.02 -0.01 -0.03 7 1 -0.13 0.29 0.35 -0.31 -0.34 -0.61 0.16 0.08 0.19 8 1 0.13 0.13 0.10 0.05 0.05 0.04 0.08 -0.03 -0.08 9 1 0.55 -0.12 0.16 0.04 0.05 0.02 -0.39 0.32 -0.03 10 1 -0.29 -0.19 -0.21 -0.16 -0.05 -0.06 -0.24 0.07 0.10 11 1 -0.07 -0.02 -0.14 0.05 0.06 0.02 0.28 0.26 0.31 12 1 -0.03 0.02 -0.06 -0.10 0.00 -0.05 -0.49 -0.12 -0.17 13 14 15 A A A Frequencies -- 1201.4542 1292.2905 1323.7390 Red. masses -- 1.9183 1.1715 1.2593 Frc consts -- 1.6315 1.1527 1.3001 IR Inten -- 0.3313 0.1565 0.9238 Raman Activ -- 0.9939 8.8889 20.6619 Depolar (P) -- 0.7348 0.4826 0.2762 Depolar (U) -- 0.8471 0.6510 0.4328 Dip. str. -- 1.1001 0.4832 2.7841 Rot. str. -- 2.8983 2.0617 -7.3523 Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 6 0.05 -0.07 0.02 0.03 -0.01 0.00 -0.03 -0.08 0.06 2 6 -0.07 0.15 -0.06 -0.04 0.03 -0.03 0.00 0.08 -0.03 3 6 0.01 -0.15 0.11 0.02 -0.01 -0.03 -0.04 0.02 -0.03 4 6 -0.01 0.06 -0.08 -0.03 -0.03 0.08 0.01 -0.03 0.00 5 1 0.23 0.17 -0.18 0.10 0.08 -0.07 0.01 -0.01 -0.01 6 1 -0.31 0.03 0.09 -0.01 0.00 0.00 -0.38 0.01 0.15 7 1 -0.31 0.20 0.00 -0.03 0.07 0.02 0.80 -0.09 -0.25 8 1 0.31 -0.36 -0.15 0.62 0.02 0.19 0.16 0.06 0.08 9 1 0.11 0.21 0.03 -0.59 -0.07 -0.17 0.22 0.00 0.04 10 1 0.29 0.15 0.19 -0.10 -0.15 -0.15 -0.03 0.00 0.02 11 1 -0.13 -0.14 0.11 0.03 0.06 -0.13 0.07 0.07 0.01 12 1 -0.09 -0.24 -0.01 0.20 0.18 0.07 -0.02 0.06 -0.02 16 17 18 A A A Frequencies -- 1346.9082 1409.3805 1459.2277 Red. masses -- 1.3933 1.2179 1.1797 Frc consts -- 1.4893 1.4253 1.4801 IR Inten -- 2.6083 1.6808 1.7680 Raman Activ -- 1.9797 1.5702 13.6743 Depolar (P) -- 0.3933 0.2485 0.3362 Depolar (U) -- 0.5646 0.3981 0.5032 Dip. str. -- 7.7256 4.7577 4.8336 Rot. str. -- -0.6517 -0.3995 -5.9280 Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 6 -0.03 -0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 -0.03 -0.02 0.02 2 6 0.02 0.02 -0.05 0.01 0.01 -0.01 -0.10 0.01 0.03 3 6 0.16 -0.02 0.04 -0.01 -0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 4 6 -0.05 0.05 0.01 0.11 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 5 1 -0.09 -0.08 0.13 -0.03 -0.04 0.03 0.35 0.43 -0.38 6 1 -0.27 0.01 0.06 -0.07 0.02 0.03 0.54 -0.15 -0.12 7 1 0.21 0.00 -0.08 0.00 0.02 0.00 0.27 -0.07 -0.07 8 1 -0.57 -0.02 -0.19 0.04 0.01 0.04 -0.12 -0.09 -0.20 9 1 -0.59 -0.03 -0.15 -0.01 0.02 -0.01 0.00 -0.22 0.06 10 1 0.14 -0.03 -0.05 -0.45 -0.09 -0.36 0.00 -0.02 -0.06 11 1 -0.13 -0.08 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Rotational temperatures (Kelvin) 1.10034 0.19875 0.19410 Rotational constants (GHZ): 22.92746 4.14131 4.04433 Zero-point vibrational energy 283580.5 (Joules/Mol) 67.77737 (Kcal/Mol) Warning -- explicit consideration of 4 degrees of freedom as vibrations may cause significant error Vibrational temperatures: 155.27 329.56 455.21 624.23 942.54 (Kelvin) 1147.81 1233.73 1366.83 1426.07 1466.18 1488.88 1576.55 1728.62 1859.32 1904.56 1937.90 2027.78 2099.50 2134.05 2155.10 2167.88 2451.24 4320.41 4352.51 4382.28 4439.05 4448.30 4477.20 4499.73 4615.43 Zero-point correction= 0.108010 (Hartree/Particle) Thermal correction to Energy= 0.113283 Thermal correction to Enthalpy= 0.114228 Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.080507 Sum of electronic and zero-point Energies= -157.177728 Sum of electronic and thermal Energies= -157.172455 Sum of electronic and thermal Enthalpies= -157.171511 Sum of electronic and thermal Free Energies= -157.205231 |
銅蟲 (初入文壇)
|
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0.38 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 12 1 -0.13 0.17 0.69 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.01 28 29 30 A A A Frequencies -- 3111.5655 3127.4660 3207.8878 Red. masses -- 1.0837 1.0648 1.1151 Frc consts -- 6.1816 6.1363 6.7606 IR Inten -- 23.4625 5.2602 16.4060 Raman Activ -- 46.7003 147.9138 74.3434 Depolar (P) -- 0.4008 0.1058 0.6092 Depolar (U) -- 0.5722 0.1913 0.7571 Dip. str. -- 30.0817 6.7099 20.4028 Rot. str. -- 0.3904 0.6782 -1.8568 Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 6 -0.01 0.00 0.00 -0.05 -0.03 0.04 -0.05 0.08 -0.03 2 6 -0.01 -0.07 0.04 0.01 0.02 -0.01 0.00 0.01 -0.01 3 6 0.00 -0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 4 6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 5 1 0.18 -0.14 0.01 0.45 -0.34 0.04 0.64 -0.47 0.04 6 1 0.01 0.10 -0.06 0.06 0.67 -0.42 -0.06 -0.49 0.32 7 1 0.04 0.81 -0.50 -0.01 -0.18 0.11 -0.01 -0.10 0.06 8 1 0.02 0.10 -0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.01 0.01 9 1 0.02 -0.02 -0.05 -0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 10 1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 11 1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 12 1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 ------------------- - Thermochemistry - ------------------- Temperature 298.150 Kelvin. Pressure 1.00000 Atm. Atom 1 has atomic number 6 and mass 12.00000 Atom 2 has atomic number 6 and mass 12.00000 Atom 3 has atomic number 6 and mass 12.00000 Atom 4 has atomic number 6 and mass 12.00000 Atom 5 has atomic number 1 and mass 1.00783 Atom 6 has atomic number 1 and mass 1.00783 Atom 7 has atomic number 1 and mass 1.00783 Atom 8 has atomic number 1 and mass 1.00783 Atom 9 has atomic number 1 and mass 1.00783 Atom 10 has atomic number 1 and mass 2.01410 Atom 11 has atomic number 1 and mass 2.01410 Atom 12 has atomic number 1 and mass 2.01410 Molecular mass: 59.08143 amu. Principal axes and moments of inertia in atomic units: 1 2 3 EIGENVALUES -- 91.40846 487.98482 498.93416 X 0.99961 -0.02287 -0.01597 Y 0.01614 0.94117 -0.33754 Z 0.02275 0.33715 0.94118 This molecule is an asymmetric top. Rotational symmetry number 1. Rotational temperatures (Kelvin) 0.94755 0.17749 0.17360 Rotational constants (GHZ): 19.74370 3.69836 3.61719 Zero-point vibrational energy 258423.3 (Joules/Mol) 61.76464 (Kcal/Mol) Warning -- explicit consideration of 4 degrees of freedom as vibrations may cause significant error Vibrational temperatures: 147.87 244.85 422.02 615.37 917.91 (Kelvin) 966.15 1068.02 1341.88 1366.13 1384.75 1439.84 1495.38 1550.85 1556.62 1622.16 1675.48 1823.00 1901.09 1924.93 2098.57 2140.93 2451.01 3126.00 3285.55 3294.97 4321.73 4387.22 4476.84 4499.72 4615.43 Zero-point correction= 0.098428 (Hartree/Particle) Thermal correction to Energy= 0.104018 Thermal correction to Enthalpy= 0.104962 Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.070383 Sum of electronic and zero-point Energies= -157.187310 Sum of electronic and thermal Energies= -157.181720 Sum of electronic and thermal Enthalpies= -157.180776 Sum of electronic and thermal Free Energies= -157.215355 |
銅蟲 (初入文壇)
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