南墻2014

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[交流] 【求助】ICSD導(dǎo)出cif中沒有氫原子坐標(biāo)

我的FINDIT是2009，其中導(dǎo)出一個文件中沒有氫原子坐標(biāo)，用MS打開也沒有顯示H。詳細(xì)信息如下：
1.其中有兩個氧原子坐標(biāo)后面均標(biāo)有H1，請問這是表示什么？
2.有沒有別的途徑得到最新的CIF文件
3.遇到這樣情況下面計算應(yīng)該怎么進(jìn)行，大家有沒有經(jīng)驗可以參考
金幣不多，希望大家多多幫忙交流探討。

Position of 8 Elements of H Are Undetermined.
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Bi 1  +3 4 e 0.53563(6)  0.15689(3)  0.40586(8)    1.       0             0
Bi 2  +3 4 e 0.18997(7)  0.13397(3)  0.71429(9)    1.       0             0
S 1  +6 4 e 0.8745(5) 0.1331(2) 0.0993(6)    1.          0                0
O 1  -2 4 e 0.3898(11)  0.2317(6) 0.6500(15)    1.       0       0.011(1)
O 2  -2 4 e 0.3254(12)  0.0522(6) 0.4997(16)    1.       H1    0.012(2)
O 3  -2 4 e 0.3966(13)  0.0752(7) 0.0378(17)    1.       H1    0.015(2)
O 4  -2 4 e 0.7364(13)  0.2028(7) 0.1239(18)    1.       0       0.020(2)

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1樓 2013-12-03 17:32:14

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souledge

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ben_ladeng: 金幣+1, 專家考核 2013-12-05 21:02:51

Position of 8 Elements of H Are Undetermined.
如果是類似于水合物的形式，考慮到水分子可能會有轉(zhuǎn)動，H的位置基本不會非常固定。可以以給出的CIF為基礎(chǔ)建模，然后根據(jù)CIF中指出的哪些O原子是與H結(jié)合形成水分子的，手動在附近添加H原子。然后通過Geo Opt來找到比較合適的H原子位置即可。

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22樓2013-12-03 23:42:33

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fzx2008

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因為實(shí)驗上，H的位置不好測~

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16樓2013-12-03 19:07:37

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16樓: Originally posted by fzx2008 at 2013-12-03 19:07:37
因為實(shí)驗上，H的位置不好測~

那最新的ICSD數(shù)據(jù)庫有沒有可能會更新有H的位置呢，如果一直找不到有H位置的晶胞是不是就不能計算了

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18樓2013-12-03 20:47:14

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fzx2008

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18樓: Originally posted by 南墻2014 at 2013-12-03 20:47:14
那最新的ICSD數(shù)據(jù)庫有沒有可能會更新有H的位置呢，如果一直找不到有H位置的晶胞是不是就不能計算了...

一般可能行也不大

要計算的話需要考慮手動加H，那就有多種構(gòu)型考慮
記得Walsh有篇類似的文章，給JACS上的一個MOF結(jié)構(gòu)手動加H計算的

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19樓2013-12-03 20:51:08

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19樓: Originally posted by fzx2008 at 2013-12-03 20:51:08
一般可能行也不大

要計算的話需要考慮手動加H，那就有多種構(gòu)型考慮
記得Walsh有篇類似的文章，給JACS上的一個MOF結(jié)構(gòu)手動加H計算的...

能不能提供一下具體的DIO號，或者文獻(xiàn)名稱具體一點(diǎn)的信息呀。如果我能找到就最好了，非常感謝

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20樓2013-12-03 22:51:51

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wendy3

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25樓2013-12-04 00:20:20

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muchfan

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26樓2013-12-04 00:20:28

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fakebook

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32樓2013-12-04 04:20:14

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seeforme

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33樓2013-12-04 04:22:25

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linxi5925

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34樓2013-12-04 04:55:31

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mzhyan

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blessing

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35樓2013-12-04 08:02:27

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heibi

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36樓2013-12-04 08:20:15

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22樓: Originally posted by souledge at 2013-12-03 23:42:33
Position of 8 Elements of H Are Undetermined.
如果是類似于水合物的形式，考慮到水分子可能會有轉(zhuǎn)動，H的位置基本不會非常固定。可以以給出的CIF為基礎(chǔ)建模，然后根據(jù)CIF中指出的哪些O原子是與H結(jié)合形成水分子的 ...

我按照方法，Geo Opt以后，O-H鍵長到了理論值，但是各個原子間成鍵的方式?jīng)]有改變，看上去是不合理的。族群由P121/C1變?yōu)镻1，rebu crystal以后變得十分紊亂。按照經(jīng)驗有沒有解決的方式呢？

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43樓2013-12-04 16:22:58

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xiejf24樓

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youngwentao27樓

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Sannv28樓

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cheng二江47樓

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