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陳鬧鐘金蟲 (初入文壇)
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[求助]
vlimit exceeded for step 8367; vmax = 22.4965（amber,MD過程中出現(xiàn)錯(cuò)誤）
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在跑蛋白質(zhì)的AMBER的平衡過程中出現(xiàn)以下的錯(cuò)誤： vlimit exceeded for step 8367; vmax = 22.4965 Coordinate resetting (SHAKE) cannot be accomplished, deviation is too large NITER, NIT, LL, I and J are : 0 2 441 913 914 Note: This is usually a symptom of some deeper problem with the energetics of the system. 輸入文件equi.in，如下： &cntrl imin = 0, irest = 1, ntx = 7, ntb = 2, pres0 = 1.0, ntp = 1, taup = 2.0, cut = 12.0, ntr = 0, ntc = 2, ntf = 2, tempi = 300.0, temp0 = 300.0, ntt = 3, gamma_ln = 1.0, vlimit = 20 , nstlim = 50000, dt = 0.002, ntpr = 1, ntwx = 1, ntwr = 1 / 之前heating，cooling,輸入文件如下： heating.in 如下: &cntrl imin = 0, irest = 0, ntx = 1, ntb = 1, cut = 12.0, ntr = 1, ntc = 2, ntf = 2, tempi = 0.0, temp0 = 450.0, ntt = 3, vlimit = 20, gamma_ln = 1.0, nstlim = 60000, dt = 0.0005, ntpr = 1000, ntwx = 100, ntwr = 1000, / Hold the 2Q6P fixed 0.0 RES 224 340 END END cooling.in 如下： &cntrl imin = 0, irest = 0, ntx = 1, ntb = 1, cut = 12.0, ntr = 1, ntc = 2, ntf = 2, tempi = 450.0, temp0 = 300.0, ntt = 3, vlimit = 20, gamma_ln = 1.0, nstlim = 60000, dt = 0.0005, ntpr = 1000, ntwx = 100, ntwr = 1000, / Hold the 2Q6P fixed 0.0 RES 224 340 END END 同時(shí)做minimize的時(shí)候，先限制住所有重原子做EM，之后沒有任何限制的做EM計(jì)算。輸入文件如下： min1_restraint.in 如下： &cntrl imin = 1, maxcyc = 500, ncyc = 250, ntb = 1, ntr = 1, cut = 12.0, restraintmask = ':1-223@N,CA,C,N1,C4,C7,C3,C8,N2,C9,C12,N4,C22,C23', restraint_wt = 100.0, / Hold the 2Q6P fixed 500.0 RES 224 340 END END min2_no_constrain.in 如下： &cntrl imin = 1, maxcyc = 50000, ncyc = 50000, ntb = 1, ntr = 0, cut = 12.0 / ，請問有人碰過這個(gè)問題的嗎？知道解決的辦法嗎？ 謝謝 |
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